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- PDB-7lk4: Crystal structure of BAK L100A in complex with activating antibod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lk4
タイトルCrystal structure of BAK L100A in complex with activating antibody fragments
要素
  • 7D10 antibody VH fragment
  • 7D10 antibody VL fragment
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
キーワードAPOPTOSIS / swap dimer / antibody fragments
機能・相同性T-superfamily conotoxin / chi-Conotoxin or t superfamily / toxin activity / extracellular region / Chi-conotoxin PnID
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Robin, Y.A. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2022
タイトル: Structure of the BAK-activating antibody 7D10 bound to BAK reveals an unexpected role for the alpha 1-alpha 2 loop in BAK activation.
著者: Robin, A.Y. / Miller, M.S. / Iyer, S. / Shi, M.X. / Wardak, A.Z. / Lio, D. / Smith, N.A. / Smith, B.J. / Birkinshaw, R.W. / Czabotar, P.E. / Kluck, R.M. / Colman, P.M.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: Bcl-2 homologous antagonist/killer
Q: Bcl-2 homologous antagonist/killer
R: Bcl-2 homologous antagonist/killer
S: Bcl-2 homologous antagonist/killer
A: 7D10 antibody VL fragment
B: 7D10 antibody VH fragment
C: 7D10 antibody VL fragment
D: 7D10 antibody VH fragment
E: 7D10 antibody VL fragment
F: 7D10 antibody VH fragment
G: 7D10 antibody VL fragment
H: 7D10 antibody VH fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,60419
ポリマ－177,77712
非ポリマー8277
水32418
1
P: Bcl-2 homologous antagonist/killer
R: Bcl-2 homologous antagonist/killer
A: 7D10 antibody VL fragment
B: 7D10 antibody VH fragment
E: 7D10 antibody VL fragment
F: 7D10 antibody VH fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2439
ポリマ－88,8896
非ポリマー3553
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Q: Bcl-2 homologous antagonist/killer
S: Bcl-2 homologous antagonist/killer
C: 7D10 antibody VL fragment
D: 7D10 antibody VH fragment
G: 7D10 antibody VL fragment
H: 7D10 antibody VH fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,36110
ポリマ－88,8896
非ポリマー4734
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.170, 271.800, 74.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))
21(chain D and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))
31(chain F and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))
41(chain H and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))
12chain A
22chain C
32chain E
42chain G
13(chain P and (resid 23 through 31 or (resid 32...
23(chain Q and (resid 23 through 31 or (resid 32...
33(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUSERSER(chain B and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))BF1 - 883 - 90
121ASPASPGLYGLY(chain B and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))BF90 - 12092 - 122
211GLUGLUSERSER(chain D and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))DH1 - 883 - 90
221ASPASPGLYGLY(chain D and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))DH90 - 12092 - 122
311GLUGLUSERSER(chain F and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))FJ1 - 883 - 90
321ASPASPGLYGLY(chain F and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))FJ90 - 12092 - 122
411GLUGLUSERSER(chain H and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))HL1 - 883 - 90
421ASPASPGLYGLY(chain H and (resid 1 through 88 or resid 90 through 120))HL90 - 12092 - 122
112GLYGLYLYSLYSchain AAE-1 - 1071 - 109
212GLYGLYLYSLYSchain CCG-1 - 1071 - 109
312GLYGLYLYSLYSchain EEI-1 - 1071 - 109
412GLYGLYLYSLYSchain GGK-1 - 1071 - 109
113SERSERTHRTHR(chain P and (resid 23 through 31 or (resid 32...PA23 - 311 - 9
123GLUGLUGLUGLU(chain P and (resid 23 through 31 or (resid 32...PA3210
133SERSERASNASN(chain P and (resid 23 through 31 or (resid 32...PA23 - 1821 - 160
143SERSERASNASN(chain P and (resid 23 through 31 or (resid 32...PA23 - 1821 - 160
153SERSERASNASN(chain P and (resid 23 through 31 or (resid 32...PA23 - 1821 - 160
163SERSERASNASN(chain P and (resid 23 through 31 or (resid 32...PA23 - 1821 - 160
213SERSERTHRTHR(chain Q and (resid 23 through 31 or (resid 32...QB23 - 311 - 9
223GLUGLUGLUGLU(chain Q and (resid 23 through 31 or (resid 32...QB3210
233SERSERASNASN(chain Q and (resid 23 through 31 or (resid 32...QB23 - 1821 - 160
243SERSERASNASN(chain Q and (resid 23 through 31 or (resid 32...QB23 - 1821 - 160
253SERSERASNASN(chain Q and (resid 23 through 31 or (resid 32...QB23 - 1821 - 160
263SERSERASNASN(chain Q and (resid 23 through 31 or (resid 32...QB23 - 1821 - 160
313SERSERARGARG(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...RC23 - 361 - 14
323TYRTYRPROPRO(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...RC38 - 5816 - 36
333SERSERILEILE(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...RC69 - 8047 - 58
343HISHISALAALA(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...RC99 - 10077 - 78
353GLNGLNGLNGLN(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...RC10179
363SERSERALAALA(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...RC23 - 1791 - 157
373SERSERALAALA(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...RC23 - 1791 - 157
383SERSERALAALA(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...RC23 - 1791 - 157
393SERSERALAALA(chain R and (resid 23 through 36 or resid 38...RC23 - 1791 - 157

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 18452.590 Da / 分子数: 4 / 変異: L100A, C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: 抗体
7D10 antibody VL fragment


分子量: 11728.907 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Brevibacillus brevis (バクテリア)
#3: 抗体
7D10 antibody VH fragment


分子量: 14262.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Brevibacillus brevis (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.97 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 38.9 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.44, 4 % Polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→39.385 Å / Num. obs: 40131 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 66.95 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3207 / CC1/2: 0.43 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W5X

5w5x


解像度: 3.1→39.385 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 1711 4.26 %
Rwork0.2144 38420 -
obs0.2164 40131 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 301.22 Å2 / Biso mean: 85.1927 Å2 / Biso min: 16.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→39.385 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11533 0 56 18 11607
Biso mean--73.41 30.05 -
残基数----1500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50216160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0226915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032077
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B1987X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
12D1987X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
13F1987X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
14H1987X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
21A2195X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
22C2195X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
23E2195X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
24G2195X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
31P1693X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
32Q1693X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
33R1693X-RAY DIFFRACTION11.047TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1001-3.19120.35681480.3257320798
3.1912-3.29420.35571390.3049313598
3.2942-3.41190.36091420.2862320098
3.4119-3.54840.28321390.2476321198
3.5484-3.70980.29381470.2358315799
3.7098-3.90520.27431330.2241321699
3.9052-4.14960.24851470.2142318298
4.1496-4.46960.21991480.1794320199
4.4696-4.91870.22811460.1669320098
4.9187-5.62860.22571300.1936323899
5.6286-7.08470.27881460.2247322199
7.0847-39.3850.22851460.1825325299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58440.267-0.13284.2256-1.94351.92330.03540.02040.31680.04920.0380.154-0.41330.097-0.03460.6848-0.05920.03850.4554-0.080.3227-8.726854.650745.0183
21.876-0.58950.29411.57650.25130.6995-0.003-0.16480.5705-0.0149-0.085-0.1582-0.2401-0.01460.0470.6483-0.0370.11750.44470.02420.473-1.845954.853320.3446
31.83321.32090.51843.92190.59821.42890.08270.0119-0.436-0.0170.074-0.37340.2307-0.0782-0.09550.4255-0.01430.06060.4610.06630.3692-22.4172130.899736.7757
43.2123-0.8657-1.07971.2665-0.31531.59390.0729-0.0249-0.2045-0.0212-0.1070.00830.0256-0.00510.05430.5187-0.0356-0.06110.3664-0.04810.2693-28.8944143.9114.9957
50.5968-1.0884-1.18456.11810.25043.2371-0.5653-0.22040.8605-0.57880.609-0.03950.49530.07-0.07850.7410.0452-0.2080.4060.02371.0486-11.313871.756831.6178
65.5304-2.3838-0.09776.6273-0.23832.8848-0.0244-0.6118-0.1617-0.50480.19760.23360.0887-0.3155-0.15620.6651-0.00820.06010.51360.06431.2083-24.0076108.270624.3385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'P' and (resid 49 through 58 ) or chain 'E' or chain 'F'P0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'R' and (resid 49 through 60) or chain 'A' or chain 'B'R0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'Q' and (resid 49 through 60) or chain 'G' or chain 'H'Q0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'S' and (resid 49 through 61) or chain 'C' or chain 'D'S0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'P' and (not (resid 49 through 61)) or chain 'R' and (not (resid 49 through 61))P0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'Q' and (not (resid 49 through 61)) or chain 'S' and (not (resid 49 through 61))Q0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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