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- PDB-7m63: Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m63
タイトルCrystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) complexed with IACS-70099
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / IDO1 / Inhibitor / Enzyme / Complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response ... indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / positive regulation of T cell apoptotic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / negative regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YRP / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Leonard, P.G. / Cross, J.B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of IACS-9779 and IACS-70465 as Potent Inhibitors Targeting Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 (IDO1) Apoenzyme.
著者: Hamilton, M.M. / Mseeh, F. / McAfoos, T.J. / Leonard, P.G. / Reyna, N.J. / Harris, A.L. / Xu, A. / Han, M. / Soth, M.J. / Czako, B. / Theroff, J.P. / Mandal, P.K. / Burke, J.P. / Virgin- ...著者: Hamilton, M.M. / Mseeh, F. / McAfoos, T.J. / Leonard, P.G. / Reyna, N.J. / Harris, A.L. / Xu, A. / Han, M. / Soth, M.J. / Czako, B. / Theroff, J.P. / Mandal, P.K. / Burke, J.P. / Virgin-Downey, B. / Petrocchi, A. / Pfaffinger, D. / Rogers, N.E. / Parker, C.A. / Yu, S.S. / Jiang, Y. / Krapp, S. / Lammens, A. / Trevitt, G. / Tremblay, M.R. / Mikule, K. / Wilcoxen, K. / Cross, J.B. / Jones, P. / Marszalek, J.R. / Lewis, R.T.
履歴
登録2021年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4224
ポリマ－92,5912
非ポリマー8322
水00
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7112
ポリマ－46,2951
非ポリマー4161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7112
ポリマ－46,2951
非ポリマー4161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.910, 92.070, 128.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 46295.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-YRP / (2R)-N-(4-chlorophenyl)-2-[(1R,3S,5S,6r)-3-(5,6-difluoro-1H-benzimidazol-1-yl)bicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]propanamide


分子量: 415.864 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20ClF2N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.0, 18% (w/v) PEG6000, 0.2 M NaCl / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→52.63 Å / Num. obs: 18604 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 70.6 Å2 / CC1/2: 0.536 / Rmerge(I) obs: 0.511 / Rpim(I) all: 0.146 / Rrim(I) all: 0.533 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 257586 / Scaling rejects: 2191
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.3113.43.5334422133060.8020.9823.672198.5
8.77-52.6312.80.062117239180.9980.0180.06526.998.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å52.63 Å
Translation3.1 Å52.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
MOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ETW

5etw


解像度: 3.1→52.63 Å / SU ML: 0.8214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.147
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2851 917 4.99 %
Rwork0.2513 17477 -
obs0.253 18394 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→52.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5866 0 58 0 5924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00226068
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51058218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2412797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.260.50491260.47232349X-RAY DIFFRACTION93.43
3.26-3.470.43551220.37412446X-RAY DIFFRACTION97.46
3.47-3.740.37041260.32882479X-RAY DIFFRACTION98.15
3.74-4.110.33071400.26572465X-RAY DIFFRACTION97.86
4.11-4.710.25271360.20162523X-RAY DIFFRACTION98.63
4.71-5.930.24081120.21022570X-RAY DIFFRACTION98.93
5.93-52.630.19521550.17892645X-RAY DIFFRACTION98.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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