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- PDB-3l1q: The crystal structure of the undecamer d(TGGCCTTAAGG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l1q
タイトルThe crystal structure of the undecamer d(TGGCCTTAAGG)
要素5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / triple helix / triplet / Hoogsteen / reverse-Hoogsteen
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Van Hecke, K.
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2010
タイトル: Designing Triple Helical Fragments: The Crystal Structure of the Undecamer d(TGGCCTTAAGG) Mimicking T·AT Base Triplets
著者: Van Hecke, K. / Uytterhoeven, K. / Voet, A. / De Maeyer, M. / Van Meervelt, L.
履歴
登録2009年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年10月27日ID: 1K71
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7782
ポリマ－6,7782
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.050, 41.070, 52.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量: 3389.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE OLIGONUCLEOTIDE WAS PURCHASED FROM OSWEL DNA SERVICE (UNIVERSITY OF SOUTHAMPTON, UK)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 21.1mM sodium cacodylate, 47.4mM magnesium chloride, 21.1% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月4日
放射モノクロメーター: Si 111 horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→32.4 Å / Num. obs: 2203 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 86.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 307 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 431D

431d


解像度: 2.5→20.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.492 / SU ML: 0.171 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / ESU R: 0.851 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD; in the final refinement cycles of the structure, no Rfree was used. Please see the details in the primary citation.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.22325 ---
obs0.22325 2192 97.73 %-
all-2192 --
Rfree---RANDOM
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.26 Å2 / Biso mean: 50.199 Å2 / Biso min: 28.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å20 Å20 Å2
2--8.07 Å20 Å2
3----6.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 450 0 44 494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8183776
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02236
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3373458
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5594.5705
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.407 162 -
Rfree-0 -
obs-162 99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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