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- PDB-7lhj: Crystal structure of Q108K:K40L:T51V:T53C:R58W:T29L:Y19W:Q4A muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lhj
タイトルCrystal structure of Q108K:K40L:T51V:T53C:R58W:T29L:Y19W:Q4A mutant of cellular retinol binding protein II complex with 15-cis-retinal
要素Retinol-binding protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / hCRBPII / Q4A / isomerization / retinal / cis / trans / rhodopsin / bacteriorhodopsin / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RETINAL / Retinol-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Ehyaei, N. / Geiger, J.H. / Borhan, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Q108K:K40L:T51V:T53C:R58W:T29L:Y19W:Q4A mutant of cellular retinol binding protein II complex with 15cis- retinal
著者: Ehyaei, N. / Geiger, J.H. / Borhan, B.
履歴
登録2021年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年4月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / diffrn / entity / exptl_crystal_grow / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conn / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _cell.angle_alpha / _cell.angle_beta ..._cell.angle_alpha / _cell.angle_beta / _cell.angle_gamma / _cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn.ambient_temp / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Ligand identity
詳細: One acetate initially modeled in the binding pocket was determined to be ordered water molecules.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 2
B: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9587
ポリマ－31,1792
非ポリマー7795
水4,936274
1
A: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0254
ポリマ－15,5901
非ポリマー4363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9333
ポリマ－15,5901
非ポリマー3432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.923, 36.038, 64.026
Angle α, β, γ (deg.)86.203, 86.555, 65.059
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

#1: タンパク質 Retinol-binding protein 2 / Cellular retinol-binding protein II / CRBP-II


分子量: 15589.603 Da / 分子数: 2 / 変異: Q4A, Y19W, T29L, K40L, T51V, T53C, R58W, Q108K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50120
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M ammonium acetate pH 4.6, evaporation, temperature 298K
PH範囲: 4.0-4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→29.48 Å / Num. obs: 58186 / % possible obs: 88.28 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 13.07 Å2 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.26→1.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.33 / Num. unique obs: 1254 / Rpim(I) all: 0.163 / Rrim(I) all: 0.291 / % possible all: 88.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
HKL-2000data processing
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QYN

4qyn


解像度: 1.26→22.32 Å / SU ML: 0.1377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.7323
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 1960 3.37 %
Rwork0.1886 56193 -
obs0.1895 58153 86.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→22.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2184 0 54 274 2512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00532279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74643071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5266824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.26-1.290.26911410.21973756X-RAY DIFFRACTION79.91
1.29-1.330.23571410.21893993X-RAY DIFFRACTION86.63
1.33-1.370.23691390.21743988X-RAY DIFFRACTION86.34
1.37-1.410.26341320.21184039X-RAY DIFFRACTION85.72
1.41-1.460.22151500.20113974X-RAY DIFFRACTION85.7
1.46-1.520.23451360.20453948X-RAY DIFFRACTION84.55
1.52-1.590.20681240.19313609X-RAY DIFFRACTION78.16
1.59-1.670.20331470.19073859X-RAY DIFFRACTION83.27
1.67-1.780.23041510.18874250X-RAY DIFFRACTION91.23
1.78-1.910.22511310.18714256X-RAY DIFFRACTION90.4
1.91-2.110.22971460.18454188X-RAY DIFFRACTION90.14
2.11-2.410.21791440.18784093X-RAY DIFFRACTION88
2.41-3.040.21911240.19633695X-RAY DIFFRACTION79.33
3.04-22.320.19811540.17474545X-RAY DIFFRACTION97.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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