PDB-7lhr: Crystal structure of adenosine-5'-phosphosulfate reductase from M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lhr

タイトル

Crystal structure of adenosine-5'-phosphosulfate reductase from Mycobacterium tuberculosis

要素

Phosphoadenosine phosphosulfate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / holo / Fe-S cluster / tuberculosis / sulfate assimilation pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / adenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) activity / phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) activity / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.11 Å

データ登録者

Feliciano, P.R. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of the [4Fe-4S] Cluster-Containing Adenosine-5'-phosphosulfate Reductase from Mycobacterium tuberculosis .
著者: Feliciano, P.R. / Carroll, K.S. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2021年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lhr.cif.gz	179 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lhr.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lhr_validation.pdf.gz	948.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lhr_full_validation.pdf.gz	941 KB	表示
XML形式データ	7lhr_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	7lhr_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/7lhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/7lhr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lhsC 7lhuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5q0q-1 2v20-d 4xu1-1 2oax-4 3kba-1 5zg6-1 6wgr-2 5wzx-2 6e5g-2 7lhs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoadenosine phosphosulfate reductase

B: Phosphoadenosine phosphosulfate reductase

ヘテロ分子

58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoadenosine phosphosulfate reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoadenosine phosphosulfate reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.414, 77.414, 204.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and ((resid 8 and (name N or name...
2	1	(chain B and (resid 8 through 41 or (resid 42...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain A and ((resid 8 and (name N or name...	A	A	8	8
1	2	THR	THR	PRO	PRO	(chain A and ((resid 8 and (name N or name...	A	A	5 - 230	5 - 230
1	3	THR	THR	PRO	PRO	(chain A and ((resid 8 and (name N or name...	A	A	5 - 230	5 - 230
1	4	THR	THR	PRO	PRO	(chain A and ((resid 8 and (name N or name...	A	A	5 - 230	5 - 230
1	5	THR	THR	PRO	PRO	(chain A and ((resid 8 and (name N or name...	A	A	5 - 230	5 - 230
2	1	LEU	LEU	GLY	GLY	(chain B and (resid 8 through 41 or (resid 42...	B	B	8 - 41	8 - 41
2	2	ASP	ASP	THR	THR	(chain B and (resid 8 through 41 or (resid 42...	B	B	42 - 58	42 - 58
2	3	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain B and (resid 8 through 41 or (resid 42...	B	B	8 - 231	8 - 231
2	4	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain B and (resid 8 through 41 or (resid 42...	B	B	8 - 231	8 - 231
2	5	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain B and (resid 8 through 41 or (resid 42...	B	B	8 - 231	8 - 231
2	6	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain B and (resid 8 through 41 or (resid 42...	B	B	8 - 231	8 - 231

#1: タンパク質	Phosphoadenosine phosphosulfate reductase / 3'-phosphoadenylylsulfate reductase / PAPS reductase / thioredoxin dependent / PAPS ...3'-phosphoadenylylsulfate reductase / PAPS reductase / thioredoxin dependent / PAPS sulfotransferase / PAdoPS reductase / adenosine-5'-phosphosulfate reductase 分子量: 28525.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: cysH, MRA_2416 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5U586, phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin)
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M MES, 10-12% (w/v) PEG 20000 / PH範囲: 6-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 11937 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.3 % / B_iso Wilson estimate: 110.02 Å² / R_sym value: 0.134 / Net I/σ(I): 32.4
反射シェル	解像度: 3.1→3.15 Å / Num. unique obs: 568 / CC_1/2: 0.616

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.11→48.25 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.41 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Fe-SAD at a wavelength of 1.7389 A was used for phasing. Then the structure was refined against a data set collected with a wavelength of 0.9792 A.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	592	4.99 %
R_work	0.2073	11272	-
obs	0.2095	11864	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.36 Å² / B_iso mean: 106.4639 Å² / B_iso min: 55.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.11→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3117	0	40	6	3163
B_iso mean	-	-	90.83	69.61	-
残基数	-	-	-	-	423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3229
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.606	4451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.703	470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	573

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1272	X-RAY DIFFRACTION	10.651	TORSIONAL
1	2	B	1272	X-RAY DIFFRACTION	10.651	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
3.11-3.42	0.4029	142	0.3095	2733	2875
3.42-3.91	0.308	145	0.2476	2754	2899
3.91-4.93	0.2376	148	0.2012	2800	2948
4.93-48.25	0.2179	157	0.183	2985	3142

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.3686	0.8003	4.9	3.4436	4.4032	9.3064	0.1655	0.0081	-0.6205	0.5506	0.0076	-0.0144	0.2713	0.3416	-0.1828	0.8679	0.0401	0.1942	0.5722	-0.0791	0.7124	92.6849	21.7911	209.9724
2	2.7866	-2.1448	-0.7989	7.3927	0.8052	3.1466	-0.0986	-0.1536	0.3483	0.4371	0.2621	-0.2071	-0.4533	0.0829	-0.1479	1.0076	-0.0366	0.1072	0.7345	-0.01	0.8754	88.9761	43.0115	218.892
3	4.7816	-0.1624	0.145	5.6481	2.122	2.456	-0.0551	0.0852	-0.2175	0.758	0.1731	0.2391	0.5288	-0.5768	-0.2685	0.9467	-0.0117	0.2261	0.802	0.0523	0.8219	83.0421	31.1263	217.8672
4	9.3366	-6.2088	-0.9427	4.803	-1.8841	9.2062	-0.0179	0.6635	1.2504	-0.893	-0.2735	0.3456	0.2663	-2.7615	0.136	0.9271	-0.1503	0.0611	1.2722	-0.0166	0.9911	73.6202	45.4537	223.2779
5	0.5373	-0.8974	-0.8514	8.2376	5.9972	4.4401	-0.0167	0.7862	-0.8319	-2.1063	0.4734	-0.5518	-3.0373	-0.8511	-0.213	1.6616	0.3098	0.2136	0.9704	0.042	0.9947	77.086	65.1886	228.7548
6	5.1078	0.4093	-1.7474	1.3622	-0.9983	4.8841	0.3609	0.088	0.591	-1.2055	-0.0594	-0.0397	-1.0296	-0.387	-0.3117	1.6279	0.2264	0.0086	0.7509	-0.3001	1.202	75.6388	62.1594	243.4797
7	3.5686	0.8152	0.2925	5.3952	-0.2112	6.2583	0.0068	-0.3664	0.5196	-0.21	0.304	0.2888	-0.726	-0.777	-0.2854	0.8725	0.1732	0.0446	0.9689	-0.1481	0.8719	65.3257	44.9806	245.1808
8	7.0603	6.6453	1.4954	7.2119	3.4462	7.1601	-0.4334	-0.0081	1.0729	-0.1922	-0.1012	1.9589	-1.1269	-0.0474	0.473	1.3251	0.1521	-0.1371	1.0458	-0.1614	0.8143	69.7006	53.8825	237.7933
9	8.0587	-4.3023	-2.2778	5.5909	-1.4413	2.7499	1.0017	0.677	0.0788	-1.0529	-0.9129	0.7464	-0.3082	0.1605	-0.1186	1.3373	0.1954	0.1282	1.0998	-0.2089	1.0507	81.1697	53.1428	236.9456
10	7.3161	4.0282	0.4534	9.8798	0.1959	5.1339	-0.0646	-0.6915	0.1906	1.1706	-0.3469	-0.1975	-0.5693	0.3252	0.3614	0.913	0.0807	-0.0265	0.8642	-0.1383	0.8285	79.4434	43.6362	253.598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 39 )	A	5 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 144 )	A	40 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 145 through 215 )	A	145 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 216 through 230 )	A	216 - 230
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 23 )	B	8 - 23
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 70 )	B	24 - 70
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 71 through 145 )	B	71 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 146 through 164 )	B	146 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 165 through 195 )	B	165 - 195
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 196 through 231 )	B	196 - 231

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