PDB-7lng: TNA modification at 3' end of RNA primer complex with guanosine d...

キーワード

RNA / nonenzymatic RNA extension

機能・相同性

DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-LCC / Chem-LCG / Chem-LKC / Chem-TG / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Fang, Z. / Giurgiu, C. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structure-Activity Relationships in Nonenzymatic Template-Directed RNA Synthesis.
著者: Giurgiu, C. / Fang, Z. / Aitken, H.R.M. / Kim, S.C. / Pazienza, L. / Mittal, S. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2021年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	7kukC 7kulC 7kumC 7kunC 7kuoC 7kupC 7lneC 7lnfC 5ueeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u8u-d 7kuo-d 5dhc-2 6cab-d 7kun-d 2d19-d 6c8e-d 7lnf-d 5dhc-1 5uef-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
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#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*(LCC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*(TG))-3')

B: RNA (5'-R(*(LCC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*(TG))-3')

ヘテロ分子

13.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.165, 45.165, 82.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: RNA鎖	RNA (5'-R((LCC)P(LCC)P(LCC)P(LCG)PAPCPUPUPAPAPGPUPCP(TG))-3') 分子量: 4422.683 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 12分子

#2: 化合物	ChemComp-LCC / [(1R,3R,4R,7S)-7-HYDROXY-3-(5-METHYLCYTOSIN-1-YL)-2,5-DIOXABICYCLO[2.2.1]HEPT-1-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 349.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₃O₈P
#3: 化合物	ChemComp-LCG / [(1R,3R,4R,7S)-7-HYDROXY-3-(GUANIN-9-YL)-2,5-DIOXABICYCLO[2.2.1]HEPT-1-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 375.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄N₅O₈P
#4: 化合物	ChemComp-TG / 2-azanyl-9-[(2~{R},3~{R},4~{S})-3-oxidanyl-4-[oxidanyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxy-oxolan-2-yl]-1~{H}-purin-6-one タイプ: RNA linking / 分子量: 332.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-LKC / 4-AMINO-1-[(1S,3R,4R,7S)-7-HYDROXY-1-(HYDROXYMETHYL)-2,5-DIOXABICYCLO[2.2.1]HEPT-3-YL]-5-METHYLPYRIMIDIN-2(1H)-ONE タイプ: RNA linking / 分子量: 269.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₃O₅
#6: 化合物	ChemComp-GP3 / DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Gp₃G 分子量: 788.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₇N₁₀O₁₈P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 1.5 M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033175 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033175 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5652
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.4348

反射

解像度: 2.2→82.83 Å / Num. obs: 5325 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 57.59 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 20

反射シェル

解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 266 / CC_1/2: 0.955 / R_pim(I) all: 0.101 / R_rim(I) all: 0.312 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UEE

5uee

解像度: 2.2→82.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 4.994 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2747	290	5.447 %
R_work	0.225	5034	-
all	0.228	-	-
obs	-	5324	99.663 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.478 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.556 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.556 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.112 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→82.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	378	318	0	696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.018	780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.025	0.025	343
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.663	2.131	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.041	3.213	811
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.194	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.885	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.023	148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.133	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.229	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.249	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.228	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.374	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.028	5.818	779
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.025	5.821	780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.744	8.71	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.742	8.713	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.328	57.777	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.324	57.776	1100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.425	17	0.214	367	X-RAY DIFFRACTION	99.7403
2.257-2.319	0.264	25		349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.386	0.307	11	0.301	349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.459	0.296	20		329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.54	0.326	15	0.322	334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.629	0.478	20	0.286	308	X-RAY DIFFRACTION	99.696
2.629-2.728	0.434	17	0.266	304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.728-2.839	0.453	17	0.313	298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.839-2.966	0.455	12	0.272	293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.966-3.11	0.369	8	0.24	268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.278	0.288	18	0.258	265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.278-3.477	0.309	18	0.21	243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.477-3.716	0.189	10		244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.716-4.013	0.303	16	0.175	205	X-RAY DIFFRACTION	99.5496
4.013-4.395	0.183	13	0.173	208	X-RAY DIFFRACTION	100
4.395-4.912	0.163	10	0.158	182	X-RAY DIFFRACTION	100
4.912-5.669	0.195	19	0.182	166	X-RAY DIFFRACTION	100
5.669-6.935	0.262	11	0.216	137	X-RAY DIFFRACTION	100
6.935-9.773	0.26	7	0.237	120	X-RAY DIFFRACTION	99.2188
9.773-82.83	0.315	6	0.256	65	X-RAY DIFFRACTION	83.5294

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)