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- PDB-7m1h: Crystal structure of LC/A-JPU-C10-JPU-D12-JPU-B8-JPU-G3-ciA-F12-c... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m1h

タイトル

Crystal structure of LC/A-JPU-C10-JPU-D12-JPU-B8-JPU-G3-ciA-F12-ciA-D12

要素

Botulinum neurotoxin A light chain
JPU-B8
JPU-C10
JPU-D12
JPU-G3
ciA-D12
ciA-F12

キーワード

ANTITOXIN / VHH / protease domain / TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Lam, K. / Jin, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: Probing the structure and function of the protease domain of botulinum neurotoxins using single-domain antibodies.
著者: Lam, K.H. / Tremblay, J.M. / Perry, K. / Ichtchenko, K. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.

履歴

登録	2021年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m1h.cif.gz	557.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m1h.ent.gz	383.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7l6vC 7lzpC 7na9C 7t5fC 3v0aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xpd-d 7dss-d 6o07-d 6ts8-1 5dku-d 2wp0-1 4y49-2 4y49-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin A light chain

B: JPU-D12

C: ciA-F12

D: ciA-D12

E: JPU-G3

F: JPU-C10

G: JPU-B8

ヘテロ分子

134 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.590, 93.983, 231.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin A light chain / LC 分子量: 50894.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: botA, atx, bonT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DPI0, bontoxilysin

-
抗体 , 6種, 6分子 BCDEFG

#2: 抗体	JPU-D12 分子量: 13747.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	ciA-F12 分子量: 14109.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体	ciA-D12 分子量: 14404.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 抗体	JPU-G3 分子量: 13698.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: 抗体	JPU-C10 分子量: 13810.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 抗体	JPU-B8 分子量: 13329.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 51分子

#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris pH 7.0

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→115.87 Å / Num. obs: 43577 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 67.44 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.78→2.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4390 / CC_1/2: 0.527 / R_pim(I) all: 0.834

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	1.14_3260	位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V0A

3v0a

解像度: 2.78→115.87 Å / SU ML: 0.4099 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7764 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2488	2167	4.98 %
R_work	0.2168	41331	-
obs	0.2184	43498	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→115.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8867	0	1	50	8918

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	9065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4618	12286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1326
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	1591
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.536	5297

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.78-2.84	0.3744	132	0.3672	2604	X-RAY DIFFRACTION	96.13
2.84-2.91	0.3534	138	0.3292	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.91-2.99	0.3491	132	0.3069	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.99-3.08	0.3323	162	0.303	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.18	0.3541	107	0.3091	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.18-3.29	0.3463	136	0.2903	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.29-3.42	0.3383	148	0.2564	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.42-3.58	0.2854	141	0.2357	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.58-3.77	0.2506	144	0.22	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.77-4	0.2269	158	0.1972	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4-4.31	0.2196	158	0.1852	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.31-4.75	0.1878	138	0.1582	2740	X-RAY DIFFRACTION	98.8
4.75-5.43	0.1884	152	0.1701	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.43-6.85	0.2421	173	0.2008	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.24745136203	-1.80464975222	-1.38826805092	1.59171717998	-0.381647279438	2.44868535054	-0.0958491798689	0.0475703988782	-0.0541933118315	-0.155778971979	-0.208974144866	0.271465116215	-0.115732209377	0.090894739576	-0.000804594118897	0.526439399299	-0.0142975124628	-0.0426032441992	0.571477524242	0.00144823497706	0.567125059078	31.8655950048	26.2063588624	269.163503967
2	2.72968771946	-0.510154600562	0.790720802572	1.44299198441	-0.362956734054	1.67096852033	0.0624180339683	0.10470408294	-0.0666362930028	-0.0114440559248	0.016873572962	-0.0859883886574	-0.090919840351	0.398540018522	-1.99298539477E-5	0.473160344724	-0.0118379321477	0.0216651597121	0.391477204213	0.00828132285938	0.479549209832	27.1765201517	31.4940903547	256.049611469
3	1.32984977169	1.12765207595	-0.742470082468	1.12808557874	-0.628093979258	2.58494368662	-0.144778355512	-0.453685715554	-0.327938314425	0.378669079531	0.215470029171	0.194047645868	0.310173898564	-0.220155592229	-6.62229311562E-5	0.539676350802	0.0121399177297	0.0168945886928	0.699402671586	0.0826396849695	0.623238957604	14.9676886075	19.8629504524	272.975090167
4	2.09812803042	-0.322807165597	0.0112998955483	0.602774281174	0.0698871713393	1.91061183858	-0.0516513440724	-0.0936301337734	-0.319488024148	0.192323789452	0.0687417746469	0.0304248144504	0.237820310595	-0.101850386431	0.000101904786381	0.528614801204	-0.0587820381883	0.0399797289559	0.44733832933	-0.0389834991778	0.532217599263	20.4960772178	22.1152231078	262.928275425
5	1.28024814321	0.493138523331	-0.448782252442	1.81498779429	-1.3160737279	3.4059204613	-0.132129907008	-0.12875829542	2.68845781038E-5	-0.085394974996	0.133541086661	0.398897047572	0.00723258564295	-0.63358153181	0.000112300423029	0.461339949654	0.04089821873	0.0302920729303	0.569645586997	-0.0205686309056	0.574261121896	4.34767295336	32.2147041277	256.160895581
6	0.634304837668	-0.416181468452	0.496194290364	1.08676972948	-0.512031947899	1.64697052159	-0.139497342248	-0.251101603423	-0.13066987789	0.173197865348	0.256916388371	0.0888315454899	-0.117673348663	-0.472936803437	9.71435848697E-5	0.507123383037	0.0452329360553	0.0393720440073	0.585200449263	-0.0138169603197	0.496378626488	10.5541423085	33.4115809306	269.557740903
7	1.20166518064	-0.157011214849	-0.737746095028	0.420011224917	0.218485128964	1.17232470053	-0.336990141204	-0.04186734764	0.272506406823	-0.325746219632	0.208839587257	-0.132518477292	-0.767135362546	0.140536238684	-0.000525442698819	0.696211161602	0.0278243727768	-0.0441053864227	0.438579478551	0.0856005388723	0.52599891604	17.1059054269	47.9462698441	244.645121473
8	0.729020970122	-0.278685226131	0.403564823706	1.10422217602	0.224071685084	0.347217229885	0.215902964362	-1.47397641735	0.171643949528	0.954715465856	-0.64777978167	0.315791573022	-1.43262268706	1.0423521218	-0.00078171529661	1.08076644472	-0.007552681966	0.0962753436055	1.01503151265	-0.0942621677885	0.877836719353	20.2905227889	30.067671283	306.239166173
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50	0.139671486776	-0.0638895849271	0.0235012184394	0.0564307654898	-0.0902949477774	0.173015992016	-0.953163167571	-1.14961134733	0.533307803829	-0.626142762471	-0.954884610715	1.02255693645	0.154148139712	-1.00873097973	-0.0115872545813	0.813246435811	0.143780608845	0.00941059565353	1.70388945968	-0.291020652636	1.45437998197	-19.2705973587	38.4981658824	275.403820956
51	0.241865858688	0.0564840657781	-0.222659795747	0.548071215298	0.224900482213	0.317310419419	0.171125161911	-0.442699650039	-0.122520782822	0.31876772702	0.03588241487	0.244846683312	0.00849829424172	0.152505612196	1.92088228896	1.39453116002	-0.592104572141	1.47141036617	2.53833988048	-0.805473607915	0.119864464312	-26.9703169344	31.5085096878	290.779033593
52	0.0219301271942	-0.1131548876	0.0486963506408	0.55491128611	-0.266139736108	0.121770433001	0.444648306775	-0.232067555329	0.624932209565	1.28917117324	-0.333735276724	0.61309458454	-0.301248791273	-0.623505811232	-0.123010146788	0.95507368341	-0.322975760545	0.653171818162	1.88301365421	-0.250818934425	1.45877150354	-14.9972395611	38.6945281942	287.309414195
53	0.0124054235097	-0.000160037704372	0.0237389052891	-0.0026494599014	-0.0107277381981	0.0280107237559	0.17304540517	-0.433687156186	0.0255398763496	1.59799141691	0.11044510262	0.268562631742	-0.903267222529	-1.70291885596	0.00138800309085	0.797510538321	0.0630091538106	0.0805174039389	1.03318757503	-0.168296544705	0.760205053965	1.6332657651	42.2042035475	277.233921371
54	0.768392299271	-0.381773357798	-0.116324723525	0.326815810811	-0.0935813762005	0.209883570762	0.232016134519	-0.157136110457	0.367782480321	-0.152533679458	-0.94437237563	0.706638164869	0.28921661783	0.00794758341568	-0.0462319064548	1.02450209818	0.0260379980673	0.348796539253	1.6415677623	-0.500326600612	0.97606177518	-10.9370518779	42.334609121	287.323500491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 99 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 100 through 138 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 139 through 191 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 298 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 299 through 398 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 399 through 431 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 18 through 28 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 29 through 39 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 40 through 59 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 60 through 72 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 73 through 124 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 2 through 33 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 34 through 59 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 60 through 76 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 77 through 118 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 1 through 7 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 8 through 17 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 18 through 39 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 40 through 59 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 60 through 72 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 73 through 82 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 83 through 90 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 91 through 108 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 109 through 123 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid -1 through 7 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 8 through 17 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 18 through 40 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 41 through 63 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 64 through 72 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 73 through 82 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 83 through 99 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 100 through 107 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 108 through 121 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 2 through 17 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 18 through 39 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 40 through 45 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 46 through 52 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 53 through 59 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 60 through 82 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 83 through 101 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 102 through 115 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 116 through 122 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 1 through 16 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 17 through 32 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 33 through 52 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 53 through 63 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 64 through 72 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 73 through 83 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 84 through 91 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 92 through 97 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid 98 through 107 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'G' and (resid 108 through 116 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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