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- PDB-7lu6: Crystal structure of the mouse Kirrel3 D1 homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lu6
タイトルCrystal structure of the mouse Kirrel3 D1 homodimer
要素Kin of IRRE-like protein 3
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Cell surface receptor / Nervous system
機能・相同性
機能・相同性情報


inter-male aggressive behavior / Nephrin family interactions / glomerulus morphogenesis / principal sensory nucleus of trigeminal nerve development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / hemopoiesis / neuron projection morphogenesis / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / dendritic shaft ...inter-male aggressive behavior / Nephrin family interactions / glomerulus morphogenesis / principal sensory nucleus of trigeminal nerve development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / hemopoiesis / neuron projection morphogenesis / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / dendritic shaft / hippocampus development / PDZ domain binding / cell-cell adhesion / neuron migration / synaptic vesicle / cell-cell junction / axon / dendrite / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Kin of IRRE-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Roman, C.A. / Pak, J.S. / Wang, J. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS097161 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Molecular and structural basis of olfactory sensory neuron axon coalescence by Kirrel receptors.
著者: Wang, J. / Vaddadi, N. / Pak, J.S. / Park, Y. / Quilez, S. / Roman, C.A. / Dumontier, E. / Thornton, J.W. / Cloutier, J.F. / Ozkan, E.
履歴
登録2021年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kin of IRRE-like protein 3
B: Kin of IRRE-like protein 3
C: Kin of IRRE-like protein 3
D: Kin of IRRE-like protein 3
E: Kin of IRRE-like protein 3
F: Kin of IRRE-like protein 3
G: Kin of IRRE-like protein 3
H: Kin of IRRE-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,42216
ポリマ－97,2388
非ポリマー1848
水6,053336
1
A: Kin of IRRE-like protein 3
B: Kin of IRRE-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3554
ポリマ－24,3092
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
2
C: Kin of IRRE-like protein 3
D: Kin of IRRE-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3554
ポリマ－24,3092
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
3
E: Kin of IRRE-like protein 3
F: Kin of IRRE-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3554
ポリマ－24,3092
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10260 Å2
手法PISA
4
G: Kin of IRRE-like protein 3
H: Kin of IRRE-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3554
ポリマ－24,3092
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.241, 63.241, 347.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Kin of IRRE-like protein 3 / Kin of irregular chiasm-like protein 3 / Nephrin-like protein 2 / mKirre


分子量: 12154.733 Da / 分子数: 8 / 断片: Domain 1, residues 47-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kirrel3, Kiaa1867, Neph2 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8BR86
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5, 1.4 M Sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月17日
放射モノクロメーター: Single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 57041 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.13 / Rsym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 14.6 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2865 / CC1/2: 0.617 / CC star: 0.874 / Rpim(I) all: 0.459 / Rrim(I) all: 0.97 / Rsym value: 0.853 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Coot0.9.3モデル構築
PHASER2.6.0位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LTW

7ltw


解像度: 1.95→49.52 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.9666
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 2846 4.99 %
Rwork0.1602 54138 -
obs0.1648 56984 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6246 0 8 336 6590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00466572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68419007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05031029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.42792423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.980.27481130.22952691X-RAY DIFFRACTION93.63
1.98-2.020.24371650.21282647X-RAY DIFFRACTION94
2.02-2.060.23861490.2122709X-RAY DIFFRACTION94.59
2.06-2.10.24791670.20252696X-RAY DIFFRACTION94.07
2.1-2.150.22541550.19222675X-RAY DIFFRACTION94.49
2.15-2.20.18281360.19012718X-RAY DIFFRACTION95.17
2.2-2.250.21531220.18782715X-RAY DIFFRACTION95.63
2.25-2.310.20731520.19032688X-RAY DIFFRACTION94.58
2.31-2.380.19621700.18432691X-RAY DIFFRACTION93.99
2.38-2.460.25631320.17122710X-RAY DIFFRACTION95.29
2.46-2.540.23111360.17582733X-RAY DIFFRACTION95.26
2.54-2.640.19461300.17442725X-RAY DIFFRACTION95.45
2.65-2.770.19861800.16882654X-RAY DIFFRACTION93.65
2.77-2.910.21281140.17152739X-RAY DIFFRACTION96
2.91-3.090.18861590.16022689X-RAY DIFFRACTION94.42
3.09-3.330.2191210.15622772X-RAY DIFFRACTION95.78
3.33-3.670.14821360.1412705X-RAY DIFFRACTION95.21
3.67-4.20.1491370.13332737X-RAY DIFFRACTION95.2
4.2-5.290.18431390.11992711X-RAY DIFFRACTION95.02
5.29-49.520.19681330.17062733X-RAY DIFFRACTION94.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.872617392-0.0158505556863-0.8242824259111.728179126080.3225574214911.91929535832-0.005505508203010.199632824371-0.093699802178-0.1359557224860.0339916692897-0.01738052130980.138624156608-0.0129745379942-0.03120811539520.190446271066-0.00773223555808-0.03107369981760.131115449554-0.01409131056350.06910234286682.2855416174718.7022751116-47.8207131443
22.41416910783-0.206477426869-0.9107279521341.23167303972-0.3682784707873.11548707137-0.0502218662699-0.289846609794-0.1184288412490.1967882252110.07332571239310.01717319880170.363247303298-0.0576501914577-0.01943990251480.284714607303-0.00834380958534-0.02202124646490.1758942846850.01828279514470.079585934516-3.1552281363318.8946356561-24.4409586907
33.151150137990.206709679657-0.248057579791.546046653270.2710621622172.912595653760.02908934802160.341659601861-0.0374039293228-0.1861118672540.00473609013973-0.1046362521520.3316145526080.207133350861-0.0206011534230.2611413356460.01496189195030.02627674449020.186614112222-0.00536633862340.08972206234346.8394002811217.7940203182-91.5244655298
42.16920858731-0.6899183057670.6028369042471.52858947994-0.1273566477742.372292261680.0995829810744-0.0237363261772-0.0172745816781-0.01432452272030.007220220480110.03024188496140.142572112243-0.0568299616342-0.08602191674370.190425469622-0.01873857267930.007718899053690.1293558083250.006264470358950.06509556285271.5086793535418.9344444648-68.1470421827
55.088117484380.0778801389911-1.718627178622.02747747796-0.5022962995042.7504700958-0.289253440412-0.154573011030.1329396997250.03254245696350.2730899481960.09204967649980.278380263366-0.3198769103850.04740519117120.5126764718050.0285800169581-0.03040163019290.52542034099-0.01041957379910.155242259787-1.1798157858117.7016995312-4.26842006912
63.767041360251.23794638824-2.40044061572.16226151864-1.082533358285.90544047905-0.0260863799312-0.1953763781170.1717756101690.2195000465890.1543983997640.0898081509272-0.03515864385180.200053805521-0.08314617327950.7250910902560.0926123896540.03268863414810.7604357581570.04528247449790.218449097737-7.5411382128816.084405219519.1097478598
74.099095700650.275456895778-4.571026500722.76740471331-0.8989126902915.564314767430.003996075615340.1315674941710.201452451091-0.3179163660730.276005591693-0.0598992796247-0.2103453846660.105130786142-0.301356482240.686469487879-0.001275411072380.02191162924150.78502878771-0.05251044568110.234943587749-5.9839669498116.93735254239.0135932159
83.974423839061.37578526441-2.483471620164.70539004655-0.5548864115568.693885148550.309115356359-0.265421386570.133243102465-0.2006090570950.1452400830480.0263954245209-0.3337523338991.14013168206-0.3231729625740.471842909878-0.03564070245020.03465091834620.760811391586-0.05152442303070.148059409299-12.237202010513.535962579562.1413175793
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11chain AAA - B45 - 1001
22chain BBC - D46 - 1001
33chain CCE - F45 - 1001
44chain DDG - H47 - 1001
55chain EEI - J47 - 1001
66chain FFK - L47 - 1001
77chain GGM - N47 - 1001
88chain HHO - P48 - 1001

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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