PDB-7m0e: Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m0e

タイトル

Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')
DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
DNA polymerase lambda

キーワード

TRANSFERASE / Nonhomologous end-joining / Base Excision Repair

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Kaminski, A.M. / Bebenek, K. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	1ZIA ES102645	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01 ES065070	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Analysis of diverse double-strand break synapsis with Pol lambda reveals basis for unique substrate specificity in nonhomologous end-joining.
著者: Kaminski, A.M. / Chiruvella, K.K. / Ramsden, D.A. / Bebenek, K. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C.

履歴

登録	2021年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m0e.cif.gz	669 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m0e.ent.gz	481.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7m07C 7m09C 7m0aC 7m0bC 7m0dC 2pfoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7m0e-3 7m0e-4 7m0e-2 5iij-d 2pfn-d 4s0u-d 5iik-d 5dkw-1 2pfp-d 5tyf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (16) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA polymerase lambda

G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

B: DNA polymerase lambda

K: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

J: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

L: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

C: DNA polymerase lambda

O: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

N: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

P: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

D: DNA polymerase lambda

T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

R: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

U: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

178 kDa, 16 ポリマー
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1

A: DNA polymerase lambda

G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.5 kDa, 4 ポリマー
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2

B: DNA polymerase lambda

K: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

J: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

L: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.4 kDa, 4 ポリマー
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3

C: DNA polymerase lambda

O: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

N: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

P: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 4 ポリマー
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4

D: DNA polymerase lambda

T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*C)-3')

R: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

U: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.4 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.966, 85.819, 91.421
Angle α, β, γ (deg.)	105.224, 92.576, 111.296
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa 分子量: 38719.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

#1: タンパク質

DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa

分子量: 38719.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / プラスミド: pGEXM / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

-
DNA鎖 , 3種, 12分子 GKOTFJNRHLPU

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPGPCPAPGPC)-3') 分子量: 2123.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPGPTPGPC)-3') 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPCPCPG)-3') 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 372分子

#5: 化合物	ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP 分子量: 467.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月25日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 75755 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.92 Å² / CC_1/2: 0.986 / CC star: 0.997 / R_sym value: 0.092 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I): 17.38
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 3835 / CC_1/2: 0.567 / CC star: 0.851 / R_sym value: 0.848 / Χ²: 0.417 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PFO

2pfo

解像度: 2.25→38.16 Å / SU ML: 0.2804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.5635
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2221	3809	5.03 %	random
R_work	0.1835	71919	-	-
obs	0.1854	75728	91.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→38.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9876	1376	140	354	11746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	11779
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6814	16245
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0407	1798
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	1847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8672	3643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.2974	130	0.235	2417	X-RAY DIFFRACTION	82.75
2.28-2.31	0.2936	139	0.2337	2730	X-RAY DIFFRACTION	93.61
2.31-2.34	0.2791	149	0.2309	2717	X-RAY DIFFRACTION	93.45
2.34-2.38	0.2967	130	0.2387	2683	X-RAY DIFFRACTION	92.96
2.38-2.41	0.3307	155	0.2296	2709	X-RAY DIFFRACTION	92.84
2.41-2.45	0.2588	137	0.2218	2706	X-RAY DIFFRACTION	93.24
2.45-2.49	0.2775	151	0.2185	2700	X-RAY DIFFRACTION	92.24
2.49-2.53	0.2613	133	0.2091	2642	X-RAY DIFFRACTION	91.86
2.53-2.58	0.2444	137	0.207	2694	X-RAY DIFFRACTION	91.62
2.58-2.63	0.2909	132	0.2083	2642	X-RAY DIFFRACTION	90.83
2.63-2.68	0.2566	137	0.2062	2620	X-RAY DIFFRACTION	89.43
2.68-2.74	0.2512	126	0.2133	2504	X-RAY DIFFRACTION	87.03
2.74-2.81	0.2484	134	0.2109	2426	X-RAY DIFFRACTION	82.96
2.81-2.88	0.2543	121	0.2217	2223	X-RAY DIFFRACTION	75.56
2.88-2.95	0.2499	139	0.2189	2641	X-RAY DIFFRACTION	90.7
2.95-3.04	0.2497	159	0.2087	2789	X-RAY DIFFRACTION	96.75
3.04-3.14	0.2996	152	0.202	2781	X-RAY DIFFRACTION	96.61
3.14-3.25	0.2211	137	0.2017	2845	X-RAY DIFFRACTION	96.38
3.25-3.38	0.2458	144	0.1898	2794	X-RAY DIFFRACTION	96.33
3.38-3.53	0.2654	148	0.178	2779	X-RAY DIFFRACTION	95.87
3.53-3.72	0.1995	159	0.1789	2763	X-RAY DIFFRACTION	95.21
3.72-3.95	0.1986	142	0.1533	2763	X-RAY DIFFRACTION	94.66
3.95-4.26	0.1607	152	0.1436	2724	X-RAY DIFFRACTION	94.05
4.26-4.69	0.1862	140	0.1443	2668	X-RAY DIFFRACTION	91.85
4.69-5.36	0.181	129	0.1587	2468	X-RAY DIFFRACTION	83.99
5.36-6.75	0.2187	140	0.1867	2618	X-RAY DIFFRACTION	90.63
6.75-38.16	0.1694	157	0.1618	2873	X-RAY DIFFRACTION	98.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.999296083027	0.364949049588	0.141140769233	2.94946669785	0.193180743393	1.10907846372	-0.119580295596	-0.0959229883218	-0.125010623919	0.26499416384	0.0879471689757	0.0618420602292	0.220742939057	-0.105547923252	-2.45139015331E-6	0.497364239165	0.0306883034006	0.0577665609039	0.390502275377	-0.0165625884031	0.363130550013	3.97309889309	-29.6199318922	-23.4546298306
2	1.42319913196	-0.619217111773	0.444556378908	1.89191787409	-0.0441742877016	1.14437684731	0.00589442189687	-0.238206636012	-0.0576028490062	0.123025370389	0.0143091825018	-0.227152051319	0.0557774787795	0.2801460237	-1.39016894898E-7	0.260039292511	0.0180979788202	-0.0657771514226	0.363969938444	0.0230567490166	0.357157369641	18.8162456128	-8.38427999607	-11.8048813964
3	2.73151394892	0.052003017857	0.230486528182	1.52754456418	0.431179476552	1.97386528717	-0.0883194803185	-0.128881018885	0.181922646073	0.164845074057	0.0394672628829	0.0529460045173	-0.147852987803	-0.0110650442606	1.83501300858E-7	0.243085143204	0.0365321330011	-0.00712700799606	0.289292608168	-0.0186776113354	0.301485924647	-3.68174045992	4.68165715757	-14.7528264469
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6	6	chain G or chain H	G - H	B - D	1 - 4
7	7	chain B and resid 239:329	B	P	239 - 329	1 - 91
8	8	chain B and resid 330:386	B	P	330 - 386	92 - 148
9	9	chain B and resid 387:495	B	P	387 - 495	149 - 257
10	10	chain B and resid 496:575	B	P	496 - 575	258 - 324
11	11	chain J	J	R	1 - 6
12	12	chain K or chain L	K - L	Q - S	1 - 4
13	13	chain C and resid 239:329	C	U	239 - 329	1 - 91
14	14	chain C and resid 330:386	C	U	330 - 386	92 - 148
15	15	chain C and resid 387:495	C	U	387 - 495	149 - 257
16	16	chain C and resid 496:575	C	U	496 - 575	258 - 326
17	17	chain N	N	W	1 - 6
18	18	chain O or chain P	O - P	V - X	1 - 4
19	19	chain D and resid 239:329	D	Z	239 - 329	1 - 91
20	20	chain D and resid 330:386	D	Z	330 - 386	92 - 148
21	21	chain D and resid 387:495	D	Z	387 - 495	149 - 257
22	22	chain D and resid 496:575	D	Z	496 - 575	258 - 325
23	23	chain R	R	O	1 - 6
24	24	chain T or chain U	T - U	N - P	1 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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