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- PDB-7m0i: Crystal structure of a human metapneumovirus subtype B2 trimeric ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m0i
タイトルCrystal structure of a human metapneumovirus subtype B2 trimeric fusion protein
要素
  • Fusion glycoprotein F1
  • Fusion glycoprotein F2
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Human metapneumovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Huang, J. / Mousa, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI14386 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2021
タイトル: Structure, Immunogenicity, and Conformation-Dependent Receptor Binding of the Postfusion Human Metapneumovirus F Protein.
著者: Huang, J. / Chopra, P. / Liu, L. / Nagy, T. / Murray, J. / Tripp, R.A. / Boons, G.J. / Mousa, J.J.
履歴
登録2021年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Fusion glycoprotein F2
H: Fusion glycoprotein F1
I: Fusion glycoprotein F2
J: Fusion glycoprotein F1
K: Fusion glycoprotein F2
L: Fusion glycoprotein F1
A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1
C: Fusion glycoprotein F2
D: Fusion glycoprotein F1
E: Fusion glycoprotein F2
F: Fusion glycoprotein F1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,03830
ポリマ－342,05612
非ポリマー3,98218
水45025
1
G: Fusion glycoprotein F2
H: Fusion glycoprotein F1
I: Fusion glycoprotein F2
J: Fusion glycoprotein F1
K: Fusion glycoprotein F2
L: Fusion glycoprotein F1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,01915
ポリマ－171,0286
非ポリマー1,9919
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area51210 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area51980 Å2
手法PISA
2
A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1
C: Fusion glycoprotein F2
D: Fusion glycoprotein F1
E: Fusion glycoprotein F2
F: Fusion glycoprotein F1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,01915
ポリマ－171,0286
非ポリマー1,9919
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50900 Å2
ΔGint-343 kcal/mol
Surface area52780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.530, 128.100, 431.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Fusion glycoprotein F2


分子量: 10195.467 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C6F474
#2: タンパク質
Fusion glycoprotein F1


分子量: 46813.914 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C6F474
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY
配列の詳細hMPV F is a class I fusion glycoprotein, synthesized as an inactive precursor (F0) that needs to be ...hMPV F is a class I fusion glycoprotein, synthesized as an inactive precursor (F0) that needs to be cleaved to become fusion competent. Proteolytic cleavage generates two disulfide-linked subunits (F2 N-terminal and F1 C-terminal fragments) that assemble into a homotrimer. Specifically, REEQIENPRQSKKRKRR at the C-terminus of Fusion glycoprotein F2 is cleaved after trypsin treatment. VATAAAVTAGIAIAKTIR at the N-terminus of Fusion glycoprotein F1 and KGNTSGRENLYFQGGGGGSGYIPEAPRDQAYVRKDGEWVLLSTFLGGTEGR at the C-terminus of Fusion glycoprotein F1 are cleaved after trypsin treatment.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→49.69 Å / Num. obs: 155097 / % possible obs: 75.6 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / CC1/2: 0.973 / CC star: 0.993 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.811→2.911 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 1294 / CC1/2: 0.227

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L1X

5l1x


解像度: 2.81→49.69 Å / SU ML: 0.3906 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9656
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2908 5879 5.01 %
Rwork0.2539 111421 -
obs0.2558 117300 75.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19279 0 252 25 19556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012819818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.763926886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10383228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01163451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.46687273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.840.275590.3426179X-RAY DIFFRACTION3.68
2.84-2.870.3078220.3449348X-RAY DIFFRACTION7.27
2.87-2.910.4217330.3679675X-RAY DIFFRACTION13.84
2.91-2.950.4454520.3956844X-RAY DIFFRACTION17.54
2.95-2.990.327640.36551279X-RAY DIFFRACTION26.18
2.99-3.030.427790.36211729X-RAY DIFFRACTION35.4
3.03-3.070.34941150.35182216X-RAY DIFFRACTION45.68
3.07-3.120.37071210.35842597X-RAY DIFFRACTION52.79
3.12-3.160.35321450.34222926X-RAY DIFFRACTION60.32
3.16-3.220.34911690.32763257X-RAY DIFFRACTION66.55
3.22-3.270.34541880.31313590X-RAY DIFFRACTION73.47
3.27-3.330.35512170.31163804X-RAY DIFFRACTION79.37
3.33-3.40.36392030.30074262X-RAY DIFFRACTION86.23
3.4-3.460.34572500.31254559X-RAY DIFFRACTION92.82
3.46-3.540.32632460.29464791X-RAY DIFFRACTION99.06
3.54-3.620.29982660.28964864X-RAY DIFFRACTION99.94
3.62-3.710.33052660.28064911X-RAY DIFFRACTION99.94
3.71-3.810.32182600.26664911X-RAY DIFFRACTION99.9
3.81-3.920.32062690.26314870X-RAY DIFFRACTION99.98
3.92-4.050.29912630.25114887X-RAY DIFFRACTION99.96
4.05-4.20.30712500.23444925X-RAY DIFFRACTION99.94
4.2-4.360.24512580.21494927X-RAY DIFFRACTION99.92
4.36-4.560.24542350.20324958X-RAY DIFFRACTION99.83
4.56-4.80.24522500.20474928X-RAY DIFFRACTION99.92
4.8-5.10.22222550.20194953X-RAY DIFFRACTION99.87
5.1-5.50.26342770.20964940X-RAY DIFFRACTION99.92
5.5-6.050.25542630.22914978X-RAY DIFFRACTION99.94
6.05-6.920.25322790.22744995X-RAY DIFFRACTION99.94
6.92-8.710.23922970.20795042X-RAY DIFFRACTION99.93
8.72-49.690.23522780.21145276X-RAY DIFFRACTION99.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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