PDB-7lv7: Crystal Structure of Branched-chain amino acid aminotransferase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lv7

タイトル

Crystal Structure of Branched-chain amino acid aminotransferase from Giardia lamblia ATCC 50803

要素

Branched-chain amino acid aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Branched-chain amino acid aminotransferase / lateral transfer candidate / Giardia lamblia / Giardia intestinalis / pyridoxal 5'-phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

branched-chain amino acid metabolic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Giardia intestinalis (真核生物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Branched-chain amino acid aminotransferase from Giardia lamblia ATCC 50803
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lv7.cif.gz	702.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lv7.ent.gz	476.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dqnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2jld-d 2v9y-1 5hvn-1 3m1s-d 6qbf-1 3nuz-3 6thz-d 6f3i-d 1wy0-1 4go3-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: GilaA.10478.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Branched-chain amino acid aminotransferase

B: Branched-chain amino acid aminotransferase

C: Branched-chain amino acid aminotransferase

D: Branched-chain amino acid aminotransferase

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Branched-chain amino acid aminotransferase

B: Branched-chain amino acid aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
83.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Branched-chain amino acid aminotransferase

D: Branched-chain amino acid aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.990, 243.180, 60.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.918, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 0 or (resid 1 through 2...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 0 through 13 or (resid 14...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 0 through 23 or resid 25...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 0 or (resid 1 through 2...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	SER	HIS	A	2 - 25
d_1	2	ens_1	ARG	PHE	A	27 - 46
d_1	3	ens_1	ILE	GLY	A	48 - 73
d_1	4	ens_1	VAL	SER	A	75 - 147
d_1	5	ens_1	TYR	GLN	A	149 - 201
d_1	6	ens_1	VAL	PRO	A	203 - 253
d_1	7	ens_1	SER	SER	A	255 - 272
d_1	8	ens_1	TYR	VAL	A	274 - 279
d_1	9	ens_1	VAL	ARG	A	281 - 282
d_1	10	ens_1	VAL	VAL	A	284 - 357
d_2	1	ens_1	SER	HIS	C	1 - 24
d_2	2	ens_1	ARG	PHE	C	26 - 45
d_2	3	ens_1	ILE	GLY	C	47 - 72
d_2	4	ens_1	VAL	SER	C	74 - 146
d_2	5	ens_1	TYR	GLN	C	148 - 200
d_2	6	ens_1	VAL	PRO	C	202 - 252
d_2	7	ens_1	SER	SER	C	254 - 271
d_2	8	ens_1	TYR	VAL	C	273 - 278
d_2	9	ens_1	VAL	ARG	C	280 - 281
d_2	10	ens_1	VAL	VAL	C	283 - 356
d_3	1	ens_1	SER	HIS	G	1 - 24
d_3	2	ens_1	ARG	PHE	G	26 - 45
d_3	3	ens_1	ILE	GLY	G	47 - 72
d_3	4	ens_1	VAL	SER	G	74 - 146
d_3	5	ens_1	TYR	GLN	G	148 - 200
d_3	6	ens_1	VAL	PRO	G	202 - 252
d_3	7	ens_1	SER	SER	G	254 - 271
d_3	8	ens_1	TYR	VAL	G	273 - 278
d_3	9	ens_1	VAL	ARG	G	280 - 281
d_3	10	ens_1	VAL	VAL	G	283 - 356
d_4	1	ens_1	SER	HIS	K	2 - 25
d_4	2	ens_1	ARG	PHE	K	27 - 46
d_4	3	ens_1	ILE	GLY	K	48 - 73
d_4	4	ens_1	VAL	SER	K	75 - 147
d_4	5	ens_1	TYR	GLN	K	149 - 201
d_4	6	ens_1	VAL	PRO	K	203 - 253
d_4	7	ens_1	SER	SER	K	255 - 272
d_4	8	ens_1	TYR	VAL	K	274 - 279
d_4	9	ens_1	VAL	ARG	K	281 - 282
d_4	10	ens_1	VAL	VAL	K	284 - 357

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.847604354471, 0.116109285018, 0.517769728948), (0.118332137105, -0.90983426367, 0.397742527246), (0.517266240548, 0.398397096607, 0.757440023899)	27.2123398055, -3.84895249519, -7.14088496219
2	given	(-0.847657619188, 0.0514685063046, 0.528041242226), (-0.157178602191, 0.926240530181, -0.342597967396), (-0.506726205802, -0.373402561734, -0.77704509473)	55.2893595136, 61.1889659476, 3.64347171076
3	given	(0.996764427241, 0.0593650206651, -0.0541892139463), (0.0608833444986, -0.997784754303, 0.0268104913024), (-0.052477566153, -0.0300229645879, -0.998170690137)	28.5898109904, 55.9002520948, -2.45815772276

#1: タンパク質	Branched-chain amino acid aminotransferase / Branched-chain amino acid aminotransferase lateral transfer candidate 分子量: 41618.078 Da / 分子数: 4 / 断片: GilaA.10478.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Giardia intestinalis (真核生物) / 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 遺伝子: GL50803_006184, GL50803_6184 / プラスミド: GilaA.10478.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: E2RU99, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1053 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition H3: 100mM BisTris pH 5.5, 25% (w/V) PEG 3350: GilaA.10478.a.A1.PW27569 + 2mM PLP: tray 254466 h3: cryo: 20% ethylene glcol: puck bfw3-4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 85876 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.951 % / B_iso Wilson estimate: 29.734 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 0.934 / Net I/σ(I): 9.45

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	2.545	0.433	2.58	6254	0.707	0.544	98.1
2.15-2.21	2.882	0.393	3.17	6167	0.772	0.482	99.1
2.21-2.28	2.929	0.344	3.54	6054	0.822	0.421	99.4
2.28-2.35	2.944	0.304	3.91	5889	0.847	0.372	99.7
2.35-2.42	2.955	0.274	4.38	5680	0.871	0.335	99.4
2.42-2.51	2.965	0.235	4.94	5503	0.911	0.287	99.6
2.51-2.6	2.983	0.204	5.49	5291	0.93	0.25	99.5
2.6-2.71	2.984	0.18	6.13	5119	0.945	0.22	99.4
2.71-2.83	3.004	0.152	7.07	4879	0.961	0.186	99.5
2.83-2.97	3.01	0.121	8.66	4690	0.973	0.148	99.4
2.97-3.13	3.025	0.102	10.07	4482	0.981	0.124	99.3
3.13-3.32	3.022	0.077	13.03	4208	0.989	0.094	99.3
3.32-3.55	3.024	0.064	15.89	3943	0.991	0.078	98.7
3.55-3.83	3.01	0.055	18.76	3653	0.993	0.067	98.7
3.83-4.2	3.022	0.049	21.03	3363	0.994	0.06	98.3
4.2-4.7	2.992	0.043	23.63	3044	0.995	0.053	98
4.7-5.42	3.054	0.047	22.06	2682	0.995	0.057	97.8
5.42-6.64	3.057	0.054	19.07	2288	0.994	0.065	98.5
6.64-9.39	3.057	0.042	23.02	1741	0.996	0.051	97.5
9.39-50	2.921	0.032	28.1	946	0.997	0.039	93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4dqn as per Morda

4dqn

解像度: 2.1→47.53 Å / SU ML: 0.2315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.1231
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1994	2033	2.37 %
R_work	0.1608	83833	-
obs	0.1617	85866	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11003	0	20	1053	12076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	11385
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8631	15544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0562	1753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	2023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3444	4092

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.496390927701
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.527409114673
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.510228389675

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.3179	137	0.2432	5461	X-RAY DIFFRACTION	97.99
2.15-2.2	0.248	140	0.2159	5586	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.2-2.26	0.2489	126	0.1979	5645	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.26-2.33	0.2314	135	0.1916	5568	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.33-2.4	0.2471	145	0.1874	5599	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.4-2.49	0.2484	114	0.178	5606	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.49-2.59	0.2218	146	0.1783	5629	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.59-2.71	0.222	125	0.1786	5619	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.71-2.85	0.2629	108	0.1757	5634	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.85-3.03	0.2173	138	0.1711	5628	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.03-3.26	0.2028	145	0.1623	5578	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.26-3.59	0.1874	153	0.1493	5571	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.59-4.11	0.158	159	0.1313	5558	X-RAY DIFFRACTION	99.03
4.11-5.18	0.1564	119	0.1176	5562	X-RAY DIFFRACTION	98.41
5.18-47.53	0.1494	143	0.1449	5589	X-RAY DIFFRACTION	98.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.75566930162	0.507964164669	-1.59126549031	2.96900500571	0.197661264837	3.58799234094	0.0777774408541	-0.372455043496	0.378477849908	0.564922113909	-0.0539142491052	0.000854576808342	-0.111223585549	0.0957826134616	-0.0233235490229	0.26542543847	0.0377453060102	-0.0569314085592	0.169910841538	-0.00972345567695	0.207707527556	16.6000983674	-8.77801502814	28.7958362767
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23	0.807219697904	-0.871380275757	-0.291235580843	2.38950571485	0.312104624239	0.906672935349	-0.107369009057	-0.160325305522	0.0782938218972	0.174370846009	0.182200446887	0.198105339698	-0.0228292062436	-0.150393034562	-0.0690050301196	0.179444469759	0.0588304935029	0.016941839304	0.227459874315	0.0176867905889	0.215741570974	30.9967745934	73.2891714804	-3.46088554919
24	2.64422806256	-0.10496037168	-0.956375636714	2.11118568481	-0.337263322324	1.92615601623	0.096129190753	0.145773213368	0.391808355982	-0.0852991012882	0.0296562660714	0.341646800707	-0.0605260751407	-0.274057653023	-0.128228317547	0.177577972558	0.0591306806329	-0.0362035768097	0.201479587836	0.0218722496587	0.251558009614	26.0536441683	79.3923992249	-13.3967743199

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 39 )	A	A	-1 - 39	1 - 41
2	2	chain 'A' and (resid 40 through 124 )	A	A	40 - 124	42 - 126
3	3	chain 'A' and (resid 125 through 171 )	A	A	125 - 171	127 - 173
4	4	chain 'A' and (resid 172 through 246 )	A	A	172 - 246	174 - 248
5	5	chain 'A' and (resid 247 through 325 )	A	A	247 - 325	249 - 327
6	6	chain 'A' and (resid 326 through 355 )	A	A	326 - 355	328 - 357
7	7	chain 'B' and (resid 0 through 39 )	B	C	0 - 39	1 - 40
8	8	chain 'B' and (resid 40 through 124 )	B	C	40 - 124	41 - 125
9	9	chain 'B' and (resid 125 through 166 )	B	C	125 - 166	126 - 167
10	10	chain 'B' and (resid 167 through 300 )	B	C	167 - 300	168 - 301
11	11	chain 'B' and (resid 301 through 325 )	B	C	301 - 325	302 - 326
12	12	chain 'B' and (resid 326 through 355 )	B	C	326 - 355	327 - 356
13	13	chain 'C' and (resid 0 through 22 )	C	G	0 - 22	1 - 23
14	14	chain 'C' and (resid 23 through 60 )	C	G	23 - 60	24 - 61
15	15	chain 'C' and (resid 61 through 145 )	C	G	61 - 145	62 - 146
16	16	chain 'C' and (resid 146 through 176 )	C	G	146 - 176	147 - 177
17	17	chain 'C' and (resid 177 through 300 )	C	G	177 - 300	178 - 301
18	18	chain 'C' and (resid 301 through 325 )	C	G	301 - 325	302 - 326
19	19	chain 'C' and (resid 326 through 355 )	C	G	326 - 355	327 - 356
20	20	chain 'D' and (resid -1 through 60 )	D	K	-1 - 60	1 - 62
21	21	chain 'D' and (resid 61 through 156 )	D	K	61 - 156	63 - 158
22	22	chain 'D' and (resid 157 through 176 )	D	K	157 - 176	159 - 178
23	23	chain 'D' and (resid 177 through 300 )	D	K	177 - 300	179 - 302
24	24	chain 'D' and (resid 301 through 355 )	D	K	301 - 355	303 - 357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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