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万見
- PDB-5y3u: NMR-Based Model of the 22 Amino Acid Peptide in Polysialyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y3u
タイトルNMR-Based Model of the 22 Amino Acid Peptide in Polysialyltransferase Domain (PSTD) of the Polysialyltransferase ST8Sia IV in the Presence of Polysialic Acid (PolySia)
要素PSTD-22AA-PolySia
キーワードTRANSFERASE / Polysialic Acid (PolySia) / Polysialyltransferase (polyST) / Polysialyltransferase Domain (PSTD)
機能・相同性
機能・相同性情報


Transferases; Glycosyltransferases; Sialyltransferases / alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase activity / sialyltransferase activity / ganglioside biosynthetic process / sialylation / Sialic acid metabolism / sialic acid binding / oligosaccharide metabolic process / N-glycan processing / NCAM1 interactions ...Transferases; Glycosyltransferases; Sialyltransferases / alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase activity / sialyltransferase activity / ganglioside biosynthetic process / sialylation / Sialic acid metabolism / sialic acid binding / oligosaccharide metabolic process / N-glycan processing / NCAM1 interactions / : / protein modification process / nervous system development / Golgi membrane / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl transferase family 29 / Sialyltransferase / GT29-like superfamiliy / Glycosyltransferase family 29 (sialyltransferase)
類似検索 - ドメイン・相同性
CMP-N-acetylneuraminate-poly-alpha-2,8-sialyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Liao, S.M. / Liu, X.H. / Lu, B. / Peng, L.X. / Chen, D. / Huang, R.B. / Zhou, G.P.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Guangxi science and technology cooperation program151707 中国
The basic research program of Guangxi Academy of Sciences15YJ22SW02 中国
The basic research program of Guangxi Academy of Sciences2017YJJ2 中国
Guangxi science and technology cooperation program15104001-6 中国
National Natural Science Foundation of China31560251 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR-Based Model of the 22 Amino Acid Peptide in Polysialyltransferase Domain (PSTD) of the Polysialyltransferase ST8Sia IV in the Presence of Polysialic Acid (PolySia)
著者: Lu, B. / Liao, S.M. / Lu, Z.L. / Liu, X.H. / Troy II, F.A. / Zhou, G.P. / Huang, R.B.
履歴
登録2017年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSTD-22AA-PolySia


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6241
ポリマ－2,6241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2610 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PSTD-22AA-PolySia / CMP-N-acetylneuraminate-poly-alpha-2 / 8-sialyltransferase


分子量: 2624.181 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 258-279 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q92187, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; その他のグリコシル基を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-15N HSQC
141isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM PSTD-22AA-PolySia, 0.25 mM PolySia, 40 v/v ethyl group deuterated trifluoroethanol-d5, trifluoroethanol/water
詳細: The compound of the 22 AA PSTD-pepptide and the clominic acid were dissolved in 40% (v/v) aqueous TFE-d2 (2,2,2-Trifluoroethanol-1,1-d2).
Label: sample1 / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPSTD-22AA-PolySianone1
0.25 mMPolySianone1
40 v/vtrifluoroethanol-d5ethyl group deuterated1
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: condition_1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent DD2 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AnalysisCCPNデータ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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