PDB-7m1e: Structural and functional studies about scorpine showed the prese...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m1e

タイトル

Structural and functional studies about scorpine showed the presence of blocking channel and cytolytic activities as well as two different structural domains

要素

Scorpine

キーワード

TOXIN / scorpion toxins / potassium channels / scorpine like-peptides / cytolytic peptides

機能・相同性

Long chain scorpion toxin family / Potassium channel toxin / BetaSPN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / toxin activity / defense response to bacterium / extracellular region / Scorpine

機能・相同性情報

生物種

Pandinus imperator (サソリ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

del Rio, J.F. / Lopez, A.E. / Titaux, G.

引用

ジャーナル: Toxicon / 年: 2022
タイトル: Structural and functional studies of scorpine: A channel blocker and cytolytic peptide.
著者: Lopez-Giraldo, E. / Carrillo, E. / Titaux-Delgado, G. / Cano-Sanchez, P. / Colorado, A. / Possani, L.D. / Rio-Portilla, F.D.

履歴

登録	2021年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m1e.cif.gz	176.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m1e.ent.gz	147.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7m1e_validation.pdf.gz	394.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m1e_full_validation.pdf.gz	475.6 KB	表示
XML形式データ	7m1e_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	7m1e_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/7m1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m1dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1smz-d 5h2s-d 4qkc-d 5y3u-d 2lcm-d 4qk7-d 253d-d 237d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30879Structural and functional studies about scorpine showed the presence of blocking channel and cytolytic activities as well as two different structural domains

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Scorpine

3.14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 500	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Scorpine / Scorpin / Panscorpine 分子量: 3135.679 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal residues 20-47 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pandinus imperator (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56972

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution 内容: 5 mM N-terminal extreme scorpine, trifluoroethanol/water Label: 1H / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 5 mM / 構成要素: N-terminal extreme scorpine / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 Not defined / Label: 1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	16	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman	精密化
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	1.5	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	1.5	Keller and Wuthrich	peak picking

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)