PDB-7lr6: Crystal structure of GH5_18-E140A from Bifidobacterium longum sub...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 7lr6

タイトル

Crystal structure of GH5_18-E140A from Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 in complex with Manb1-4GlcNAc

要素

Glycosyl hydrolase BlGH5_18

キーワード

HYDROLASE / Glycosidase / N-glycan / CAZyme

機能・相同性

Glycoside hydrolase superfamily / PHOSPHATE ION / Glycosyl hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes.
著者: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2021年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb7lr6.ent.gz	561.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lr6_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lr6_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7lr6_validation.xml.gz	64.7 KB	表示
CIF形式データ	7lr6_validation.cif.gz	92.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lqxC 7lr1SC 7lr2C 7lr7C 7lr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lr1-1 7lr2-1 7lr8-d 7lr1-2 6mpc-d 3sae-d 7lr7-1 2xsr-1 3sdr-d 4zb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

B: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

C: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

D: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

201 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

C: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

B: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.257, 142.989, 157.444
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Glycosyl hydrolase BlGH5_18

分子量: 49564.191 Da / 分子数: 4 / 変異: E140A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0175_1989 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C2GY91

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG 2K, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.36242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.36242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.36 Å / Num. obs: 105883 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 42.62 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 5206 / CC_1/2: 0.533

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LR1

7lr1

解像度: 2.3→39.36 Å / SU ML: 0.2965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.3957 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2059	5139	4.9 %
R_work	0.1609	99789	-
obs	0.1631	104928	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13231	0	179	685	14095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	13838
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8861	18928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0522	2024
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	2454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0793	10932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3264	152	0.3129	3075	X-RAY DIFFRACTION	92.23
2.33-2.35	0.3562	163	0.2705	3329	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.35-2.38	0.3209	178	0.2543	3276	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.38-2.41	0.3147	178	0.2546	3282	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.41-2.44	0.283	165	0.2393	3315	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.44-2.48	0.2749	171	0.2357	3270	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.48-2.51	0.2916	186	0.2246	3242	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.51-2.55	0.3247	161	0.2377	3290	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.55-2.59	0.3541	158	0.2436	3229	X-RAY DIFFRACTION	97.05
2.59-2.63	0.2787	179	0.2251	3321	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.63-2.68	0.3166	137	0.2196	3320	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.68-2.73	0.2678	178	0.1998	3307	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.73-2.78	0.2441	148	0.1961	3332	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.78-2.84	0.2604	194	0.1979	3301	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.84-2.9	0.2614	154	0.205	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.9-2.97	0.2577	155	0.2028	3383	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.97-3.04	0.2924	164	0.1979	3326	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.04-3.12	0.2384	176	0.1921	3327	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.12-3.21	0.2219	175	0.1779	3306	X-RAY DIFFRACTION	98.75
3.21-3.32	0.2341	150	0.1884	3287	X-RAY DIFFRACTION	97.92
3.32-3.44	0.233	185	0.1757	3335	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.44-3.57	0.2379	171	0.1569	3346	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.57-3.74	0.1862	176	0.1373	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-3.93	0.1672	190	0.123	3368	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.93-4.18	0.1464	199	0.1085	3337	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.18-4.5	0.1294	174	0.1049	3378	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.5-4.95	0.1431	175	0.1055	3394	X-RAY DIFFRACTION	99.3
4.95-5.67	0.1491	165	0.1209	3412	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.67-7.13	0.1764	177	0.1475	3468	X-RAY DIFFRACTION	99.95
7.13-39.36	0.165	205	0.1384	3574	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.23469724075	2.41726540704	-1.84614282003	4.10807744667	0.841378462757	4.72066364691	0.066191073009	-0.177146934228	0.270746923014	0.205528403733	0.0145681323348	-0.0491099475089	-0.35570507237	0.126854377124	-0.0646876109499	0.221937162879	0.0624231661083	-0.0355752240556	0.301747363561	-0.0325624373048	0.246597480481	53.2308597372	6.99758360246	-10.4938118706
2	1.50981167738	0.0796943405874	-1.12730528812	0.452576781179	0.0580524301113	1.99945896645	-0.0181021978227	-0.0583998408675	-0.0686244216184	0.0204449816158	-0.0977026104699	0.00297562455555	-0.0377289875532	-0.00144711796193	0.0503269016796	0.290653538952	0.00783396688516	-0.00252323372433	0.327974255975	0.0137999376529	0.289610299774	62.7574905566	0.704461742418	-19.8586913671
3	1.44880628837	0.0812482657191	-1.13606544275	1.23143224033	0.601242677764	4.48629228775	-0.132069920886	-0.252600450505	-0.167940250258	0.0246248927059	0.0316926431641	-0.0866176413932	0.153260705244	0.221461757267	0.160056497436	0.340316566947	0.00641117083392	0.00502572044914	0.333403966453	0.0369146639208	0.357326408882	65.368143396	-6.65947206056	-17.8616186748
4	2.22725485053	-0.188360167765	-1.30277652143	3.20946610053	0.0948656706284	2.26461708552	-0.0832543736519	0.216376044091	-0.376662415309	-0.479684871172	-0.00950768853528	0.0805627847481	0.497149214067	-0.0530098229987	0.217849320911	0.390191142141	-0.0279917172113	0.050753863557	0.335061059389	-0.0381826125314	0.406261713778	60.6884321093	-12.9388280975	-30.677804502
5	1.5245171027	0.361749125029	-0.628780058365	2.27924712228	-0.123391966406	1.02722927846	-0.0283268392932	0.179330488498	-0.041762081373	-0.0731975431944	-0.0796258966926	0.140572960352	0.0752898614595	-0.179728113753	0.0627413376209	0.286790454087	-0.0216601805554	-0.0128673896758	0.399257257689	-0.0535452391455	0.290860039358	43.8006075422	-8.84911871673	-19.8335276906
6	1.38698481543	0.901814635916	-0.316572668634	2.88515044364	0.574099323216	2.20525915278	0.161326464235	-0.129930614525	0.203031087863	0.510076838876	-0.106554024943	0.243448395489	-0.190789084473	-0.121490862265	0.0396635144181	0.246459303737	0.0214641049192	0.000267995284431	0.390064475085	-0.0742441292563	0.355589005487	39.4776673696	-0.589856281675	-10.3039283595
7	1.84885583555	0.593566573591	0.223397903434	3.08234778033	-0.430608646243	1.19109988181	-0.0250589505988	0.222247580273	-0.169469664289	-0.348954836043	-0.0213266698501	0.109275486103	0.307742033672	-0.213534714548	0.0723533315374	0.453674783892	-0.0851633560185	-0.0244186873684	0.500252911173	-0.12970688348	0.439219802694	37.9866128159	-22.3367680769	-26.8310011953
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 34 )	A	A	0 - 34	0 - 34
2	2	chain 'A' and (resid 35 through 108 )	A	A	35 - 108	35 - 108
3	3	chain 'A' and (resid 109 through 145 )	A	A	109 - 145	109 - 145
4	4	chain 'A' and (resid 146 through 171 )	A	A	146 - 171	146 - 171
5	5	chain 'A' and (resid 172 through 302 )	A	A	172 - 302	172 - 302
6	6	chain 'A' and (resid 303 through 341 )	A	A	303 - 341	303 - 341
7	7	chain 'A' and (resid 342 through 423 )	A	A	342 - 423	342 - 423
8	8	chain 'B' and (resid 0 through 34 )	B	B	0 - 34	0 - 34
9	9	chain 'B' and (resid 35 through 145 )	B	B	35 - 145	35 - 145
10	10	chain 'B' and (resid 146 through 167 )	B	B	146 - 167	146 - 167
11	11	chain 'B' and (resid 168 through 302 )	B	B	168 - 302	168 - 302
12	12	chain 'B' and (resid 303 through 341 )	B	B	303 - 341	303 - 341
13	13	chain 'B' and (resid 342 through 423 )	B	B	342 - 423	342 - 423
14	14	chain 'C' and (resid 0 through 34 )	C	C	0 - 34	0 - 34
15	15	chain 'C' and (resid 35 through 171 )	C	C	35 - 171	35 - 171
16	16	chain 'C' and (resid 172 through 375 )	C	C	172 - 375	172 - 375
17	17	chain 'C' and (resid 376 through 422 )	C	C	376 - 422	376 - 422
18	18	chain 'D' and (resid 0 through 128 )	D	D	0 - 128	0 - 128
19	19	chain 'D' and (resid 129 through 375 )	D	D	129 - 375	129 - 375
20	20	chain 'D' and (resid 376 through 422 )	D	D	376 - 422	376 - 422

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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