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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lio
タイトルX-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide
要素
  • Speckle-type POZ protein
  • TP53-binding protein 1 peptide
キーワードPROTEIN BINDING / SPOP / 53BP1 / DNA damage response / Homologous recombination / Ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / regulation of proteolysis / DNA repair complex / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / telomeric DNA binding ...ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / regulation of proteolysis / DNA repair complex / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / telomeric DNA binding / SUMOylation of transcription factors / localization / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / methylated histone binding / histone reader activity / replication fork / DNA damage checkpoint signaling / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / transcription coregulator activity / Hedgehog 'on' state / protein homooligomerization / G2/M DNA damage checkpoint / kinetochore / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein polyubiquitination / p53 binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / nuclear body / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SPOP, C-terminal BACK domain / : / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor / : / : / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. ...SPOP, C-terminal BACK domain / : / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor / : / : / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein / TP53-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Botuyan, M.V. / Cui, G. / Mer, G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA132878 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM116829 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM136262 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: ATM-phosphorylated SPOP contributes to 53BP1 exclusion from chromatin during DNA replication.
著者: Wang, D. / Ma, J. / Botuyan, M.V. / Cui, G. / Yan, Y. / Ding, D. / Zhou, Y. / Krueger, E.W. / Pei, J. / Wu, X. / Wang, L. / Pei, H. / McNiven, M.A. / Ye, D. / Mer, G. / Huang, H.
履歴
登録2021年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
C: TP53-binding protein 1 peptide
B: Speckle-type POZ protein
D: TP53-binding protein 1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8274
ポリマ－35,8274
非ポリマー00
水00
1
A: Speckle-type POZ protein
C: TP53-binding protein 1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9132
ポリマ－17,9132
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area7540 Å2
手法PISA
2
B: Speckle-type POZ protein
D: TP53-binding protein 1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9132
ポリマ－17,9132
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.592, 103.592, 130.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16520.996 Da / 分子数: 2 / 断片: MATH domain / 変異: S119D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド TP53-binding protein 1 peptide / p53BP1


分子量: 1392.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12888

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM ...詳細: SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→48.65 Å / Num. obs: 14508 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 31.5 % / Biso Wilson estimate: 100.44 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 33.55
反射 シェル解像度: 3.01→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 2.095 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Num. unique obs: 1368 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.372 / Rrim(I) all: 2.13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.16_3549精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LIN

7lin


解像度: 3.01→48.65 Å / SU ML: 0.4497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9552
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 1451 10 %
Rwork0.2283 13057 -
obs0.233 14508 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 114.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2140 0 0 0 2140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98082969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0701340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1969732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.01-3.110.3641370.36291229X-RAY DIFFRACTION94.53
3.11-3.240.36541430.31941289X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.390.36171420.30141282X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.560.35711460.2641306X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.790.31721430.25521297X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.080.27161460.23781303X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.490.25231450.19761316X-RAY DIFFRACTION100
4.49-5.140.21721470.16931317X-RAY DIFFRACTION99.86
5.14-6.470.21951500.20361352X-RAY DIFFRACTION99.93
6.47-48.650.30191520.24091366X-RAY DIFFRACTION94.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.81045245686-0.169341706676-5.514324420624.9057479518-2.602696058619.102582425530.530747582383-1.214863703021.497635810410.338780952102-0.007299338111710.156522372852-0.979635915141.15272214132-0.3822305502570.2870474576090.07283370640630.06940803054831.013595899250.01566036974610.944146403548-41.60071273222.9574291737-17.1090128041
26.992622739063.056480774242.159888620237.00892545955-2.005046190845.51333639868-0.0440008058592-1.65378467630.4468570221480.436708522833-0.0636376205247-0.3685110933430.2504689888420.04798404021390.1742288982460.4907802285360.0974486575348-0.02298941543950.753557637120.07922513731960.731787675255-32.480924291725.471434298-14.2740399091
37.12623654591-4.7397894839-1.017845323347.57522204112.338621691267.214301443090.141738009627-1.200625923270.6280492369621.174543696490.341252047116-1.654796067210.9376899308551.26370345167-0.2643427488310.754963036104-0.0332924042066-0.0992717009890.8762039036860.2695680186261.0970518115-30.237145746815.9208351362-10.3000918294
42.00952211080.6050154325274.145703572526.118252097890.2617283311459.05557228643-0.0478343616319-1.62693850473-0.8627570367970.340703749910.1718477430710.2426994698450.895637816869-1.88854371101-0.1102284640620.612536907065-0.01242887770960.1082281891321.352258600690.4156360725271.26692929791-39.933167723813.4193523816-15.0936449194
54.341909652673.67906357377-6.053388354899.10873391969-6.232699891928.728870148110.48444421093-1.74441200412-0.8248562011170.1601016887061.694182981091.725141928570.6617272682450.0473569347425-1.201753408430.4476663676410.1718197039750.1125095658740.9698297893570.3417195330740.998956707571-31.043606873111.5724174505-15.0480402701
62.12326556371-1.30593101753-1.077299550092.711829047462.647509141642.575627349980.518129280556-0.270832699773-0.358048014233-1.195661267330.923073976959-0.8447721271290.5307088379170.428374473619-1.348747876870.720390939572-0.05756760878980.005857526496850.6525865675830.06849029317771.14219796737-27.454701852815.548308753-30.6972918481
76.07926764413-2.30159424752-2.883167879668.52172681435-0.8118757363434.487651046770.190551214910.432252418818-0.01124973855890.2930653874680.7347437545870.503252236708-0.88399298143-1.2853202591-1.154571604940.393254960606-0.0664559649019-0.04571398689370.6650448692230.09127309175770.785660796511-38.811903363820.6318066628-20.67617763
87.84350048287-2.795072179531.62246091659.440037983320.2001320797136.199002384211.13877950668-0.597677678871-0.7860417297680.9421066734950.679505587911.47588798049-0.422382871535-1.49055963594-1.340621630690.9599409019520.5743679201490.3736815164320.6984309696351.021280560952.42244926126-33.21765267247.04501721733-9.38817470547
96.070930351283.88942051999-7.129650559153.12562694417-3.66205951527.040478556740.43353877596-0.9742550455650.3911871487180.605724273974-0.147071442119-0.490572829161-0.08671773107350.54481477846-0.3478280626340.4557180558240.05544860038380.1930817313570.9135239363880.1125748607971.09948128234-60.848404976824.1136233536-17.8014834875
105.94313610013-1.213482591670.9391112639463.333319804264.973637131738.546002106150.06550952896520.9008711318270.180487524441-1.19834239532-0.7383770988930.620958761812-0.103704840274-1.650801424490.5700852813970.7368553936850.08151826698140.09367627097341.037533342770.1640555133610.86048968985-64.605412559723.4396865168-27.7197313522
119.260417327265.13467648527-6.447018856977.4992820965-6.362267567416.32322956849-1.609784631670.676100591984-0.708406172601-1.449982094150.16246419382-1.58675914041.866291083980.4443743748841.217618978281.100223788870.143221479730.3899948669581.17103114677-0.03633606350421.07157237671-57.651608704617.8194234632-27.4206454094
127.28257322597-6.00198021508-1.2208404376.570146834845.020731128562.00525859951-0.2191655685790.632469695612-2.98913572468-4.12688030735-1.549880918330.7404031659220.475671481475-2.736451555051.65134146851.37592058238-0.06257615456140.4795918402690.903838486611-0.3963392693432.15583370213-70.75378705467.88271813718-18.9036937091
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145.143148417633.42668662756-1.824775922268.219212169622.995929229152.000349634710.1871261813611.311700471540.5021216662940.108216202958-2.082858987421.41011598445-2.32043952578-3.655340482681.95064017451.26343871739-0.2223066574490.2388241777312.06886928219-0.9038981686351.05780562925-63.454026554419.8038949052-35.5915208947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 72 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 73 through 97 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 98 through 129 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 130 through 138 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 139 through 150 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 151 through 164 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1638 through 1644 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 29 through 65 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 66 through 97 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 98 through 138 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 139 through 143 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 144 through 164 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1639 through 1645 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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