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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7luy
タイトルCrystal Structure of guanylate kinase from Bartonella henselae str. Houston-1
要素Guanylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / Guanylate kinasem / gmk / Bartonella henselae / Rochalimaea henselae / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate kinase / guanylate kinase activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bartonella henselae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of guanylate kinase from Bartonella henselae str. Houston-1
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Sankaran, B. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate kinase
B: Guanylate kinase
C: Guanylate kinase
D: Guanylate kinase
E: Guanylate kinase
F: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,04525
ポリマ-169,5266
非ポリマー1,51919
5,603311
1
A: Guanylate kinase
F: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9557
ポリマ-56,5092
非ポリマー4465
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
2
B: Guanylate kinase
E: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,16911
ポリマ-56,5092
非ポリマー6619
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
3
C: Guanylate kinase
D: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9217
ポリマ-56,5092
非ポリマー4125
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.820, 101.910, 86.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.982, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Guanylate kinase / / GMP kinase


分子量: 28254.342 Da / 分子数: 6 / 断片: BaheA.00713.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア)
: ATCC 49882 / DSM 28221 / Houston 1 / 遺伝子: gmk, BH05390 / プラスミド: BaheA.00713.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6G439, guanylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition H9: 200mM lithium sulfate, 100mM BisTris pH 5.5, 25% (w/V) PEG 3350: BaheA.00713.a.A1.PS00367 at 20mg/ml: tray 205529 H9: cryoprotectant: 25% ethylene glycol: puck: ekw2-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 59593 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.574 % / Biso Wilson estimate: 46.792 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 19.22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.364.6160.6222.5943890.7860.70199.8
2.36-2.424.620.5323.0442700.8320.699.8
2.42-2.494.620.4633.541620.880.52299.9
2.49-2.574.620.3724.2740620.9130.41999.8
2.57-2.664.6280.2935.4638890.9440.33199.7
2.66-2.754.5980.2396.8637910.9610.26999.8
2.75-2.854.6150.1978.2437050.9730.22299.8
2.85-2.974.6220.14410.8635120.9850.16399.7
2.97-3.14.6160.10914.0833850.9910.12399.9
3.1-3.254.6040.08418.0632490.9950.09599.8
3.25-3.434.5990.06323.2530650.9970.07199.6
3.43-3.644.5530.0492929110.9980.05599.7
3.64-3.894.4730.03735.2527340.9990.04299.8
3.89-4.24.4860.02943.1925470.9990.03399.3
4.2-4.64.5060.02549.2123610.9990.02999.7
4.6-5.144.4720.02550.3821370.9990.02899.5
5.14-5.944.3850.02844.818750.9990.03199.8
5.94-7.274.5290.02744.9916060.9990.03199.4
7.27-10.294.5110.01662.35125110.01999.2
10.29-504.2230.01567.6669210.01797.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2f3t in two domains as per Morda
解像度: 2.3→45.71 Å / SU ML: 0.3185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.9884
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2525 2017 3.39 %0
Rwork0.1984 57564 --
obs0.2002 59581 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9236 0 86 311 9633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00579511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73912854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04561449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.67713428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.29571560.25534082X-RAY DIFFRACTION99.93
2.36-2.420.26111520.24144091X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.490.31831310.23914106X-RAY DIFFRACTION99.98
2.49-2.570.30851320.2364092X-RAY DIFFRACTION99.95
2.57-2.660.31931520.24724094X-RAY DIFFRACTION99.93
2.66-2.770.3011780.22994065X-RAY DIFFRACTION99.93
2.77-2.90.28041960.21714038X-RAY DIFFRACTION99.95
2.9-3.050.24291780.20344076X-RAY DIFFRACTION99.95
3.05-3.240.2931230.214127X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.2243850.19534172X-RAY DIFFRACTION99.88
3.49-3.840.25361070.18484141X-RAY DIFFRACTION99.91
3.84-4.40.21911570.16644110X-RAY DIFFRACTION99.86
4.4-5.540.21571470.17664138X-RAY DIFFRACTION99.88
5.54-45.710.24211230.19184232X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49059858016-1.336019086422.423190806384.054023198660.7455879569776.69245831881-0.0798965124816-0.2268943902740.406371444458-0.0822522683893-0.1855385746670.347306515555-0.812698379925-0.3222797522170.2064628460510.2840107623140.01434698003260.06978598352160.3240605222310.000498517219390.420981340285-1.235756615263.959301683753.7586969007
22.476184837270.0821004346440.5457643131272.329231234420.5567473481263.594879275790.0259888474067-0.1812480501690.006040805822540.1619169726130.174222578190.016830577705-0.1274942848740.230770862363-0.2019762255370.196051906099-0.01183044693570.07964164255030.302868366502-0.0009589049523640.3155741403397.8958534316957.945744308357.7884315098
33.31753455154-2.41714274914.638259026618.69359401573-1.704355645416.89285868942-0.307987538675-0.890369125730.3365375865290.7822765492910.8073979973290.134420787229-1.919826806070.322753003198-0.3886839556260.645865743043-0.01636718969420.1841764614460.801039793734-0.1019875428610.58953071534412.805163010281.85770271251.2277987577
48.010530876282.323182181771.238063244272.56425358002-0.04578353205013.12287289940.03239262755730.1194633475460.1078782091190.1177423597950.1004669322220.281313292114-0.33156467302-0.0307284777807-0.05915009616440.301354930070.04126401432240.03386603830890.2828404426110.07980092385260.226699249549-1.7975243587162.522230361743.7312157995
54.19616807911-1.359724716982.267311854562.84085802639-0.9239042607746.795767290150.2132147527270.8404526644320.268889776174-0.672024318566-0.24994149988-0.139997291928-0.1604284598360.4705083420760.009130580179730.4397236346870.03514563735240.06420425013620.3453788500140.005254633684460.345200167497-44.17435247743.667664519553.2901725627
61.58089381335-0.7657516581611.307155359621.99063334708-0.6283557343352.01476956731-0.03091333076550.1468480540060.0946953563048-0.179982087627-0.0572348056612-0.116258919995-0.1945603754750.05087638662560.08383703188370.279559805344-0.006275285519760.01478556567280.246253487105-0.002854739355440.303710139884-40.731503038846.090975583564.993782388
73.830541290960.840528633441.319244516282.586301409180.3059589967790.9117917474110.548578872313-1.14186549748-0.4003775058481.00148002309-0.411578504878-0.1684723405880.0374930664086-0.23207424335-0.1382148489580.647855262164-0.208586800536-0.02736418118920.6243408731960.09929112854090.34079253841125.333432813428.348813329784.6315028804
86.575191795931.539359470322.325374734024.17249362795-0.9144680145341.842427755530.0631393118032-0.9391154414050.217037629350.675913030369-0.0286200206858-0.0715378375946-0.274881879047-0.1833597577040.000188772407540.429268686741-0.0329587087174-0.003396542970650.409287461097-0.03305315150510.33007131952128.48346634833.966185135479.4326741104
92.39421790135-0.149062020648-1.218954376631.959876491041.173717109654.404147666950.295164583032-0.2969350607970.1123111766930.324271847053-0.1720958450060.116569699446-0.46497591127-0.02727440336-0.1139655566330.333878506367-0.02547682602660.01936497840620.2959098604130.029715538640.27630854164413.476169494331.210360524274.3268595219
102.417706767930.2603018931852.93692243785.848084389541.616076736645.401033629910.06318712096930.135693752809-0.2514653062280.184573725876-0.01559526743740.0885859571480.43304334937-0.5460875344570.09559334931180.197916367746-0.09020870739870.009686304503010.2982562965970.04533543722880.3336827007244.8728165903729.15657469655.130321572
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222.49986040742-2.231482765941.19406274822.85669470738-2.140808438621.900273044630.0439531935647-0.227774570262-0.2207633491490.441100802662-0.0223664071113-0.322386363750.1991114057960.1633994057560.08481282135340.562843123637-0.0561935479395-0.1580723066960.3048726563010.001910094811040.481376072419-25.271011095728.124863398688.3053357159
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255.473890129441.922166343431.753005066351.644183826140.9127388423851.6278387226-0.00196182703320.378191671356-0.142554594892-0.1691883825330.03767103233620.277260457106-0.0604939550185-0.0827902697313-0.009352543726360.3158139873160.0519624602352-0.02855610995520.3628225163840.06396026577040.365199590284-14.47256514758.573126642131.9882924181
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 15 through 52 )AA15 - 521 - 38
22chain 'A' and (resid 53 through 140 )AA53 - 14039 - 126
33chain 'A' and (resid 141 through 155 )AA141 - 155127 - 141
44chain 'A' and (resid 156 through 221 )AA156 - 221142 - 207
55chain 'B' and (resid 15 through 79 )BF15 - 791 - 65
66chain 'B' and (resid 80 through 221 )BF80 - 22166 - 202
77chain 'C' and (resid 16 through 79 )CJ16 - 791 - 64
88chain 'C' and (resid 80 through 126 )CJ80 - 12665 - 111
99chain 'C' and (resid 127 through 221 )CJ127 - 221112 - 204
1010chain 'D' and (resid 15 through 31 )DL15 - 311 - 17
1111chain 'D' and (resid 32 through 126 )DL32 - 12618 - 112
1212chain 'D' and (resid 127 through 155 )DL127 - 155113 - 141
1313chain 'D' and (resid 156 through 219 )DL156 - 219142 - 205
1414chain 'E' and (resid 16 through 26 )EQ16 - 261 - 11
1515chain 'E' and (resid 27 through 39 )EQ27 - 3912 - 24
1616chain 'E' and (resid 40 through 52 )EQ40 - 5225 - 37
1717chain 'E' and (resid 53 through 70 )EQ53 - 7038 - 49
1818chain 'E' and (resid 71 through 91 )EQ71 - 9150 - 70
1919chain 'E' and (resid 92 through 107 )EQ92 - 10771 - 86
2020chain 'E' and (resid 108 through 126 )EQ108 - 12687 - 105
2121chain 'E' and (resid 127 through 155 )EQ127 - 155106 - 134
2222chain 'E' and (resid 156 through 184 )EQ156 - 184135 - 163
2323chain 'E' and (resid 185 through 221 )EQ185 - 221164 - 200
2424chain 'F' and (resid 16 through 107 )FX16 - 1071 - 76
2525chain 'F' and (resid 108 through 221 )FX108 - 22177 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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