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- PDB-7lrn: Structure of the Siderophore Interacting Protein from Acinetbacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lrn
タイトルStructure of the Siderophore Interacting Protein from Acinetbacter baumannii
要素NADPH-dependent ferric siderophore reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SIDEROPHORE-INTERACTING PROTEIN / FLAVIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting protein, C-terminal domain / FAD-binding 9, siderophore-interacting / Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting FAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADPH-dependent ferric siderophore reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Korasick, D.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003986 米国
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Flavin-Dependent Siderophore-Interacting Protein from Acinetobacter baumannii .
著者: Valentino, H. / Korasick, D.A. / Bohac, T.J. / Shapiro, J.A. / Wencewicz, T.A. / Tanner, J.J. / Sobrado, P.
履歴
登録2021年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent ferric siderophore reductase
B: NADPH-dependent ferric siderophore reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6914
ポリマ－69,1202
非ポリマー1,5712
水00
1
A: NADPH-dependent ferric siderophore reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3462
ポリマ－34,5601
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NADPH-dependent ferric siderophore reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3462
ポリマ－34,5601
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.790, 127.252, 150.304
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLUGLU(chain A and (resid 25 through 26 or (resid 27...AA25 - 2640 - 41
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 25 through 26 or (resid 27...AA2742
13METMETFADFAD(chain A and (resid 25 through 26 or (resid 27...AA - C25 - 30140
14METMETFADFAD(chain A and (resid 25 through 26 or (resid 27...AA - C25 - 30140
15METMETFADFAD(chain A and (resid 25 through 26 or (resid 27...AA - C25 - 30140
16METMETFADFAD(chain A and (resid 25 through 26 or (resid 27...AA - C25 - 30140
21METMETASPASP(chain B and (resid 25 through 102 or (resid 103...BB25 - 10240 - 117
22LEULEULEULEU(chain B and (resid 25 through 102 or (resid 103...BB103118
23GLNGLNFADFAD(chain B and (resid 25 through 102 or (resid 103...BB - D23 - 30138
24GLNGLNFADFAD(chain B and (resid 25 through 102 or (resid 103...BB - D23 - 30138
25GLNGLNFADFAD(chain B and (resid 25 through 102 or (resid 103...BB - D23 - 30138
26GLNGLNFADFAD(chain B and (resid 25 through 102 or (resid 103...BB - D23 - 30138

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要素

#1: タンパク質 NADPH-dependent ferric siderophore reductase


分子量: 34560.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: A7M79_07860, BGC29_02895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E3M8P2
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M NaCl, 5 % PEG 400, and 0.1 M HEPES-Na pH 7.5 at 17.5 mg/mL of BauF.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→150.3 Å / Num. obs: 19818 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 81.44 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 145243
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.85-37.52.4672113128320.3210.9632.6520.8100
9.01-150.36.60.04946466990.9990.020.05424.999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GPJ

2gpj


解像度: 2.85→75.15 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 991 5.01 %
Rwork0.2183 18785 -
obs0.2205 19776 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 188.13 Å2 / Biso mean: 84.9253 Å2 / Biso min: 56.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→75.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3824 0 106 0 3930
Biso mean--67.84 --
残基数----496
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2297X-RAY DIFFRACTION7.793TORSIONAL
12B2297X-RAY DIFFRACTION7.793TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.85-30.35021440.324226222766
3-3.190.35191350.303126622797
3.19-3.430.32811350.271426552790
3.43-3.780.27921520.223226582810
3.78-4.330.2591370.226742811
4.33-5.450.22771440.186927072851
5.45-75.150.24361440.205128072951
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6320.44070.06312.98610.53473.4911-0.01550.2641-0.0235-0.16370.0050.0453-0.03780.17890.02110.47670.05-0.01310.52290.03110.4557-30.769615.3944-13.658
23.42090.27951.38471.84070.42792.93850.1984-0.41870.13840.3985-0.18330.1523-0.1-0.1967-0.0150.6056-0.11450.0360.5822-0.05030.5315-18.819925.44120.1507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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