PDB-7m6c: Crystal structure of PLA2 from snake venom of peruvian Bothrops atrox

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m6c

タイトル

Crystal structure of PLA2 from snake venom of peruvian Bothrops atrox

要素

Basic phospholipase A2

キーワード

TOXIN / HYDROLASE / phospholipase / snake venom

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops atrox (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Leonardo, D.A. / Chojnowski, G. / Simpkin, A. / Seifert-Davila, W. / Vivas-Ruiz, D.E. / Keegan, R. / Rigden, D.

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: findMySequence: a neural-network-based approach for identification of unknown proteins in X-ray crystallography and cryo-EM
著者: Chojnowski, G. / Simpkin, A. / Leonardo, D.A. / Seifert-Davila, W. / Vivas-Ruiz, D.E. / Keegan, R. / Rigden, D.

履歴

登録	2021年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m6c.cif.gz	62.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m6c.ent.gz	42.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7m6c_validation.pdf.gz	599.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m6c_full_validation.pdf.gz	600.2 KB	表示
XML形式データ	7m6c_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	7m6c_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/7m6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/7m6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mc2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zl7-d 5g3n-2 1a2a-1 6tmy-2 1a2a-6 2oub-d 1q7a-d 1bjj-4 1m8t-1 1s8g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Basic phospholipase A2

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.400, 58.360, 64.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 分子量: 15641.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops atrox (ヘビ) / 参照: UniProt: A0A1L8D5Z7, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) polyethylene Glycol 4000 and 0.1 M Sodium Citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45863 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.45863 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→43.263 Å / Num. all: 10474 / Num. obs: 10474 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.126 / R_sym value: 0.099 / Net I/av σ(I): 2 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 41934

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.95-2.06	4.1	0.322	1.5	6133	1489	0.193	0.403	0.322	2.2	99.9
2.06-2.18	3.9	0.297	1.7	5539	1433	0.191	0.394	0.297	3.1	99.9
2.18-2.33	4.1	0.219	2.4	5390	1326	0.134	0.275	0.219	3.8	100
2.33-2.52	4	0.188	3.1	5034	1249	0.109	0.228	0.188	4.5	99.8
2.52-2.76	4	0.146	4.2	4642	1174	0.085	0.177	0.146	5.3	99.9
2.76-3.08	4.1	0.112	5.2	4373	1055	0.065	0.135	0.112	7	99.6
3.08-3.56	3.8	0.104	5.6	3503	930	0.062	0.127	0.104	9	99.7
3.56-4.36	4.3	0.052	10.8	3434	806	0.03	0.065	0.052	11.7	99.2
4.36-6.17	3.9	0.036	15.8	2442	634	0.022	0.045	0.036	10.3	98.9
6.17-43.263	3.8	0.068	1.3	1444	378	0.057	0.092	0.068	10.5	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SIMBAD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MC2

1mc2

解像度: 1.95→43.263 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / WR_factor R_free: 0.229 / WR_factor R_work: 0.19 / SU B: 8.226 / SU ML: 0.119 / Average fsc free: 0.9107 / Average fsc work: 0.9207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2331	1099	10.516 %	RANDOM
R_work	0.1869	9352	-	-
all	0.192	-	-	-
obs	-	10451	99.505 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.034 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.431 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.111 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.263 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	958	0	14	100	1072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.846	1.668	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.296	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.857	22.955	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.161	15	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.762	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.6	2.045	489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.71	3.057	610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.948	2.323	515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.147	3.356	736
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.118	28.794	1632

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.315	73	0.279	681	0.283	754	0.783	0.823	100	0.265
2.001-2.055	0.249	65	0.256	668	0.255	734	0.876	0.851	99.8638	0.243
2.055-2.115	0.3	76	0.239	642	0.245	718	0.836	0.876	100	0.23
2.115-2.18	0.242	58	0.238	651	0.238	711	0.893	0.88	99.7187	0.223
2.18-2.251	0.259	77	0.193	592	0.2	669	0.889	0.922	100	0.18
2.251-2.33	0.222	68	0.178	588	0.183	656	0.93	0.934	100	0.17
2.33-2.417	0.241	68	0.188	573	0.194	643	0.93	0.934	99.689	0.18
2.417-2.516	0.233	75	0.171	528	0.179	603	0.925	0.94	100	0.164
2.516-2.627	0.244	68	0.174	535	0.182	604	0.921	0.939	99.8344	0.169
2.627-2.755	0.238	65	0.186	502	0.192	567	0.937	0.94	100	0.179
2.755-2.903	0.232	49	0.178	484	0.183	535	0.937	0.951	99.6262	0.173
2.903-3.079	0.226	62	0.193	459	0.197	526	0.93	0.944	99.0494	0.188
3.079-3.29	0.202	52	0.169	422	0.173	474	0.956	0.956	100	0.17
3.29-3.552	0.246	46	0.174	401	0.18	451	0.924	0.952	99.1131	0.172
3.552-3.888	0.218	43	0.171	383	0.176	436	0.944	0.957	97.7064	0.173
3.888-4.343	0.17	31	0.157	349	0.158	382	0.964	0.967	99.4764	0.161
4.343-5.006	0.169	39	0.15	297	0.152	342	0.971	0.975	98.2456	0.153
5.006-6.111	0.234	37	0.188	261	0.193	303	0.952	0.961	98.3498	0.19
6.111-8.557	0.265	38	0.174	198	0.189	240	0.95	0.967	98.3333	0.178
8.557-43.263	0.504	9	0.222	137	0.232	154	0.895	0.946	94.8052	0.487

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.1316 Å / Origin y: 22.0155 Å / Origin z: 19.4821 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0302 Å²	-0.0039 Å²	0.0186 Å²	-	0.0164 Å²	-0.0034 Å²	-	-	0.0128 Å²
L	1.0486 °²	-0.4478 °²	-0.6881 °²	-	1.7776 °²	0.6685 °²	-	-	0.5404 °²
S	-0.0258 Å °	0.1116 Å °	-0.0092 Å °	0.0077 Å °	0.0146 Å °	-0.0245 Å °	0.0248 Å °	-0.0611 Å °	0.0112 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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