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- PDB-7lnv: Apo Structure of Isopentenyl Phosphate Kinase from Candidatus met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lnv
タイトルApo Structure of Isopentenyl Phosphate Kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus
要素Isopentenyl phosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Phosphotransferase ATP Biocatalysis Isoprenoids Enzyme Promiscuity
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / terpenoid biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fosfomycin resistance kinase, FomA-type / Glutamate/acetylglutamate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Isopentenyl phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Thomas, L.M. / Singh, S. / Scull, E.M. / Bourne, C.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Molecular Basis for the Substrate Promiscuity of Isopentenyl Phosphate Kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus .
著者: Johnson, B.P. / Kumar, V. / Scull, E.M. / Thomas, L.M. / Bourne, C.R. / Singh, S.
履歴
登録2021年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopentenyl phosphate kinase
B: Isopentenyl phosphate kinase
C: Isopentenyl phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9887
ポリマ－91,6003
非ポリマー3884
水4,053225
1
B: Isopentenyl phosphate kinase
C: Isopentenyl phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3635
ポリマ－61,0662
非ポリマー2963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
2
A: Isopentenyl phosphate kinase
ヘテロ分子

A: Isopentenyl phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2514
ポリマ－61,0662
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area3660 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.392, 45.630, 113.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

21A-466-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Isopentenyl phosphate kinase / IPK


分子量: 30533.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌)
遺伝子: BKD89_07040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G3II74, isopentenyl phosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Sodium Malonate pH 7.0, 20% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日 / 詳細: Osmic Veri Max mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 44070 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.89 Å2 / CC1/2: 0.997 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 9.91
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 2159 / CC1/2: 0.552

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-30001.17.1_3660データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LKK

3lkk


解像度: 2.2→37.29 Å / SU ML: 0.3045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.1766
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 2005 4.55 %
Rwork0.2278 42048 -
obs0.2303 44053 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5606 0 26 225 5857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00295711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51977679
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0437885
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8516801
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.34751360.32062880X-RAY DIFFRACTION97.57
2.25-2.310.33181430.2993003X-RAY DIFFRACTION99.59
2.31-2.380.30881410.28292961X-RAY DIFFRACTION99.49
2.38-2.460.33351360.27152965X-RAY DIFFRACTION99.97
2.46-2.550.30051470.26863017X-RAY DIFFRACTION99.97
2.55-2.650.32921370.26722975X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.770.33851470.26462986X-RAY DIFFRACTION99.97
2.77-2.910.32091350.26463010X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.10.32731470.24662982X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.340.24941500.22583023X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.670.26511450.21023015X-RAY DIFFRACTION100
3.67-4.20.25341370.19613039X-RAY DIFFRACTION99.87
4.2-5.290.22061530.18083039X-RAY DIFFRACTION99.87
5.29-37.290.28211510.19863153X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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