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- PDB-7lsw: Structure of Full Beta-Hairpin LIR from FNIP2 Bound to GABARAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lsw
タイトルStructure of Full Beta-Hairpin LIR from FNIP2 Bound to GABARAP
要素Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / AUTOPHAGY / ATG8 / LIR
機能・相同性
機能・相同性情報


FNIP-folliculin RagC/D GAP / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / Amino acids regulate mTORC1 / ATPase inhibitor activity / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex ...FNIP-folliculin RagC/D GAP / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / Amino acids regulate mTORC1 / ATPase inhibitor activity / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Macroautophagy / beta-tubulin binding / regulation of protein phosphorylation / autophagosome membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / smooth endoplasmic reticulum / protein targeting / mitophagy / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / sperm midpiece / positive regulation of TORC1 signaling / autophagosome / GABA-ergic synapse / positive regulation of protein-containing complex assembly / microtubule cytoskeleton organization / centriolar satellite / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein transport / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / protein-folding chaperone binding / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / protein phosphorylation / Golgi membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain / Folliculin-interacting protein N-terminus / Folliculin-interacting protein middle domain / Folliculin-interacting protein C-terminus / Tripartite DENN domain, FNIP1/2-type / Tripartite DENN FNIP1/2-type domain profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like ...Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain / Folliculin-interacting protein N-terminus / Folliculin-interacting protein middle domain / Folliculin-interacting protein C-terminus / Tripartite DENN domain, FNIP1/2-type / Tripartite DENN FNIP1/2-type domain profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Folliculin-interacting protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Appleton, B.A.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: GABARAP sequesters the FLCN-FNIP tumor suppressor complex to couple autophagy with lysosomal biogenesis.
著者: Goodwin, J.M. / Walkup 4th, W.G. / Hooper, K. / Li, T. / Kishi-Itakura, C. / Ng, A. / Lehmberg, T. / Jha, A. / Kommineni, S. / Fletcher, K. / Garcia-Fortanet, J. / Fan, Y. / Tang, Q. / Wei, M. ...著者: Goodwin, J.M. / Walkup 4th, W.G. / Hooper, K. / Li, T. / Kishi-Itakura, C. / Ng, A. / Lehmberg, T. / Jha, A. / Kommineni, S. / Fletcher, K. / Garcia-Fortanet, J. / Fan, Y. / Tang, Q. / Wei, M. / Agrawal, A. / Budhe, S.R. / Rouduri, S.R. / Baird, D. / Saunders, J. / Kiselar, J. / Chance, M.R. / Ballabio, A. / Appleton, B.A. / Brumell, J.H. / Florey, O. / Murphy, L.O.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
B: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
C: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
D: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
E: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
F: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,51913
ポリマ－101,8476
非ポリマー6727
水00
1
A: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
C: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0453
ポリマ－33,9492
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
D: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4297
ポリマ－33,9492
非ポリマー4805
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
E: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1414
ポリマ－33,9492
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
F: Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0453
ポリマ－33,9492
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)202.510, 202.510, 202.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+3/4,z+1/4,-y+1/4
#4: z+3/4,y+1/4,-x+1/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+3/4,x+1/4,-z+1/4
#20: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 974 through 979 or (resid 980...
21(chain B and (resid 974 through 979 or (resid 980...
31(chain C and (resid 974 through 979 or (resid 980...
41(chain D and (resid 974 through 979 or (resid 980...
51(chain E and (resid 974 through 996 or resid 1001 through 1115))
61(chain F and (resid 974 through 979 or (resid 980...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 974 through 979 or (resid 980...A974 - 979
121(chain A and (resid 974 through 979 or (resid 980...A980 - 981
131(chain A and (resid 974 through 979 or (resid 980...A-26 - 117
141(chain A and (resid 974 through 979 or (resid 980...A-26 - 117
151(chain A and (resid 974 through 979 or (resid 980...A-26 - 117
161(chain A and (resid 974 through 979 or (resid 980...A-26 - 117
211(chain B and (resid 974 through 979 or (resid 980...B974 - 979
221(chain B and (resid 974 through 979 or (resid 980...B980 - 981
231(chain B and (resid 974 through 979 or (resid 980...B-26 - 117
241(chain B and (resid 974 through 979 or (resid 980...B-26 - 117
251(chain B and (resid 974 through 979 or (resid 980...B-26 - 117
261(chain B and (resid 974 through 979 or (resid 980...B-26 - 117
311(chain C and (resid 974 through 979 or (resid 980...C974 - 979
321(chain C and (resid 974 through 979 or (resid 980...C980 - 981
331(chain C and (resid 974 through 979 or (resid 980...C-27 - 117
341(chain C and (resid 974 through 979 or (resid 980...C-27 - 117
351(chain C and (resid 974 through 979 or (resid 980...C-27 - 117
361(chain C and (resid 974 through 979 or (resid 980...C-27 - 117
411(chain D and (resid 974 through 979 or (resid 980...D974 - 979
421(chain D and (resid 974 through 979 or (resid 980...D980 - 981
431(chain D and (resid 974 through 979 or (resid 980...D-27 - 117
441(chain D and (resid 974 through 979 or (resid 980...D-27 - 117
451(chain D and (resid 974 through 979 or (resid 980...D-27 - 117
461(chain D and (resid 974 through 979 or (resid 980...D-27 - 117
511(chain E and (resid 974 through 996 or resid 1001 through 1115))E974 - 996
521(chain E and (resid 974 through 996 or resid 1001 through 1115))E1001 - 1115
611(chain F and (resid 974 through 979 or (resid 980...F974 - 979
621(chain F and (resid 974 through 979 or (resid 980...F980 - 981
631(chain F and (resid 974 through 979 or (resid 980...F-26 - 115
641(chain F and (resid 974 through 979 or (resid 980...F-26 - 115
651(chain F and (resid 974 through 979 or (resid 980...F-26 - 115
661(chain F and (resid 974 through 979 or (resid 980...F-26 - 115
詳細The biologically relevant assembly interface is between residues -27 to -1 of one chain and residues 0 to 117 of the adjacent chain.

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要素

#1: タンパク質
Folliculin-interacting protein 2,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / FNIP1-like protein / O6-methylguanine-induced apoptosis 1 protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 16974.434 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: FNIP2, FNIPL, KIAA1450, MAPO1, GABARAP, FLC3B, HT004
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P278, UniProt: O95166
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 2% v/v PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→49.12 Å / Num. obs: 27664 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 78.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.494 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.498 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 2171504
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.05-3.2481.39.4220.843630.5111.0479.481100
9.15-49.1267.10.10411790.9990.0130.10599.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6hyo

6hyo


解像度: 3.05→49.12 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 1406 5.09 %
Rwork0.2278 26203 -
obs0.2289 27609 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.18 Å2 / Biso mean: 92.6965 Å2 / Biso min: 47.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→49.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7083 0 35 0 7118
Biso mean--111.86 --
残基数----856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6959816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.866958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531042
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051255
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2496X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
12B2496X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
13C2496X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
14D2496X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
15E2496X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
16F2496X-RAY DIFFRACTION6.947TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.05-3.160.40731350.344325502685
3.16-3.290.35381250.319725842709
3.29-3.430.31941430.290925612704
3.44-3.620.35271260.277426022728
3.62-3.840.30751370.250425732710
3.84-4.140.23341510.226725902741
4.14-4.550.21641520.196425922744
4.56-5.210.23261360.188726502786
5.21-6.560.25081390.23526722811
6.57-49.120.20181620.206828292991

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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