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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lfd | ||||||
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タイトル | Fab 7D6 bound to ApoL1 BH3 like peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / lipid transport / chloride channel activity / cytolysis by host of symbiont cells / Scavenging of heme from plasma / chloride transmembrane transport / cholesterol metabolic process / Post-translational protein phosphorylation ...lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / lipid transport / chloride channel activity / cytolysis by host of symbiont cells / Scavenging of heme from plasma / chloride transmembrane transport / cholesterol metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood microparticle / 小胞体 / 自然免疫系 / lipid binding / extracellular space / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.157 Å | ||||||
データ登録者 | Ultsch, M. / Kirchhofer, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Structures of the ApoL1 and ApoL2 N-terminal domains reveal a non-classical four-helix bundle motif. 著者: Ultsch, M. / Holliday, M.J. / Gerhardy, S. / Moran, P. / Scales, S.J. / Gupta, N. / Oltrabella, F. / Chiu, C. / Fairbrother, W. / Eigenbrot, C. / Kirchhofer, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lfd.cif.gz | 200.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lfd.ent.gz | 158 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lfd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/7lfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/7lfd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1957.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14791 |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#2: 抗体 | 分子量: 24050.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4 |
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#3: 抗体 | 分子量: 23325.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4 |
-非ポリマー , 5種, 191分子
#4: 化合物 | ChemComp-FLC / | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-EOH / | ||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-NH4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | 解説: rods |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8M Ammonium Citrate pH 7.0 / PH範囲: 6.5 - 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.157→70.674 Å / Num. obs: 40614 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.163→2.273 Å / Rmerge(I) obs: 1.638 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2033 / CC1/2: 0.371 / Rpim(I) all: 0.855 / Rrim(I) all: 1.855 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7LFB 解像度: 2.157→70.674 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 178.8 Å2 / Biso mean: 46.5584 Å2 / Biso min: 22.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.157→70.674 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 115.9727 Å / Origin y: 82.7508 Å / Origin z: 6.8589 Å
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精密化 TLSグループ |
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