PDB-7lqn: Glucosamine-6-phosphate Deaminase from H. influenzae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lqn

タイトル

Glucosamine-6-phosphate Deaminase from H. influenzae

要素

Glucosamine-6-phosphate deaminase

キーワード

HYDROLASE / Deaminase / NagB / Sialic Acid

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosamine-6-phosphate deaminase / glucosamine-6-phosphate deaminase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Subramanian, R. / Srinivasachari, S.

資金援助

インド,

英国, 2件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: A dimer between monomers and hexamers-Oligomeric variations in glucosamine-6-phosphate deaminase family.
著者: Srinivasachari, S. / Tiwari, V.R. / Kharbanda, T. / Sowdamini, R. / Subramanian, R.

履歴

登録	2021年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_audit_support / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.country / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lqn.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lqn.ent.gz	980.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lqmC 1deaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lqn-2 3dkq-1 1vhc-d 4z10-d 1ovl-d 7kr5-d 1v1b-2 4c3y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucosamine-6-phosphate deaminase

B: Glucosamine-6-phosphate deaminase

C: Glucosamine-6-phosphate deaminase

D: Glucosamine-6-phosphate deaminase

E: Glucosamine-6-phosphate deaminase

F: Glucosamine-6-phosphate deaminase

G: Glucosamine-6-phosphate deaminase

H: Glucosamine-6-phosphate deaminase

I: Glucosamine-6-phosphate deaminase

J: Glucosamine-6-phosphate deaminase

K: Glucosamine-6-phosphate deaminase

L: Glucosamine-6-phosphate deaminase

390 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucosamine-6-phosphate deaminase

B: Glucosamine-6-phosphate deaminase

C: Glucosamine-6-phosphate deaminase

D: Glucosamine-6-phosphate deaminase

E: Glucosamine-6-phosphate deaminase

F: Glucosamine-6-phosphate deaminase

登録者が定義した集合体
根拠: microscopy
195 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Glucosamine-6-phosphate deaminase

H: Glucosamine-6-phosphate deaminase

I: Glucosamine-6-phosphate deaminase

J: Glucosamine-6-phosphate deaminase

K: Glucosamine-6-phosphate deaminase

L: Glucosamine-6-phosphate deaminase

登録者が定義した集合体
195 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.405, 144.300, 131.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.070, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H
9	1	chain I
10	1	chain J
11	1	chain K
12	1	chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 0 - 260 / Label seq-ID: 16 - 276

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D
5	chain E	E	E
6	chain F	F	F
7	chain G	G	G
8	chain H	H	H
9	chain I	I	I
10	chain J	J	J
11	chain K	K	K
12	chain L	L	L

#1: タンパク質	Glucosamine-6-phosphate deaminase / GlcN6P deaminase / GNPDA / Glucosamine-6-phosphate isomerase 分子量: 32459.719 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain 86-028NP) (インフルエンザ菌) 株: 86-028NP / 遺伝子: nagB, NTHI0227 / プラスミド: pET300/NT-DEST / 詳細 (発現宿主): Gateway cloning / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Bl21(De3)* / 参照: UniProt: Q4QP46, glucosamine-6-phosphate deaminase

#1: タンパク質

Glucosamine-6-phosphate deaminase / GlcN6P deaminase / GNPDA / Glucosamine-6-phosphate isomerase

分子量: 32459.719 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Haemophilus influenzae (strain 86-028NP) (インフルエンザ菌)
株: 86-028NP / 遺伝子: nagB, NTHI0227 / プラスミド: pET300/NT-DEST / 詳細 (発現宿主): Gateway cloning / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Bl21(De3)* / 参照: UniProt: Q4QP46, glucosamine-6-phosphate deaminase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: Cuboid
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 2 % w/v Tasciminate pH 5.0, 0.1 M Sodium Citrate tribasic pH 5.6, 16 % PEG 3350 with 0.1 M Strontium Chloride. 6H2O as additive

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors
放射	モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→48.67 Å / Num. obs: 76608 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 46.11 Å² / CC_1/2: 0.972 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.109 / R_rim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 256858 / Scaling rejects: 202
反射シェル	解像度: 3→3.06 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 4516 / CC_1/2: 0.845 / R_pim(I) all: 0.336 / R_rim(I) all: 0.629 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	VERSION Jan 26, 2018	データ削減
Aimless	0.6.3	データスケーリング
PHENIX	1.19	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX	1.19	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1dea

1dea

解像度: 3→47.49 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	3814	4.98 %
R_work	0.1935	72705	-
obs	0.1959	76519	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.96 Å² / B_iso mean: 45.5616 Å² / B_iso min: 16.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→47.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25020	0	0	0	25020
残基数	-	-	-	-	3132

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	2	B	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	3	C	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	4	D	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	5	E	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	6	F	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	7	G	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	8	H	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	9	I	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	10	J	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	11	K	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL
1	12	L	9444	X-RAY DIFFRACTION	4.037	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.04	0.3447	127	0.2784	2715	2842	100
3.04-3.08	0.3172	145	0.2707	2655	2800	99
3.08-3.12	0.3355	140	0.2701	2673	2813	99
3.12-3.16	0.3194	143	0.2669	2658	2801	99
3.16-3.21	0.3003	143	0.2678	2657	2800	99
3.21-3.26	0.3793	130	0.2797	2686	2816	99
3.26-3.32	0.3499	137	0.2877	2660	2797	99
3.32-3.37	0.3496	137	0.2637	2663	2800	99
3.37-3.43	0.2989	143	0.2538	2666	2809	99
3.43-3.5	0.2872	141	0.2168	2672	2813	99
3.5-3.57	0.2771	161	0.2123	2693	2854	100
3.57-3.65	0.2747	162	0.2112	2691	2853	100
3.65-3.73	0.2681	141	0.1908	2674	2815	100
3.73-3.83	0.2149	150	0.1813	2691	2841	100
3.83-3.93	0.2222	143	0.1809	2693	2836	100
3.93-4.05	0.2308	138	0.1668	2716	2854	100
4.05-4.18	0.2157	139	0.1655	2674	2813	100
4.18-4.33	0.2051	139	0.1654	2752	2891	100
4.33-4.5	0.1911	143	0.1631	2686	2829	100
4.5-4.7	0.2136	147	0.1592	2706	2853	100
4.7-4.95	0.189	111	0.1475	2736	2847	100
4.95-5.26	0.2054	116	0.1626	2728	2844	100
5.26-5.67	0.2135	171	0.1622	2673	2844	100
5.67-6.24	0.2158	129	0.1732	2749	2878	100
6.24-7.14	0.2228	167	0.1808	2689	2856	100
7.14-8.98	0.2007	147	0.1644	2733	2880	100
8.98-47.49	0.1727	124	0.1645	2716	2840	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 125.5328 Å / Origin y: -26.5328 Å / Origin z: 98.8387 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2088 Å²	-0 Å²	-0.0056 Å²	-	0.2043 Å²	0.0272 Å²	-	-	0.2205 Å²
L	0.0531 °²	-0.0023 °²	-0.0143 °²	-	0.0309 °²	0.0357 °²	-	-	0.0517 °²
S	-0.0132 Å °	-0.0011 Å °	0.0117 Å °	-0.0046 Å °	0.0084 Å °	-0.0008 Å °	0.0024 Å °	0.005 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	0 - 260
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	0 - 260
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	0 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	0 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	0 - 260
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	0 - 260
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	0 - 260
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	0 - 260
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	0 - 260
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	0 - 260
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	0 - 260
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	0 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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