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- PDB-7lxi: Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lxi
タイトルCrystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA from Mycobacterium tuberculosis in complex with SAH
要素S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase / UmaA / Mycobacterium tuberculosis / short-chain fatty acid modification / SAH / S-Adenosyl-l-homocysteine / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / lipid biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mycolic acid cyclopropane synthase / : / Mycolic acid cyclopropane synthetase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of the S-adenosylmethionine-dependent mycolic acid synthase UmaA from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Teng, S. / Wang, J. / Sroge, C.D. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Tillery, L. / Craig, J.K. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. / Smith, C.L.
履歴
登録2021年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1468
ポリマ－34,1631
非ポリマー9837
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.220, 103.220, 49.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA / SAM-dependent methyltransferase UmaA


分子量: 34162.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: umaA, Rv0469, LH57_02505 / プラスミド: MytuD.00149.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6MX39, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 7種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Microlytics MCSG1 screen, condition C9: 32% w/V PEG4000, 800 mM lithium chloride, 100 mM Tris base/HCl, pH 8.50: MytuD.00149.b.B1.PW38903, tray 318922c9, crystal soaked for 6 hours in ...詳細: Microlytics MCSG1 screen, condition C9: 32% w/V PEG4000, 800 mM lithium chloride, 100 mM Tris base/HCl, pH 8.50: MytuD.00149.b.B1.PW38903, tray 318922c9, crystal soaked for 6 hours in reservoir with 5 mM SAH, cryoprotectant: 20% ethylene glycol + soak buffer, puck xeo4-1.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2021年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 22257 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.368 % / Biso Wilson estimate: 36.706 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 26.41
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-25.4170.6312.6316410.8290.699100
2-2.066.4390.4514.1915760.9120.49199.9
2.06-2.127.1880.3785.315410.9470.40899.8
2.12-2.187.8880.2877.6614860.9680.307100
2.18-2.258.4140.2359.6814620.9840.25100
2.25-2.339.0390.211.8714210.9890.21299.9
2.33-2.4210.3270.1714.5513470.9920.17999.8
2.42-2.5210.8750.14517.2313150.9950.15299.9
2.52-2.6310.8680.12120.1512480.9970.12799.9
2.63-2.7610.8910.09325.4212160.9980.09899.8
2.76-2.9110.9270.07928.2411460.9980.08399.9
2.91-3.0810.9440.06334.0810970.9990.06699.9
3.08-3.310.990.04943.0710150.9990.051100
3.3-3.5610.9540.03855.89700.9990.039100
3.56-3.910.8250.03264.8487210.033100
3.9-4.3610.8130.02969.6380410.031100
4.36-5.0310.7180.02772.3571710.028100
5.03-6.1710.6770.0366.0161910.031100
6.17-8.7210.5730.02768.3147810.02999.8
8.72-509.4550.02178.9228610.02398.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7L9U

7l9u


解像度: 1.95→43.07 Å / SU ML: 0.1725 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.9903
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1961 2062 9.27 %0
Rwork0.1654 20178 --
obs0.1683 22240 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2241 0 37 186 2464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00662337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73283155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8572854
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.25671090.22831353X-RAY DIFFRACTION100
2-2.050.25311400.19331334X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.25431610.19111297X-RAY DIFFRACTION99.93
2.1-2.160.22921450.17861323X-RAY DIFFRACTION99.86
2.16-2.230.21861320.17881353X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.310.21211600.17951290X-RAY DIFFRACTION99.86
2.31-2.40.23681410.17831322X-RAY DIFFRACTION99.93
2.4-2.510.27431280.17521347X-RAY DIFFRACTION99.8
2.51-2.650.21071240.18131361X-RAY DIFFRACTION99.87
2.65-2.810.21951390.17941317X-RAY DIFFRACTION99.79
2.81-3.030.20681040.18581403X-RAY DIFFRACTION99.93
3.03-3.330.21751450.17181335X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.820.16171340.13811367X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.80.14191510.13391347X-RAY DIFFRACTION100
4.81-43.070.18911490.16651429X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.052280454373.710044635490.7000370216032.93761228106-1.004119559731.997259727490.3651847797120.1241768454980.330400965344-0.158942244273-0.21282586924-1.118657904-0.6177073858220.987181097285-0.02145572852470.376283714695-0.1496885188890.1422348431770.538803372192-0.08812291311690.72465761628849.353295297513.86958964399.15843408856
21.87554445006-0.5384368495140.4017862698512.221491890480.3267614829372.66471596597-0.0009461447843470.2416318775290.135234605749-0.210597585221-0.0230523868785-0.158762037077-0.04286810524440.1546983172040.002600337905330.167456768536-0.04645067209210.03110197131570.1893873379950.0139011699450.16428663232727.850648355812.8150256087-4.33271838125
32.105537327340.291815463252.172379199921.2859542727-0.1406827252253.79368104097-0.2175845576360.1233785229210.552341595863-0.002615752413340.00280707296879-0.189119024896-0.5581490937770.1748812734270.2182101488890.33957767296-0.04234817386520.01192895612870.2308244774120.01619306225370.46699158583529.373682504832.64042632884.53691543371
41.4648920438-0.934862832610.5821155821993.45658532564-1.470013386262.01863992596-0.142263889516-0.1884503728710.2172828011560.5046390526760.0198791758385-0.434246235109-0.2072939697860.08126517156520.1437003408180.259961395646-0.0472983254194-0.01480588721440.217940825855-0.05182452194090.24532391471533.708361212818.482196000614.1947522938
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 24 )4 - 241 - 21
22chain 'A' and (resid 25 through 170 )25 - 17022 - 167
33chain 'A' and (resid 171 through 227 )171 - 227168 - 220
44chain 'A' and (resid 228 through 286 )228 - 286221 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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