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- PDB-7m53: B6 Fab fragment bound to the SARS-CoV/SARS-CoV-2 spike stem helix... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m53
タイトルB6 Fab fragment bound to the SARS-CoV/SARS-CoV-2 spike stem helix peptide
要素
  • B6 antigen-binding (Fab) fragment heavy chain
  • B6 antigen-binding (Fab) fragment light chain
  • Spike glycoprotein stem helix peptide
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / Broadly neutralizing antibody / Structural genomics / SSGCID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sauer, M.M. / Park, Y.J. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01GM120553 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis for broad coronavirus neutralization.
著者: Maximilian M Sauer / M Alejandra Tortorici / Young-Jun Park / Alexandra C Walls / Leah Homad / Oliver J Acton / John E Bowen / Chunyan Wang / Xiaoli Xiong / Willem de van der Schueren / Joel ...著者: Maximilian M Sauer / M Alejandra Tortorici / Young-Jun Park / Alexandra C Walls / Leah Homad / Oliver J Acton / John E Bowen / Chunyan Wang / Xiaoli Xiong / Willem de van der Schueren / Joel Quispe / Benjamin G Hoffstrom / Berend-Jan Bosch / Andrew T McGuire / David Veesler /
要旨: Three highly pathogenic β-coronaviruses have crossed the animal-to-human species barrier in the past two decades: SARS-CoV, MERS-CoV and SARS-CoV-2. To evaluate the possibility of identifying ...Three highly pathogenic β-coronaviruses have crossed the animal-to-human species barrier in the past two decades: SARS-CoV, MERS-CoV and SARS-CoV-2. To evaluate the possibility of identifying antibodies with broad neutralizing activity, we isolated a monoclonal antibody, termed B6, that cross-reacts with eight β-coronavirus spike glycoproteins, including all five human-infecting β-coronaviruses. B6 broadly neutralizes entry of pseudotyped viruses from lineages A and C, but not from lineage B, and the latter includes SARS-CoV and SARS-CoV-2. Cryo-EM, X-ray crystallography and membrane fusion assays reveal that B6 binds to a conserved cryptic epitope located in the fusion machinery. The data indicate that antibody binding sterically interferes with the spike conformational changes leading to membrane fusion. Our data provide a structural framework explaining B6 cross-reactivity with β-coronaviruses from three lineages, along with a proof of concept for antibody-mediated broad coronavirus neutralization elicited through vaccination. This study unveils an unexpected target for next-generation structure-guided design of a pan-β-coronavirus vaccine.
履歴
登録2021年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22021年6月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年6月30日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein stem helix peptide
H: B6 antigen-binding (Fab) fragment heavy chain
L: B6 antigen-binding (Fab) fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6186
ポリマ－49,3423
非ポリマー2763
水9,296516
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.183, 60.360, 79.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-428-

HOH

21H-564-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Spike glycoprotein stem helix peptide / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 1992.146 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1146-1161 of the spike glycoprotein / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 B6 antigen-binding (Fab) fragment heavy chain


分子量: 23348.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 B6 antigen-binding (Fab) fragment light chain


分子量: 24001.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Chloride and 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→46.5 Å / Num. obs: 107997 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17.82 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 329229 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.27-1.291.51.427467732200.3271.3691.980.356.4
6.96-46.53.20.012240175110.0070.01440.899.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.04 Å46.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NB8

6nb8


解像度: 1.4→46.5 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1739 4260 4.97 %
Rwork0.1443 81392 -
obs0.146 85652 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.3 Å2 / Biso mean: 28.0496 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3370 0 20 516 3906
Biso mean--33.46 37.73 -
残基数----448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3615185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5341404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01668
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.420.32711260.27862594272095
1.42-1.430.30611240.24182609273395
1.43-1.450.25411370.21722623276096
1.45-1.470.22861320.20822617274996
1.47-1.490.25171260.19862629275597
1.49-1.510.25631420.18882708285097
1.51-1.530.221460.18172670281699
1.53-1.550.23181330.17382719285299
1.55-1.580.19251600.159426972857100
1.58-1.60.18531610.16372706286799
1.6-1.630.17961360.166227762912100
1.63-1.660.25611450.177327192864100
1.66-1.690.23451180.193527572875100
1.69-1.730.22361640.172827532917100
1.73-1.760.19061370.156226742811100
1.76-1.80.19921600.141927302890100
1.8-1.850.16791600.133527582918100
1.85-1.90.17781430.124727212864100
1.9-1.960.1711480.121227282876100
1.96-2.020.18971520.12932716286899
2.02-2.090.16231410.13852730287199
2.09-2.170.1551390.12332734287399
2.18-2.270.16671430.13292751289499
2.27-2.390.1841420.13742727286999
2.39-2.540.1581350.14192761289699
2.54-2.740.18721570.14992720287799
2.74-3.020.17571420.14812731287399
3.02-3.450.14651360.1412751288798
3.45-4.350.15091290.12422750287998
4.35-46.50.14611460.14152833297999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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