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万見
- PDB-7lgb: ChsB1 in complex with NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lgb
タイトルChsB1 in complex with NAD+
要素3-ketoacyl-ACP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain type alcohol dehydrogenase/reductase hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-ketoacyl-ACP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Yuan, T. / Werman, J.M. / Yin, X. / Yang, M. / Garcia-Diaz, M. / Sampson, N.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1AI134054 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Enzymatic beta-Oxidation of the Cholesterol Side Chain in Mycobacterium tuberculosis Bifurcates Stereospecifically at Hydration of 3-Oxo-cholest-4,22-dien-24-oyl-CoA.
著者: Yuan, T. / Werman, J.M. / Yin, X. / Yang, M. / Garcia-Diaz, M. / Sampson, N.S.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ketoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4282
ポリマ－32,7651
非ポリマー6631
水1,74797
1
A: 3-ketoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子

A: 3-ketoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8564
ポリマ－65,5292
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.662, 84.233, 47.341
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.188, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 3-ketoacyl-ACP reductase / 3-oxoacyl-ACP reductase


分子量: 32764.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: fabG_8, fabG_1, fabG_2, fabG_4, fabG_6, fabG_7, DSI38_08445, E5M52_16205, ERS007665_00489, ERS007670_00458, ERS007679_00994, ERS007681_00640, ERS007741_01258, ERS013471_03025, ERS023446_ ...遺伝子: fabG_8, fabG_1, fabG_2, fabG_4, fabG_6, fabG_7, DSI38_08445, E5M52_16205, ERS007665_00489, ERS007670_00458, ERS007679_00994, ERS007681_00640, ERS007741_01258, ERS013471_03025, ERS023446_03243, ERS024276_00059, ERS075361_03673, F6W99_02176, FRD82_16680, SAMEA2683035_03264
発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A045J1S8, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium citrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→42.48 Å / Num. obs: 103397 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 29.24 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 103397 / CC1/2: 0.739

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KZP

4kzp


解像度: 2.21→42.48 Å / SU ML: 0.2271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.7343
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 1506 10 %
Rwork0.1666 13549 -
obs0.1707 15055 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→42.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2018 0 44 97 2159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01382144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93482938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0895351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0557732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.280.26351370.19761230X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.360.24371370.1851229X-RAY DIFFRACTION99.93
2.36-2.450.23921330.17721205X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.570.23131380.16911236X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.70.23241370.16991234X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.870.22141350.17091224X-RAY DIFFRACTION99.93
2.87-3.090.21031360.16111223X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.40.21791370.15391224X-RAY DIFFRACTION99.85
3.4-3.890.18411370.14841232X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.910.14541380.14251247X-RAY DIFFRACTION99.93
4.91-42.480.23641410.1981265X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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