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万見
- PDB-7m5l: PCNA bound to peptide mimetic with linker -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m5l
タイトルPCNA bound to peptide mimetic with linker
要素
  • Peptide mimetic (ACE)RQCSMTCFYHSK(NH2) with linker
  • Proliferating cell nuclear antigen
キーワードREPLICATION / PCNA / DNA replication / peptide mimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / MutLalpha complex binding / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis ...positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / MutLalpha complex binding / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / replisome / response to L-glutamate / response to dexamethasone / histone acetyltransferase binding / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / nuclear replication fork / replication fork processing / SUMOylation of DNA replication proteins / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / response to cadmium ion / translesion synthesis / mismatch repair / estrous cycle / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / epithelial cell differentiation / liver regeneration / positive regulation of DNA repair / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Termination of translesion DNA synthesis / positive regulation of DNA replication / replication fork / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / nuclear estrogen receptor binding / Translesion Synthesis by POLH / male germ cell nucleus / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / receptor tyrosine kinase binding / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to UV / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / heart development / chromatin organization / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / centrosome / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
PROPANE / Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vandborg, B.A. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: A cell permeable bimane-constrained PCNA-interacting peptide.
著者: Horsfall, A.J. / Vandborg, B.A. / Kikhtyak, Z. / Scanlon, D.B. / Tilley, W.D. / Hickey, T.E. / Bruning, J.B. / Abell, A.D.
履歴
登録2021年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
E: Peptide mimetic (ACE)RQCSMTCFYHSK(NH2) with linker
D: Peptide mimetic (ACE)RQCSMTCFYHSK(NH2) with linker
F: Peptide mimetic (ACE)RQCSMTCFYHSK(NH2) with linker
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2539
ポリマ－90,1216
非ポリマー1323
水00
1
B: Proliferating cell nuclear antigen
E: Peptide mimetic (ACE)RQCSMTCFYHSK(NH2) with linker
ヘテロ分子

C: Proliferating cell nuclear antigen
F: Peptide mimetic (ACE)RQCSMTCFYHSK(NH2) with linker
ヘテロ分子

A: Proliferating cell nuclear antigen
D: Peptide mimetic (ACE)RQCSMTCFYHSK(NH2) with linker
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2539
ポリマ－90,1216
非ポリマー1323
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area7780 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area34930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.960, 84.468, 134.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...
21(chain B and (resid 1 through 2 or (resid 3...
31(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...
12(chain D and (name C14 or name C15 or name...
22(chain E and (name C14 or name C15 or name...
32(chain F and (name C14 or name C15 or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...A1 - 7
121(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...A8
131(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...A1 - 257
141(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...A1 - 257
151(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...A1 - 257
211(chain B and (resid 1 through 2 or (resid 3...B1 - 2
221(chain B and (resid 1 through 2 or (resid 3...B3 - 4
231(chain B and (resid 1 through 2 or (resid 3...B1 - 257
241(chain B and (resid 1 through 2 or (resid 3...B1 - 257
251(chain B and (resid 1 through 2 or (resid 3...B1 - 257
261(chain B and (resid 1 through 2 or (resid 3...B1 - 257
311(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C1 - 2
321(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C3 - 4
331(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C1 - 255
341(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C1 - 255
351(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C1 - 255
361(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C1 - 255
112(chain D and (name C14 or name C15 or name...D0
212(chain E and (name C14 or name C15 or name...E0
312(chain F and (name C14 or name C15 or name...F0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA / Cyclin


分子量: 28522.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12004
#2: タンパク質・ペプチド Peptide mimetic (ACE)RQCSMTCFYHSK(NH2) with linker


分子量: 1517.798 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-TME / PROPANE / プロピリジンラジカル


分子量: 44.096 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.18M magnesium acetate, 19.2% poly(ethylene) glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen cryostat / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月3日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.76 Å / Num. obs: 16781 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 222239 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.1812.83.5243380226510.4561.0193.6710.7100
9-48.7611.60.0481457030.9990.0120.04146.499.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1axc

1axc


解像度: 3→48.76 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 859 5.15 %
Rwork0.2598 15825 -
obs0.2606 16684 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 212.54 Å2 / Biso mean: 106.5054 Å2 / Biso min: 55.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5395 0 241 0 5636
Biso mean--133.71 --
残基数----769
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2247X-RAY DIFFRACTION10.823TORSIONAL
12B2247X-RAY DIFFRACTION10.823TORSIONAL
13C2247X-RAY DIFFRACTION10.823TORSIONAL
21D30X-RAY DIFFRACTION10.823TORSIONAL
22E30X-RAY DIFFRACTION10.823TORSIONAL
23F30X-RAY DIFFRACTION10.823TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.190.41541310.39452574270599
3.19-3.430.37221480.356125822730100
3.43-3.780.36631420.307726072749100
3.78-4.330.33321310.281926352766100
4.33-5.450.21481480.224726542802100
5.45-48.760.23881590.228527732932100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.0965 Å / Origin y: -3.0641 Å / Origin z: 16.3566 Å
111213212223313233
T0.6971 Å20.0108 Å20.0884 Å2-0.7001 Å2-0.0451 Å2--0.7212 Å2
L0.2792 °2-0.1103 °20.0449 °2-0.2205 °2-0.314 °2--0.1572 °2
S0.0232 Å °-0.074 Å °-0.0905 Å °0.0302 Å °-0.0183 Å °0.0855 Å °-0.001 Å °0.0077 Å °-0.0011 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 257
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 257
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 255
4X-RAY DIFFRACTION1allE301
5X-RAY DIFFRACTION1allD401
6X-RAY DIFFRACTION1allF301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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