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- PDB-7lui: Crystal structure of Vibrio cholerae DsbA in complex with bile sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lui
タイトルCrystal structure of Vibrio cholerae DsbA in complex with bile salt taurocholate
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / complex / antibacterial
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TAUROCHOLIC ACID / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Wang, G. / Heras, B.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1144046 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1099151 オーストラリア
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2022
タイトル: Selective Binding of Small Molecules to Vibrio cholerae DsbA Offers a Starting Point for the Design of Novel Antibacterials.
著者: Wang, G. / Mohanty, B. / Williams, M.L. / Doak, B.C. / Dhouib, R. / Totsika, M. / McMahon, R.M. / Sharma, G. / Zheng, D. / Bentley, M.R. / Ka-Yan Chin, Y. / Horne, J. / Chalmers, D.K. / Heras, B. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1033
ポリマ－20,4951
非ポリマー6082
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.832, 90.340, 63.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-350-

HOH

21A-421-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 20495.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: dsbA, tpcG, VC_0034 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32557
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TCH / TAUROCHOLIC ACID / タウロコ-ル酸


分子量: 515.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H45NO7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 26-36% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95366 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→45.17 Å / Num. obs: 18907 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 110092 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.74-1.775.90.37356809700.9180.1640.4083.893.7
9.03-45.175.10.02383516510.010.02636.199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DVC

4dvc


解像度: 1.74→45.17 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2037 978 5.18 %
Rwork0.1716 17911 -
obs0.1734 18889 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.26 Å2 / Biso mean: 30.5939 Å2 / Biso min: 12.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1411 0 49 123 1583
Biso mean--52.01 35.96 -
残基数----180
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.74-1.830.26311260.19992487261397
1.83-1.940.25011440.186325152659100
1.94-2.090.20631380.177725402678100
2.09-2.30.20931500.185425372687100
2.3-2.640.21621260.180825782704100
2.64-3.320.19731580.17622552271099
3.32-45.170.18731360.154527022838100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91010.4701-0.7152.884-0.83881.8325-0.05120.1020.24430.0674-0.1853-0.232-0.71110.14220.01870.7762-0.4197-0.42780.16730.480.725995.653629.01042.6925
22.91760.01241.25233.3433-1.393.83940.09540.30080.0849-0.4228-0.1828-0.1567-0.11790.46580.2030.20970.0311-0.00180.1942-0.01440.213887.818613.60264.4473
32.151-1.73771.79926.0498-5.034.25450.1210.31590.4525-0.1321-0.01930.1214-0.8817-0.7302-0.07460.41910.15970.0080.32430.01410.243878.698420.604110.9076
41.52170.388-0.83784.4511-2.08644.6127-0.06860.1410.0663-0.37040.1120.07550.0437-0.4634-0.02650.11480.0162-0.0060.1379-0.01570.130183.264312.87865.0228
53.98260.79631.93.75740.17627.7493-0.0112-0.0214-0.25080.06830.0661-0.16990.1683-0.0432-0.16120.1239-0.00430.01240.1479-0.01640.185281.17672.013812.714
64.12491.01360.90634.39851.81526.30270.0829-0.18730.3132-0.0475-0.11440.4516-0.3572-0.54770.06160.15920.04740.03060.212-0.01320.265873.07929.065614.4965
77.2149-2.2277-1.0186.9591.86317.2070.074-0.83260.44110.83660.11920.1694-0.0063-0.3365-0.1090.2244-0.01730.00410.2645-0.0290.201476.77246.313826.1995
84.00870.6696-0.4783.09640.72473.91440.1308-0.2125-0.16880.1523-0.12290.26240.148-0.43510.03580.1567-0.04740.01160.2340.00810.218471.9652-2.947714.6343
94.31612.54710.3833.81650.48712.4528-0.19210.1348-0.1109-0.15530.1211-0.1116-0.01590.1779-0.02440.13880.01550.00570.1893-0.03260.156489.07032.92744.1704
102.6993-1.53263.14075.078-3.03336.5562-0.09120.50650.3263-0.2607-0.2995-0.2598-0.3230.73150.29640.1893-0.0326-0.03170.23460.04880.215792.520617.60364.415
113.71990.32061.84043.81711.99834.2648-0.0677-0.12030.54490.8129-0.1982-0.4664-1.43080.18560.24590.78070.0269-0.17230.20030.00890.278186.741328.512.9754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 11 )A2 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 30 )A12 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 46 )A31 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 47 through 62 )A47 - 62
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 63 through 78 )A63 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 79 through 94 )A79 - 94
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 95 through 102 )A95 - 102
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 103 through 126 )A103 - 126
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 127 through 143 )A127 - 143
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 144 through 159 )A144 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 160 through 181 )A160 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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