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Yorodumi- PDB-7lui: Crystal structure of Vibrio cholerae DsbA in complex with bile sa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lui | |||||||||
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Title | Crystal structure of Vibrio cholerae DsbA in complex with bile salt taurocholate | |||||||||
Components | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / complex / antibacterial | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | |||||||||
Authors | Wang, G. / Heras, B. | |||||||||
Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: Chemmedchem / Year: 2022 Title: Selective Binding of Small Molecules to Vibrio cholerae DsbA Offers a Starting Point for the Design of Novel Antibacterials. Authors: Wang, G. / Mohanty, B. / Williams, M.L. / Doak, B.C. / Dhouib, R. / Totsika, M. / McMahon, R.M. / Sharma, G. / Zheng, D. / Bentley, M.R. / Ka-Yan Chin, Y. / Horne, J. / Chalmers, D.K. / Heras, B. / Scanlon, M.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lui.cif.gz | 92.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lui.ent.gz | 68.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lui.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7lui_validation.pdf.gz | 656.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7lui_full_validation.pdf.gz | 657.5 KB | Display | |
Data in XML | 7lui_validation.xml.gz | 10.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7lui_validation.cif.gz | 14.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lui | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7lsmC 4dvcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20495.365 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (bacteria) Strain: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / Gene: dsbA, tpcG, VC_0034 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P32557 |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Chemical | ChemComp-TCH / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 26-36% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.95366 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95366 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.74→45.17 Å / Num. obs: 18907 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 110092 / Scaling rejects: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4DVC Resolution: 1.74→45.17 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.26 Å2 / Biso mean: 30.5939 Å2 / Biso min: 12.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.74→45.17 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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