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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lqa | ||||||
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タイトル | X-ray radiation damage series on Proteinase K at 277K, multi-conformer model, dataset 2 (merged) | ||||||
![]() | Proteinase K | ||||||
![]() | HYDROLASE / radiation damage / conformational heterogeneity / protease | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yabukarski, F. / Doukov, T. / Herschlag, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Evaluating the impact of X-ray damage on conformational heterogeneity in room-temperature (277 K) and cryo-cooled protein crystals. 著者: Yabukarski, F. / Doukov, T. / Mokhtari, D.A. / Du, S. / Herschlag, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 345.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 243 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7lfgC ![]() 7ljvC ![]() 7ljwC ![]() 7ljzC ![]() 7lk5C ![]() 7lk6C ![]() 7llpC ![]() 7ln7SC ![]() 7ln8C ![]() 7ln9C ![]() 7lnbC ![]() 7lncC ![]() 7lndC ![]() 7loqC ![]() 7lorC ![]() 7lp6C ![]() 7lplC ![]() 7lpmC ![]() 7lptC ![]() 7lpuC ![]() 7lpvC ![]() 7lq8C ![]() 7lq9C ![]() 7lqbC ![]() 7lqcC ![]() 7ltdC ![]() 7ltiC ![]() 7ltvC ![]() 7lu0C ![]() 7lu1C ![]() 7lu2C ![]() 7lu3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | 配列の詳細 | The residue at position 207 was modeled as aspartate instead of serine because the electron density ...The residue at position 207 was modeled as aspartate instead of serine because the electron density unambiguously indicates an aspartate at this position. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of ...詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of precipitant solution (1.0 M Ammonium Sulfate). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.88557 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.02→34.89 Å / Num. obs: 120670 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.2 % / Biso Wilson estimate: 8.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.02→1.04 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 3.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5868 / Rpim(I) all: 0.792 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7LN7 解像度: 1.02→33.89 Å / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.3875 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.02→33.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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