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- PDB-7lxk: Ara h 1 leader sequence, Ara h 1.0101 (25-83) A25G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lxk
タイトルAra h 1 leader sequence, Ara h 1.0101 (25-83) A25G
要素Allergen Ara h 1, clone P41B
キーワードALLERGEN / Peanut Allergen
機能・相同性: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / IgE binding / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Allergen Ara h 1, clone P41B
機能・相同性情報
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mueller, G. / London, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01-ES102885-01 米国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure, Immunogenicity, and IgE Cross-Reactivity among Walnut and Peanut Vicilin-Buried Peptides.
著者: Foo, A.C.Y. / Nesbit, J.B. / Gipson, S.A.Y. / Cheng, H. / Bushel, P. / DeRose, E.F. / Schein, C.H. / Teuber, S.S. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Mueller, G.A.
履歴
登録2021年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allergen Ara h 1, clone P41B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7331
ポリマ－6,7331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5800 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Allergen Ara h 1, clone P41B / Allergen Ara h I


分子量: 6733.499 Da / 分子数: 1 / 断片: Leader sequence, residues 25-83 / 変異: A25G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43238
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D C(CO)NH
191isotropic13D H(CCO)NH
181isotropic23D 1H-13C NOESY
171isotropic23D 1H-15N NOESY
161isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] A1pro, 137 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 2.7 mM potassium chloride, 0.2 uM DSS, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C15N / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMA1pro[U-13C; U-15N]1
137 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.2 uMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.15 M / Label: structure determination / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent DD2AgilentDD26001
Agilent DD2AgilentDD28002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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