PDB-7lx7: T4 lysozyme mutant L99A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lx7

タイトル

T4 lysozyme mutant L99A

要素

Lysozyme

キーワード

PROTEIN BINDING / HYDROLASE / mutant / lysozyme / small molecule / L99A / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Kamenik, A.S. / Singh, I. / Lak, P. / Balius, T.E. / Liedl, K.R. / Shoichet, B.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Energy penalties enhance flexible receptor docking in a model cavity.
著者: Kamenik, A.S. / Singh, I. / Lak, P. / Balius, T.E. / Liedl, K.R. / Shoichet, B.K.

履歴

登録	2021年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lx7.cif.gz	52.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lx7.ent.gz	34 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7loaC 7lobC 7locC 7lodC 7loeC 7lofC 7logC 7lojC 7lx6C 7lx8C 7lx9C 7lxaC 4w57S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1c6t-d 3huq-d 1g0m-d 140l-d 1c65-d 1c6a-d 167l-1 1c69-d 1c6j-d 212l-d 1cu3-d 3l64-d 201l-2 241l-d 1c68-d 1c6l-d 2ntg-d 5jgr-d 171l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (5) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.255, 60.255, 96.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-411- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Endolysin / Muramidase 分子量: 19691.541 Da / 分子数: 1 / 変異: L99A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-YGJ / 4-(2-phenylethoxy)phenol / 4-(フェネチルオキシ)フェノ-ル分子量: 214.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Isopropanol, PEG 4000, Tris-Cl pH 8.0, Beta-mercaptoethanol, 2-hyrdoxyethyl disulfide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.95386 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95386 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.05→96.21 Å / Num. obs: 92402 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 18.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.57 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.012 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 22.9 / Num. measured all: 1712996 / Scaling rejects: 36

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.05-1.07	11.6	2.143	42246	3652	0.404	0.639	2.242	1.2	79.2
5.75-96.21	18.7	0.024	12792	684	0.999	0.006	0.025	92.3	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4W57

4w57

解像度: 1.05→52.182 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	4781	5.18 %
R_work	0.1937	87565	-
obs	0.1941	92346	97.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 37.07 Å² / B_iso mean: 14.9224 Å² / B_iso min: 8.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.05→52.182 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1285	0	24	139	1448
B_iso mean	-	-	15.03	21.52	-
残基数	-	-	-	-	162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.785	1796
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	196
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.06	813

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.05-1.0619	0.3169	137	0.3269	2235	77
1.0619-1.0744	0.3028	147	0.3175	2494	84
1.0744-1.0875	0.3271	144	0.2912	2664	91
1.0875-1.1013	0.2783	139	0.2754	2872	95
1.1013-1.1158	0.2861	134	0.2522	2874	97
1.1158-1.1311	0.2316	141	0.2428	2889	98
1.1311-1.1473	0.223	143	0.233	2919	98
1.1473-1.1644	0.2144	149	0.2238	2934	98
1.1644-1.1826	0.2402	115	0.2122	2968	98
1.1826-1.202	0.213	163	0.2108	2900	98
1.202-1.2227	0.2023	160	0.2031	2931	99
1.2227-1.2449	0.2249	169	0.2037	2926	99
1.2449-1.2689	0.2201	159	0.2015	2921	99
1.2689-1.2948	0.1986	161	0.1918	2950	99
1.2948-1.3229	0.1956	207	0.1914	2879	99
1.3229-1.3537	0.1821	195	0.1878	2933	99
1.3537-1.3876	0.174	161	0.1863	2966	99
1.3876-1.4251	0.1895	173	0.1872	2923	99
1.4251-1.467	0.2099	175	0.1808	2995	99
1.467-1.5144	0.2024	161	0.1753	2965	100
1.5144-1.5685	0.1662	147	0.1771	2955	100
1.5685-1.6313	0.1746	190	0.1716	3024	100
1.6313-1.7056	0.1873	152	0.178	2970	100
1.7056-1.7955	0.1861	169	0.1775	3016	100
1.7955-1.908	0.1877	175	0.1842	2984	100
1.908-2.0553	0.1785	172	0.1842	3024	100
2.0553-2.2621	0.1905	156	0.1758	3053	100
2.2621-2.5895	0.2198	151	0.1907	3087	100
2.5895-3.2624	0.2197	148	0.2058	3100	100
3.2624-52.182	0.1991	188	0.1941	3214	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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