PDB-7ljg: Crystal Structure of Lectin from Dioclea altissima

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ljg

タイトル

Crystal Structure of Lectin from Dioclea altissima

要素

Lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Dioclea altissima

機能・相同性

機能・相同性情報

D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Dioclea violacea (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Vieira-Neto, A.E. / Pereira, H.M. / Sousa, F.D. / Goncalves, N.G.G. / Vieira, N.C.G. / Monteiro-Moreira, A.C.O. / Moereira, R.A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Lectin from Dioclea altissima
著者: Vieira-Neto, A.E. / Pereira, H.M. / Sousa, F.D. / Goncalves, N.G.G. / Vieira, N.C.G. / Monteiro-Moreira, A.C.O. / Moereira, R.A.

履歴

登録	2021年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ljg.cif.gz	188.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ljg.ent.gz	149.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ljg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2je9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h1z-2 1lob-5 1g9i-d 2ltn-3 3ax4-d 4z8b-d 2e6v-5 6ow2-d 4r3f-d 4d69-11 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (6) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Lectin

B: Lectin

ヘテロ分子

51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.958, 71.958, 161.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-442- HOH

#1: タンパク質	Lectin 分子量: 25479.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dioclea violacea (マメ科) / 参照: UniProt: I1SB09
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100mM Sodium acetate pH4.6, 200mM Ammonium sulphate, 25% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92821 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92821 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→161.91 Å / Num. obs: 25094 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.202 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.21-2.27	9.7	3.425	1842	1	100
9.88-161.91	9.8	0.076	352	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
Aimless	0.5.26	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2JE9

2je9

解像度: 2.21→62.318 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2492	1290	5.18 %	Random seelction
R_work	0.215	23600	-	-
obs	0.2168	24890	99.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.3 Å² / B_iso mean: 44.7348 Å² / B_iso min: 18.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→62.318 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3392	0	2	109	3503
B_iso mean	-	-	32.24	46.14	-
残基数	-	-	-	-	450

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2102-2.2987	0.3127	156	0.2942	2524	98
2.2987-2.4033	0.2983	150	0.2751	2558	98
2.4033-2.53	0.3216	159	0.2731	2531	99
2.53-2.6885	0.3143	130	0.2527	2601	99
2.6885-2.8961	0.2664	142	0.2211	2599	99
2.8961-3.1875	0.2915	130	0.2103	2630	100
3.1875-3.6487	0.1989	139	0.178	2650	100
3.6487-4.5968	0.1832	151	0.173	2662	100
4.5968-62.318	0.2644	133	0.2297	2845	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7054	-0.2421	-0.2328	2.7251	0.7613	2.0532	0.0118	-0.2662	0.1522	0.2368	-0.0488	-0.1454	-0.1935	0.2053	0.0383	0.3453	-0.0638	-0.0067	0.3707	-0.008	0.201	-10.6494	31.6644	-4.0684
2	2.0804	-0.2247	0.262	3.455	0.7637	3.3242	0.0544	-0.0065	0.0338	-0.2248	-0.0871	0.2907	-0.1882	-0.2663	0.0716	0.2252	-0.0647	-0.0206	0.239	-0.0157	0.21	-22.9641	24.2457	-13.5988
3	2.6297	1.3538	0.2447	4.3467	1.5461	2.4169	0.1285	-0.1444	0.4596	-0.3312	-0.1873	0.8236	-1.0022	-1.2354	0.2121	0.4386	0.0905	-0.0346	0.5087	-0.1419	0.429	-32.4633	32.8883	-10.412
4	6.831	0.2328	-3.9094	2.5964	2.6772	5.291	-0.2321	-0.2444	-1.0812	0.4088	0.0343	-0.0679	0.2861	0.1591	0.2822	0.3173	-0.0786	-0.021	0.2582	0.0431	0.3107	-14.7307	14.0227	-8.9568
5	9.3798	-5.5723	-1.2069	3.5766	0.4048	3.3076	0.3914	-0.1614	0.1624	-1.0584	0.042	-0.1441	-0.2282	-0.0601	-0.4244	0.2323	-0.0715	-0.0018	0.2694	-0.0484	0.2351	-16.1196	30.1866	-13.4814
6	2.3314	-0.0797	1.1636	0.2671	-0.7672	3.171	-0.0941	-0.3366	-0.036	0.6392	-0.4497	0.1543	-0.2526	-0.2904	0.392	0.4373	-0.0616	0.0712	0.4523	-0.0562	0.245	-21.7789	28.616	0.3866
7	3.8576	-1.013	0.2397	2.2996	1.5032	2.6759	-0.1042	-0.5328	-0.3206	0.3405	0.158	-0.6492	0.1974	0.5863	-0.0333	0.2737	0.0218	-0.0405	0.5115	0.1408	0.4343	15.7178	17.5307	-18.2344
8	2.938	0.0655	0.0549	0.9914	1.2422	3.7578	0.0164	-0.2363	-0.246	0.2539	0.0356	-0.0501	-0.1062	0.3859	0.06	0.2123	-0.0569	-0.0459	0.3541	0.0634	0.2938	7.2498	23.9861	-16.6639
9	2.5285	-0.372	-0.0277	2.6943	0.0393	3.2969	0.0502	0.1813	-0.372	-0.1799	0.0003	-0.1835	0.0564	0.1761	-0.0246	0.1975	-0.0264	0.0002	0.3357	0.0246	0.3345	7.274	17.8052	-31.3268
10	3.2251	-1.3703	0.2241	2.2276	0.4469	3.0803	-0.1938	-0.109	-0.1309	0.3007	0.2164	-0.6953	-0.3431	0.753	-0.059	0.2162	-0.023	0.0184	0.585	0.0377	0.5065	20.2869	20.5307	-27.576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 90 )	A	3 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 151 )	A	91 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 152 through 171 )	A	152 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 172 through 189 )	A	172 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 190 through 203 )	A	190 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 239 )	A	204 - 239
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 57 )	B	3 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 58 through 91 )	B	58 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 92 through 203 )	B	92 - 203
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 204 through 239 )	B	204 - 239

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関連情報:EMDBヘッダ

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