PDB-7lr7: Crystal structure of GH5_18 from Streptomyces cattleya in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lr7

タイトル

Crystal structure of GH5_18 from Streptomyces cattleya in complex with GlcNAc

要素

Uncharacterized protein ScGH5_18

キーワード

HYDROLASE / Glycosidase / N-glycan / CAZyme

機能・相同性

Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / Glycosyl hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces cattleya (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes.
著者: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2021年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7lr7.ent.gz	145.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lr7_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lr7_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7lr7_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	7lr7_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lqxSC 7lr1C 7lr2C 7lr6C 7lr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lr8-d 7lr6-1 7lr1-1 3sdr-d 7lr2-1 5ogk-3 2jiu-d 3sdq-d 7lr6-2 2xsv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein ScGH5_18

ヘテロ分子

48.3 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein ScGH5_18

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein ScGH5_18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
96.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.151, 115.761, 159.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-917- HOH

#1: タンパク質

Uncharacterized protein ScGH5_18

分子量: 47916.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces cattleya (strain ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057) (バクテリア)
株: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057
遺伝子: SCATT_p07120 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F8JJ04

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL

分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→79.79 Å / Num. obs: 32258 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 22.98 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 2207 / CC_1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LQX

7lqx

解像度: 1.95→48.33 Å / SU ML: 0.2651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.4077 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2202	1538	4.77 %
R_work	0.17	30711	-
obs	0.1723	32249	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3210	0	28	344	3582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	3354
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8434	4604
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	505
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.8573	1937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.01	0.3868	127	0.2962	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.01-2.08	0.2855	150	0.2581	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.08-2.17	0.3151	120	0.217	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.17-2.27	0.2341	163	0.1998	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.27-2.39	0.2186	136	0.1787	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.39-2.54	0.1969	132	0.1663	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.54-2.73	0.2107	147	0.16	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.73-3.01	0.2213	145	0.1666	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.01-3.44	0.224	147	0.1547	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.44-4.34	0.1675	137	0.1335	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.34-48.33	0.2029	134	0.1537	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.23

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.428557114362	-0.328117360499	-0.341602972501	3.77893585248	-0.5124431002	0.769041946157	0.00015632778269	0.211277079654	0.0317994568556	-0.057882679506	0.0692350029618	-0.0463913212519	-0.0764597338489	-0.0631495715059	-0.0710484595346	0.130659417132	0.0147952078127	-0.00250010063776	0.232837829319	0.0483194368681	0.128760798679	4.44658305427	14.3050573932	45.9389452626
2	3.51414121256	0.66059630209	-1.81165967513	2.48817421363	-0.936958041434	3.45800718821	0.0178733188782	0.1445259369	0.0818220890643	-0.0855188655531	-0.00800061798334	-0.0414661860481	-0.109274465508	0.0695821831881	-0.0193279924169	0.117011514994	0.0259359803143	-0.0234458161395	0.146548740953	0.0281551128237	0.148265995439	6.95825613146	12.1267009456	46.4606018152
3	0.679411448251	0.286395882006	-0.207269128561	1.86285772121	-0.865150905444	1.79577204027	0.0360920484013	0.0677018058102	0.109932271803	0.168615976327	-0.0739849586784	-0.19402465623	-0.00456854078539	0.123121821179	0.0615333131095	0.153731438243	0.0244571106586	-0.0175216991605	0.214920501601	-0.00394316751561	0.179452593897	12.6370407188	0.899116077461	59.2169006596
4	2.12816159229	1.12138886661	-2.2201373514	2.1147269938	-1.7218052752	7.05530336322	-0.0409756683914	0.259216892151	0.204630530138	-0.217322701779	0.129845747728	-0.141825308359	0.22279841921	-0.101316299669	-0.156055053586	0.148927102498	0.0398281692417	0.0170164231736	0.190109443616	0.0413168798346	0.181479612095	12.7635581765	14.511275991	52.2472818114
5	1.90498581304	1.47397299668	-1.42757388941	1.60971204206	-0.994021978773	5.97721916809	7.05770803038E-5	-0.198559921816	-0.165319153127	0.267603310977	-0.150378331145	-0.250811213906	0.0643387034859	0.382170296066	0.144649211248	0.197124229618	0.036582120515	-0.012197687024	0.116208619259	0.0200142351009	0.190711922356	15.5333638526	9.5917928761	65.6950393793
6	4.90022207436	-1.59765461284	-2.73380779942	3.13316604155	1.66341142295	2.08759683335	-0.0121817995464	-0.00829236325204	0.253987456334	0.230869678544	0.0755464748918	-0.151745105432	0.0733504853485	0.010339449519	-0.0879486490695	0.173065553402	-0.00978877598905	-0.0460354203175	0.12216239677	0.00103945974734	0.19081291418	14.2519661139	20.2340503498	63.8569549396
7	3.02604586125	2.28441389215	1.24824499255	2.2248871821	0.237201129617	2.01585290576	-0.0689578608714	-0.00553551250547	0.147979471608	0.210901804212	0.0485499705511	0.252158519273	-0.203294753816	-0.162183811709	0.0193515482539	0.24497201007	0.0401034591228	0.0242842249592	0.155733669596	-0.00699444076077	0.216087516652	3.43472228619	32.1320080261	66.5162450507
8	4.611761315	-0.235665699105	1.48573437367	2.94298649421	-0.610307691064	2.43041958219	0.0313501646445	-0.0276119122126	0.289231135043	0.0646140716221	-0.0628822327516	0.0128577626021	-0.247359585063	-0.1005660741	0.0422405186859	0.19970437683	0.0137391937092	0.02549006716	0.14092694597	0.0172206406522	0.161371732832	4.32937673358	31.9911246047	57.5942459165
9	1.25421979157	1.53849204044	-0.728831706833	2.49703595368	-0.391767746752	0.953136449012	-0.122077696417	0.0946185624893	0.0714166955672	-0.136042062196	0.00453810433195	-0.119608087605	-0.019637248556	-0.0377850600342	0.113176310454	0.165199358691	0.0373259151103	-0.0196100936414	0.174363509842	0.057839460847	0.219543962962	-0.370261687947	22.2954143413	52.8044701931
10	4.27607681276	2.28277931304	-0.300432789085	3.21981108914	0.199173726369	1.02226845414	-0.0904465405223	0.263710886856	0.370939601356	-0.256367543233	0.0868169722552	0.168184462855	-0.101850581268	0.0381291341236	-0.00588148941152	0.209878052521	0.0560419202949	-0.00319525172133	0.200086417331	0.067344623036	0.216937452278	-3.28077565834	29.7234187886	47.0149137784
11	2.5719070243	1.85295639106	-0.575961578981	2.68442339853	-0.186159072596	5.79240168746	-0.0112737640086	-0.0181372213398	0.36397001583	0.142276038055	0.00355213179118	0.0255029643679	-0.351043207238	0.140717816681	0.0507409076593	0.186525909173	0.0314184501412	-0.0353531292072	0.159581563491	-0.0160389634423	0.260940317994	12.1721490223	35.9523674469	70.1488470212
12	4.42769720483	-0.594012669272	-6.44003674888	1.15354230343	0.173138767454	9.83291909051	-0.0483698597124	0.763470407904	-1.0248643225	-0.287191311212	-0.061495679582	-0.0329481183204	-0.0207072258808	-0.276195748608	0.224397088375	0.245367644473	-0.0254453548928	-0.0702895119799	0.294635261816	-0.0429500558444	0.358595811893	25.2200185981	34.0768345074	75.7909589607
13	7.54944856003	3.53580992573	2.43148025609	9.84867643544	2.72277521072	9.67213879175	-0.199417703286	-0.0817111136862	0.0488742914418	-0.17346032771	-0.21701328338	-0.701532428201	0.063971927566	0.685871022486	0.266350808298	0.322418439929	-0.0554196381614	-0.0226375493164	0.27153855012	0.0266388851821	0.310485879554	27.3655286162	37.7583614672	68.239902095
14	4.09604259171	-0.907948734214	2.0694476901	7.02967092257	-2.04099776145	9.31873530732	-0.232776694515	0.134596637795	0.723692295747	0.231351034706	0.399246000514	0.769649813664	-0.782466845238	0.233248040029	-0.159789245266	0.367997822954	-0.0420188131312	-0.0808970101005	0.18321302167	0.036189278722	0.392558563427	19.9993339321	42.946374519	72.4542408002
15	5.373196148	-3.70366852087	3.65936875838	8.33129065906	-2.66868838625	2.51100068527	-0.84247197259	-1.83276585161	1.21140403049	0.260996524121	-0.174113179375	0.977571785538	-1.62929889782	-0.875793245064	0.880491954435	0.476525804662	0.0929530252411	-0.182413749083	0.602010881726	-0.145104660773	0.603560328229	10.554365833	42.8278124558	81.0853648995

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 10 through 70 )	10 - 70	10 - 70
2	2	chain 'A' and (resid 71 through 105 )	71 - 105	71 - 105
3	3	chain 'A' and (resid 106 through 139 )	106 - 139	106 - 139
4	4	chain 'A' and (resid 140 through 157 )	140 - 157	140 - 157
5	5	chain 'A' and (resid 158 through 187 )	158 - 187	158 - 187
6	6	chain 'A' and (resid 188 through 225 )	188 - 225	188 - 225
7	7	chain 'A' and (resid 226 through 256 )	226 - 256	226 - 256
8	8	chain 'A' and (resid 257 through 294 )	257 - 294	257 - 294
9	9	chain 'A' and (resid 295 through 317 )	295 - 317	295 - 310
10	10	chain 'A' and (resid 318 through 348 )	318 - 348	318 - 348
11	11	chain 'A' and (resid 349 through 400 )	349 - 400	349 - 400
12	12	chain 'A' and (resid 401 through 406 )	401 - 406	401 - 406
13	13	chain 'A' and (resid 407 through 413 )	407 - 413	407 - 413
14	14	chain 'A' and (resid 414 through 420 )	414 - 420	414 - 420
15	15	chain 'A' and (resid 421 through 425 )	421 - 425	421 - 425

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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