[日本語] English
万見
- PDB-7lvs: The CBP TAZ1 Domain in Complex with a CITED2-HIF-1-Alpha Fusion P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lvs
タイトルThe CBP TAZ1 Domain in Complex with a CITED2-HIF-1-Alpha Fusion Peptide
要素
  • Cbp/p300-interacting transactivator 2,Hypoxia-inducible factor 1-alpha
  • Histone lysine acetyltransferase CREBBP
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / Intrinsically Disordered Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cranial nerve morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / embryonic process involved in female pregnancy / left/right pattern formation / embryonic heart tube left/right pattern formation / epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / regulation of animal organ formation / neural fold elevation formation / adrenal cortex formation / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors ...cranial nerve morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / embryonic process involved in female pregnancy / left/right pattern formation / embryonic heart tube left/right pattern formation / epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / regulation of animal organ formation / neural fold elevation formation / adrenal cortex formation / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / iris morphogenesis / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / nodal signaling pathway / intestinal epithelial cell maturation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / positive regulation of nitric oxide metabolic process / Attenuation phase / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / pulmonary artery morphogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / elastin metabolic process / sex determination / embryonic camera-type eye morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta2 production / Notch-HLH transcription pathway / glandular epithelial cell maturation / positive regulation of male gonad development / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / endocardial cushion development / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lens morphogenesis in camera-type eye / left/right axis specification / negative regulation of growth / positive regulation of hormone biosynthetic process / positive regulation of cell-cell adhesion / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Cellular response to hypoxia / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / retina vasculature development in camera-type eye / granulocyte differentiation / mesenchymal cell apoptotic process / regulation of protein neddylation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of bone mineralization / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / collagen metabolic process / B-1 B cell homeostasis / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / vascular endothelial growth factor production / trophectodermal cell differentiation / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / response to fluid shear stress / outer kinetochore / peripheral nervous system development / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / dopaminergic neuron differentiation / cardiac neural crest cell development involved in heart development / negative regulation of interferon-beta production / transcription regulator activator activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate metabolic process / negative regulation of thymocyte apoptotic process / MRF binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / bone morphogenesis / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / determination of left/right symmetry / response to iron ion / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / motile cilium / DNA-binding transcription repressor activity / protein-lysine-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus
類似検索 - 分子機能
CITED / CITED / Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold ...CITED / CITED / Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Hypoxia-inducible factor 1-alpha / Cbp/p300-interacting transactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Appling, F.D. / Berlow, R.B. / Stanfield, R.L. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA096865, CA229652 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: The molecular basis of allostery in a facilitated dissociation process.
著者: Appling, F.D. / Berlow, R.B. / Stanfield, R.L. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2021年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Histone lysine acetyltransferase CREBBP
F: Cbp/p300-interacting transactivator 2,Hypoxia-inducible factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0015
ポリマ－18,8052
非ポリマー1963
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area9140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.061, 50.112, 41.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.189, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Protein-lysine acetyltransferase CREBBP


分子量: 11281.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crebbp, Cbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P45481, histone acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質 Cbp/p300-interacting transactivator 2,Hypoxia-inducible factor 1-alpha / MSG-related protein 1 / MRG-1 / P35srj / HIF-1-alpha / HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / ...MSG-related protein 1 / MRG-1 / P35srj / HIF-1-alpha / HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1 / Class E basic helix-loop-helix protein 78 / bHLHe78 / Member of PAS protein 1 / PAS domain-containing protein 8


分子量: 7523.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CITED2, MRG1, HIF1A, BHLHE78, MOP1, PASD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99967, UniProt: Q16665
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.87, 28% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.73 Å / Num. obs: 8465 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.878 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.0193→2.1458 Å / Num. unique obs: 562 / CC1/2: 0.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.02→40.73 Å / SU ML: 0.3266 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.6525
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 882 10.47 %
Rwork0.2107 7543 -
obs0.2137 8425 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→40.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1214 0 3 36 1253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031231
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64471662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0368191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4033774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.150.39071330.39491150X-RAY DIFFRACTION90.42
2.15-2.310.45391380.38991272X-RAY DIFFRACTION99.02
2.31-2.540.27961680.24741242X-RAY DIFFRACTION99.93
2.54-2.910.25261520.22761282X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.670.26491450.19421276X-RAY DIFFRACTION100
3.67-40.730.17551460.16621321X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る