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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lol | ||||||||||||
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タイトル | The structure of Agmatinase from E. Coli at 1.8 A displaying urea and agmatine | ||||||||||||
![]() | Agmatinase | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() agmatinase / agmatinase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / spermidine biosynthetic process / manganese ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Maturana, P. / Figueroa, M. / Gonzalez-Ordenes, F. / Villalobos, P. / Martinez-Oyanedel, J. / Uribe, E.A. / Castro-Fernandez, V. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli Agmatinase: Catalytic Mechanism and Residues Relevant for Substrate Specificity. 著者: Maturana, P. / Orellana, M.S. / Herrera, S.M. / Martinez, I. / Figueroa, M. / Martinez-Oyanedel, J. / Castro-Fernandez, V. / Uribe, E. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33593.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 155分子 ![](data/chem/img/AG2.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/URE.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/URE.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-AG2 / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-URE / | #5: 化合物 | ChemComp-TRS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.04 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: Agmatinase at 12 mg/mL in Buffer 25 mM Tris-HCl pH 8.0, 2 mM MnCl2. Condition: 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2 and 40% PEG 300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→35.79 Å / Num. obs: 25154 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 27.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06576 / Rrim(I) all: 0.06753 / Net I/σ(I): 28.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 0.892 / Mean I/σ(I) obs: 3.61 / Num. unique obs: 2475 / Rrim(I) all: 0.9161 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3NPI 解像度: 1.8→35.79 Å / SU ML: 0.1271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6338 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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