[日本語] English
万見
- PDB-7lgp: DapE enzyme from Shigella flexneri -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lgp
タイトルDapE enzyme from Shigella flexneri
要素Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / dapE / M20 peptidase / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-diaminopimelate desuccinylase / succinyl-diaminopimelate desuccinylase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cobalt ion binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Succinyl-diaminopimelate desuccinylase, proteobacteria / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / Peptidase M20, dimerisation domain / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinyl-diaminopimelate desuccinylase / Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Endres, M. / Becker, D.P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DapE enzyme from Shigella flexneri
著者: Osipiuk, J. / Endres, M. / Becker, D.P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
B: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,89622
ポリマ－83,1642
非ポリマー73220
水11,187621
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.141, 180.141, 200.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase / SDAP desuccinylase / N-succinyl-LL-2 / 6-diaminoheptanedioate amidohydrolase


分子量: 41582.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: dapE / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D2AGR7, UniProt: P0AED8*PLUS, succinyl-diaminopimelate desuccinylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.8 M ammonium sulfate, 150 mM Tris buffer pH 8.0, 10 mM sodium potassium tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→47.68 Å / Num. obs: 95874 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 1.555 / Net I/av σ(I): 16.1 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.91-1.944.91.2671.0346130.5090.8210.6181.4150.80896.6
1.94-1.986.11.11547140.5860.481.2170.84699.2
1.98-2.027.50.99947860.7220.3821.0710.885100
2.02-2.068.20.83647670.8050.3030.8910.96100
2.06-2.18.30.71747720.860.2590.7641.081100
2.1-2.158.40.60547650.8860.2180.6441.15100
2.15-2.28.40.51348080.9140.1850.5471.282100
2.2-2.268.40.44747590.9290.1610.4761.41299.9
2.26-2.338.50.39747690.9460.1430.4231.473100
2.33-2.418.50.35347860.9530.1270.3761.618100
2.41-2.498.50.30547930.9630.110.3251.784100
2.49-2.598.50.27647830.9630.0990.2941.849100
2.59-2.718.50.24547890.970.0880.261.965100
2.71-2.858.40.2147980.9770.0750.2241.962100
2.85-3.038.40.18648270.9820.0670.1981.956100
3.03-3.278.40.16448090.9860.0590.1751.931100
3.27-3.598.40.14948340.9860.0530.1581.89100
3.59-4.118.30.13348390.9880.0480.1411.87799.9
4.11-5.188.10.10548660.9930.0390.1131.83699.9
5.18-47.688.10.06649970.9980.0240.071.821100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O23

4o23


解像度: 1.91→47.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 5.564 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1867 4855 5.1 %RANDOM
Rwork0.1588 ---
obs0.1603 91019 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.28 Å2 / Biso mean: 36.907 Å2 / Biso min: 21.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0.24 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→47.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5811 0 20 622 6453
Biso mean--49.38 47.66 -
残基数----751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.6378620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4061.57313720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6835844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.57722.299374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.314151047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2061552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021534
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 332 -
Rwork0.283 6515 -
all-6847 -
obs--96.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45130.0664-0.37770.357-0.01860.4421-0.00330.0446-0.02430.0408-0.02960.13670.0053-0.05760.03290.01-0.01240.010.053-0.02880.085621.886416.039845.1513
20.1741-0.0526-0.1270.2340.52951.31650.00930.0164-0.0112-0.0523-0.02130.0166-0.0245-0.0590.0120.0956-0.007-0.01720.01990.0020.013342.521710.9074-10.937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 509
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 511

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る