PDB-7m24: Human carbonic anhydrase II in complex with (R)-rosiglitazone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m24

タイトル

Human carbonic anhydrase II in complex with (R)-rosiglitazone

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / glitazone drug class / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Mueller, S.L. / Peat, T.S.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: The Glitazone Class of Drugs as Carbonic Anhydrase Inhibitors-A Spin-Off Discovery from Fragment Screening.
著者: Mueller, S.L. / Chrysanthopoulos, P.K. / Halili, M.A. / Hepburn, C. / Nebl, T. / Supuran, C.T. / Nocentini, A. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A.

履歴

登録	2021年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m24.cif.gz	132.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m24.ent.gz	98.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7m24_validation.pdf.gz	699.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m24_full_validation.pdf.gz	701.8 KB	表示
XML形式データ	7m24_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	7m24_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m24	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m23C 7m26C 6odzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jdv-d 6ymb-d 4yxu-d 3rz5-d 6bc9-d 6sys-d 5nxm-d 6sks-d 3ks3-d 1bcd-d 3p5l-d 3mwo-2 6lva-d 1tg9-d 6rvk-d 6otm-d 7aeq-d 3mzc-d 5m78-d 4e3f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.574, 41.282, 71.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.416, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29070.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-RGZ / (R)-ROSIGLITAZONE / (R)-BRL-49653 分子量: 357.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein concentration was 4 mg/mL; equal volumes (250 nL) of protein plus reservoir were added to the plate; the reservoir was 1.5 M tri-potassium citrate, 0.1 M tris buffer at pH 8.3.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953656 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953656 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→41.28 Å / Num. obs: 59530 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / R_merge(I) obs: 0.443 / Num. unique obs: 3021 / CC_1/2: 0.865 / R_pim(I) all: 0.294

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ODZ

6odz

解像度: 1.3→40.165 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 1.273 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1457	2935	4.932 %
R_work	0.1158	56577	-
all	0.117	-	-
obs	-	59512	99.627 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.774 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.253 Å²	0 Å²	0.173 Å²
2-	-	-0.439 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.533 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→40.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2059	0	26	313	2398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.656	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.468	1.605	5052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.161	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.99	24	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.457	15	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.366	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.125	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.064	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.135	1.077	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.136	1.075	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.525	1.627	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.527	1.629	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.556	1.322	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.556	1.324	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.027	1.883	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.027	1.883	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.777	22.132	10650
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.288	21.308	10327
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.156	3	4547

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.184	195	0.152	4167	X-RAY DIFFRACTION	98.9789
1.334-1.37	0.168	200	0.137	4037	X-RAY DIFFRACTION	99.1807
1.37-1.41	0.168	187	0.124	3952	X-RAY DIFFRACTION	99.3996
1.41-1.453	0.144	203	0.111	3787	X-RAY DIFFRACTION	99.4269
1.453-1.501	0.146	182	0.099	3726	X-RAY DIFFRACTION	99.6684
1.501-1.554	0.131	206	0.091	3571	X-RAY DIFFRACTION	99.6044
1.554-1.612	0.137	177	0.09	3462	X-RAY DIFFRACTION	99.7533
1.612-1.678	0.134	152	0.094	3394	X-RAY DIFFRACTION	99.803
1.678-1.753	0.121	172	0.087	3213	X-RAY DIFFRACTION	99.7936
1.753-1.838	0.128	146	0.09	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.784
1.838-1.938	0.109	165	0.097	2913	X-RAY DIFFRACTION	99.7085
1.938-2.055	0.139	150	0.108	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.8293
2.055-2.197	0.14	132	0.108	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.8547
2.197-2.373	0.142	129	0.104	2428	X-RAY DIFFRACTION	99.8048
2.373-2.599	0.136	135	0.112	2206	X-RAY DIFFRACTION	99.872
2.599-2.905	0.147	112	0.13	2031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.905-3.353	0.167	106	0.136	1799	X-RAY DIFFRACTION	99.9475
3.353-4.105	0.143	82	0.116	1536	X-RAY DIFFRACTION	99.9382
4.105-5.795	0.165	72	0.144	1185	X-RAY DIFFRACTION	99.6828
5.795-40.165	0.224	32	0.199	693	X-RAY DIFFRACTION	99.3151

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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