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- PDB-7lsf: Crystal structure of the human neutralizing antibody Fab fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lsf
タイトルCrystal structure of the human neutralizing antibody Fab fragment T025 bound to TBEV EDIII (Western Subtype)
要素
  • Envelope protein E
  • T025 Fab Heavy Chain
  • T025 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Tick-borne encephalitis virus / antibody / EDIII / TBEV / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily ...Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Keeffe, J.R. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2021
タイトル: Broad and potent neutralizing human antibodies to tick-borne flaviviruses protect mice from disease.
著者: Agudelo, M. / Palus, M. / Keeffe, J.R. / Bianchini, F. / Svoboda, P. / Salat, J. / Peace, A. / Gazumyan, A. / Cipolla, M. / Kapoor, T. / Guidetti, F. / Yao, K.H. / Elsterova, J. / Teislerova, ...著者: Agudelo, M. / Palus, M. / Keeffe, J.R. / Bianchini, F. / Svoboda, P. / Salat, J. / Peace, A. / Gazumyan, A. / Cipolla, M. / Kapoor, T. / Guidetti, F. / Yao, K.H. / Elsterova, J. / Teislerova, D. / Chrdle, A. / Honig, V. / Oliveira, T. / West, A.P. / Lee, Y.E. / Rice, C.M. / MacDonald, M.R. / Bjorkman, P.J. / Ruzek, D. / Robbiani, D.F. / Nussenzweig, M.C.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: T025 Fab Heavy Chain
L: T025 Fab Light Chain
E: Envelope protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9186
ポリマ－61,7803
非ポリマー1383
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.542, 66.730, 91.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#3: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 13520.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (WESTERN SUBTYPE) (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E3UMN9

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 T025 Fab Heavy Chain


分子量: 24834.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 T025 Fab Light Chain


分子量: 23424.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 122分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→90.91 Å / Num. obs: 31036 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / CC1/2: 0.994 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 6 % / Num. unique obs: 2897 / CC1/2: 0.838 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX1.18.2_3874精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GHW, 4OGX, 6J5F

2ghw

4ogx

6j5f


解像度: 2.24→90.91 Å / SU ML: 0.2509 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.707
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 1539 4.96 %
Rwork0.1893 29460 -
obs0.1912 30999 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→90.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3995 0 8 119 4122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00754104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95185590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.44551472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.320.26281390.23792713X-RAY DIFFRACTION97.87
2.32-2.40.31221450.24652677X-RAY DIFFRACTION97.88
2.4-2.50.30761470.25732627X-RAY DIFFRACTION96.89
2.5-2.610.32111170.23932616X-RAY DIFFRACTION94.18
2.61-2.750.26641430.22542688X-RAY DIFFRACTION97.92
2.75-2.920.26381270.21562716X-RAY DIFFRACTION97.5
2.92-3.140.26811590.21152609X-RAY DIFFRACTION95.22
3.14-3.460.24111350.18932705X-RAY DIFFRACTION97.86
3.46-3.960.2121590.16912698X-RAY DIFFRACTION97.51
3.96-4.990.16721310.14112678X-RAY DIFFRACTION96.63
4.99-90.910.16581370.16872733X-RAY DIFFRACTION95.48
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.81198766909-0.664790785022-2.961779751120.710968131181-0.2348603245942.172568744760.219851814776-0.05082414435610.502111445562-0.124676701031-0.0039177834837-0.0410815235478-0.345673675507-0.17220834845-0.258098538310.3137669753450.03138269213220.02218739978730.18151426222-0.03128153146910.30990686453217.321310576612.253788757844.0400402899
23.445627441190.48121037662-2.123586140241.425355604670.5344137173433.07159060886-0.0851670458358-0.0998444325462-0.0212238923816-0.02726212473560.0577138407118-0.252272774917-0.05047494001580.1284173741780.04417925247980.2059707369340.00909247190370.009900217932790.1892665026775.09327127444E-50.2886042733219.34092433785.2599600048346.6893342487
32.139077663970.307915804577-0.8299399897462.90580716898-0.3367349308423.192157927850.227557219030.5674153629620.461281277916-0.44943827276-0.09815508042940.343625624091-0.216451865037-0.342012492204-0.1764134569770.2951842490320.08612112816820.0006183342767280.5128314774610.06834774393820.31642022942924.84798176111.4434118165912.926384817
45.058598724790.4519894819572.110980554165.402504157644.106167341948.64772622243-0.07427822386370.5027783602770.922622024415-0.882350449373-0.4360311852390.400597088131-1.475968790640.08145892561640.4110982005010.4521362681560.07221435107910.06363877623020.3605001311440.1363732974630.55356612449527.447008186910.172871100714.9581450299
52.06371762212-1.911513138651.875628267771.88412836837-2.499595885818.21984128543-0.02277354828470.0876265275576-0.304053585757-0.1766604359020.122650725603-0.00333150979655-0.05014841224920.0477891759978-0.1136685960850.209067394372-0.04059540422040.02175153796710.253524348526-0.02467796996870.4159043477067.95940196951-16.10949829836.4946844463
63.094101787120.665977976349-0.267753055833.642503419220.2111198186793.3134382175-0.02516655493080.33899160034-0.141607655785-0.3188465673740.03385601171760.289213448492-0.0107218387184-0.320222210734-0.02522330163410.2052958671016.08714725015E-5-0.006172370380030.26351031372-0.02708459308960.2682211548393.34985869553-8.9161551219240.1351913765
71.07349483096-0.406118776311-1.699951956660.4329822290392.378482334956.23586794738-0.1092987929090.312749610159-0.2211136835480.0632517518653-0.05453566953410.00275344973360.552798534233-0.228845430381-0.09950026514250.315245424253-0.00925150498347-0.001138173133450.263735778135-0.03731260091040.29621736175311.3114750549-11.625709761336.6348461383
86.35125181919-0.222707969387-1.439865816141.984603574750.4908014189872.848195747190.1141718985220.6041887584690.301112325493-0.1974371085190.03521230949010.0314225684243-0.112791441339-0.084288237806-0.170017367230.251731122520.0203066331808-0.014439681270.368858184256-0.00696978170130.19210578230729.4195333258-9.3855138247512.292002895
95.57805812803-0.027343415924-0.1657338999342.296348528540.8430633970862.697794061420.06802674776690.347520734690.482487994932-0.158115770027-0.06130081520460.159109786905-0.0628652913242-0.453288058586-0.01609704804980.244726085178-0.0197455270212-0.002598939482670.3242578660540.07439693460380.16945537154324.0636328669-11.78492050817.7733697485
102.8663317016-1.68335123813-0.5071648693021.579749178430.3657328899242.575216378020.130816039350.838560220736-0.125756267285-0.30639232572-0.133712907119-0.00162102244264-0.005899403313780.079617758687-0.003903971025970.2738500635840.04604835278060.01190424510550.522942677226-0.03816157726780.22857972711134.3035857044-13.77615339129.12039466209
112.03463849362-1.02832992134-1.727297448811.934973445670.1105735194016.324540255360.215662088366-0.422482350129-0.1164508010550.40003854545-0.1674688498180.2310210478470.814311569867-0.2190302453710.01133517371380.413800745117-0.149268643090.03000779254320.394973171221-0.0231915317880.2601298675890.5835812175140.071967847904871.0926695011
120.9472663933070.58702089327-0.7102714394344.567754568113.611402423124.920751031360.100809749847-0.1577958974640.05220139581480.586915459195-0.1014629995140.1891592153220.492620042659-0.147075711245-0.01626353942580.238367281746-0.01680204158720.008405485010480.3489002826830.0662586511630.244633437652.980720383955.2180244362671.7299888528
134.60720502485-0.510105775032-1.57259292882.611357936871.671867643374.644289663990.0247101208954-0.210913161662-0.06084502475460.521879560072-0.3561052202650.1677836677320.616670375732-0.7679477305740.3155306797560.315629616508-0.07909205389770.07283099734130.45252952043-0.01080353532880.240366582855-1.626393613994.3507516995974.8969083568
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 33 )HA1 - 331 - 33
22chain 'H' and (resid 34 through 118 )HA34 - 11834 - 125
33chain 'H' and (resid 119 through 195 )HA119 - 195126 - 200
44chain 'H' and (resid 196 through 213 )HA - B196 - 301201
55chain 'L' and (resid 1 through 18 )LC1 - 181 - 18
66chain 'L' and (resid 19 through 90 )LC19 - 9019 - 90
77chain 'L' and (resid 91 through 113 )LC91 - 11391 - 115
88chain 'L' and (resid 114 through 150 )LC114 - 150116 - 152
99chain 'L' and (resid 151 through 174 )LC151 - 174153 - 176
1010chain 'L' and (resid 175 through 213 )LC175 - 213177 - 215
1111chain 'E' and (resid 303 through 325 )ED303 - 3251 - 23
1212chain 'E' and (resid 326 through 361 )ED326 - 36124 - 59
1313chain 'E' and (resid 362 through 396 )ED362 - 39660 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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