PDB-7lf7: Fab 6D12 bound to ApoL1 NTD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lf7

タイトル

Fab 6D12 bound to ApoL1 NTD

要素

(Fab 6D12 heavy ...) x 2
Apolipoprotein L1
Fab 6D12 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / lipid transport / chloride channel activity / cytolysis by host of symbiont cells / Scavenging of heme from plasma / chloride transmembrane transport / cholesterol metabolic process / Post-translational protein phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.026 Å

データ登録者

Ultsch, M. / Kirchhofer, D.

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the ApoL1 and ApoL2 N-terminal domains reveal a non-classical four-helix bundle motif.
著者: Ultsch, M. / Holliday, M.J. / Gerhardy, S. / Moran, P. / Scales, S.J. / Gupta, N. / Oltrabella, F. / Chiu, C. / Fairbrother, W. / Eigenbrot, C. / Kirchhofer, D.

履歴

登録	2021年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7lf7.ent.gz	503.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lf7_validation.pdf.gz	487 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lf7_full_validation.pdf.gz	493.1 KB	表示
XML形式データ	7lf7_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	7lf7_validation.cif.gz	55.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/7lf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/7lf7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7l6kC 7lf8C 7lfaC 7lfbC 7lfdC 1fvdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lf7-2 2dwe-d 6w0f-d 2itc-d 6nfu-d 2dwd-d 3stl-d 2boc-d 6w0i-d 5e1a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (2)
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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カルモジュリン (Calmodulin)
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血清アルブミン (Serum Albumin)
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ナノボディ (Nanobodies)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab 6D12 heavy chain

B: Fab 6D12 light chain

H: Fab 6D12 heavy chain

K: Apolipoprotein L1

L: Fab 6D12 light chain

M: Apolipoprotein L1

ヘテロ分子

127 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Fab 6D12 heavy chain

B: Fab 6D12 light chain

M: Apolipoprotein L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, 1:1 complex
63.3 kDa, 3 ポリマー
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2

H: Fab 6D12 heavy chain

K: Apolipoprotein L1

L: Fab 6D12 light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.103, 131.103, 87.164
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain H
1	2	chain B
2	2	chain L
1	3	chain K
2	3	chain M

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	chain A	A	A	1 - 222	1 - 222
2	1	GLU	GLU	SER	SER	chain H	H	C	1 - 223	1 - 223
1	2	ASP	ASP	GLU	GLU	chain B	B	B	1 - 213	1 - 213
2	2	ASP	ASP	EOH	EOH	chain L	L	E - J	1 - 301	1
1	3	SER	SER	LEU	LEU	chain K	K	D	65 - 141	23 - 99
2	3	SER	SER	LYS	LYS	chain M	M	F	65 - 142	23 - 100

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 KM

#4: タンパク質	Apolipoprotein L1 / Apolipoprotein L / ApoL / Apolipoprotein L-I / ApoL-I 分子量: 15289.139 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 61-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOL1, APOL / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: O14791

-
抗体 , 3種, 4分子 ABLH

#1: 抗体	Fab 6D12 heavy chain 分子量: 24262.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Fab 6D12 light chain 分子量: 23568.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	Fab 6D12 heavy chain 分子量: 24278.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 351分子

#5: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.54 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M MES pH 6, 14mM sodium cholate PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月3日 / 詳細: Si (111)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.026→92.704 Å / Num. obs: 76896 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.027→2.152 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3846 / CC_1/2: 0.479 / R_pim(I) all: 0.797 / R_rim(I) all: 1.25 / % possible all: 64.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1fvd

1fvd

解像度: 2.026→41.458 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	3884	5.05 %
R_work	0.1886	73003	-
obs	0.19	76887	80.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 250.77 Å² / B_iso mean: 69.0276 Å² / B_iso min: 29.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.026→41.458 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7953	0	74	345	8372
B_iso mean	-	-	89.95	49.61	-
残基数	-	-	-	-	1024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8216
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.771	11122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1240
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1415
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.226	2981

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2478	X-RAY DIFFRACTION	5.328	TORSIONAL
1	2	H	2478	X-RAY DIFFRACTION	5.328	TORSIONAL
2	1	B	2516	X-RAY DIFFRACTION	5.328	TORSIONAL
2	2	L	2516	X-RAY DIFFRACTION	5.328	TORSIONAL
3	1	K	984	X-RAY DIFFRACTION	5.328	TORSIONAL
3	2	M	984	X-RAY DIFFRACTION	5.328	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0262-2.0509	0.4379	15	0.3209	261	8
2.0509-2.0769	0.3425	20	0.3241	413	13
2.0769-2.1042	0.38	41	0.3055	735	23
2.1042-2.1331	0.3044	68	0.2983	1275	39
2.1331-2.1635	0.3234	89	0.2921	1620	51
2.1635-2.1958	0.3231	97	0.2806	1867	58
2.1958-2.2301	0.3498	109	0.2808	2065	63
2.2301-2.2667	0.256	122	0.2707	2166	68
2.2667-2.3058	0.2872	150	0.2578	2395	74
2.3058-2.3477	0.2689	134	0.255	2551	79
2.3477-2.3928	0.2534	164	0.2448	2689	84
2.3928-2.4417	0.2491	172	0.24	3023	93
2.4417-2.4948	0.2736	179	0.2392	3214	100
2.4948-2.5528	0.2679	165	0.2324	3263	100
2.5528-2.6166	0.3022	162	0.2396	3276	100
2.6166-2.6874	0.23	157	0.2261	3246	100
2.6874-2.7664	0.2534	184	0.2213	3265	100
2.7664-2.8557	0.274	149	0.2218	3226	100
2.8557-2.9577	0.2401	166	0.2108	3254	100
2.9577-3.0761	0.2275	167	0.214	3267	100
3.0761-3.2161	0.2496	169	0.2012	3270	100
3.2161-3.3856	0.2146	161	0.2004	3222	100
3.3856-3.5976	0.205	187	0.1864	3244	99
3.5976-3.8751	0.1917	166	0.1757	3253	99
3.8751-4.2648	0.1994	166	0.1523	3239	99
4.2648-4.881	0.1622	159	0.1305	3243	98
4.881-6.1464	0.1681	180	0.1529	3210	98
6.1464-41.458	0.203	186	0.167	3251	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9384	-0.2129	-0.3079	8.0251	-0.4741	2.0755	-0.3451	0.0719	0.0042	0.3354	0.5772	0.0098	-0.0838	0.0914	-0.141	0.2756	-0.0459	-0.0076	0.4599	-0.0519	0.4905	-7.25	52.9948	17.0751
2	6.3791	-0.6592	0.1791	4.9303	-2.0694	4.6229	-0.1432	-0.0505	-0.3738	-0.0124	0.077	-0.4054	0.257	0.2591	0.0898	0.3489	-0.0308	0.085	0.3643	-0.0616	0.4165	-7.5839	42.754	14.3687
3	7.1057	-0.4468	-1.8536	6.213	1.793	5.7343	-0.3106	0.4589	-0.1876	-0.3116	0.2052	-0.1262	0.0792	0.4393	-0.0334	0.3329	-0.1504	0.0774	0.3444	-0.0358	0.3611	-10.9458	44.4564	5.6521
4	1.2511	0.6708	0.4589	2.5955	0.3069	1.5214	-0.1705	0.3271	-0.1547	-0.2118	0.2304	-0.1363	0.0682	0.2364	-0.0295	0.3103	-0.09	0.0658	0.3905	-0.0339	0.4178	-9.1955	46.6145	10.1171
5	4.2954	-0.4142	-3.6314	3.1731	1.0677	5.1418	0.0513	-0.048	0.1365	0.5507	-0.1615	0.0808	-0.3672	-0.2445	0.1282	0.4659	-0.0107	-0.0328	0.3438	0.0022	0.4818	-23.2435	72.2238	29.2237
6	5.1493	-0.0999	-2.965	3.5628	0.5051	5.0645	-0.0136	-0.0937	-0.0598	0.8802	-0.1867	0.2715	-0.2665	-0.4919	0.2486	0.5206	0.01	0.0005	0.3445	0.0129	0.4567	-25.6697	69.3475	31.897
7	3.1738	-4.0324	0.7175	7.3449	-1.6691	0.5138	0.1971	-0.7888	0.4226	0.458	-0.0403	0.3045	0.0219	-0.2374	0.1255	0.7795	-0.0703	-0.0297	0.5452	-0.1846	0.6257	-21.2123	76.4879	36.5852
8	2.4856	0.6177	-0.2485	2.1486	0.0612	1.9966	-0.005	0.0313	0.3385	0.0018	0.0541	0.0638	0.0783	-0.0943	-0.0883	0.3278	-0.112	0.051	0.313	-0.02	0.3865	-29.1224	39.2968	11.7711
9	0.524	0.1285	-0.6419	5.0064	-0.4928	2.1948	0.1814	0.1324	0.1561	0.7972	-0.162	0.6657	-0.171	-0.3665	0.002	0.393	0.0518	0.1421	0.414	-0.0419	0.7212	-35.1437	69.539	25.7951
10	4.598	6.1234	-0.7285	9.3419	-1.5917	2.8947	-0.0616	0.5092	0.1875	-0.1658	-0.1203	0.2252	0.0288	-0.3126	0.1886	0.4473	0.1416	0.0625	0.5204	-0.0456	0.6701	-38.2226	70.0027	20.7878
11	2.4571	1.4182	-0.4955	5.4092	-0.7598	2.0185	0.1631	0.2607	0.6402	0.0076	-0.1264	1.1208	-0.3144	-0.5128	-0.0746	0.4517	0.1264	0.0541	0.5223	0.0171	0.8221	-37.7819	74.8453	20.9652
12	4.4205	-1.0372	-0.3079	6.6382	-0.9427	3.3222	0.088	-0.0171	-0.2431	-1.0255	0.0927	0.0534	0.759	-0.166	0.035	0.2997	0.0025	0.0018	0.3123	-0.0177	0.3216	1.5696	77.4433	-12.6749
13	4.7581	-0.2285	-0.1188	4.3031	-0.8253	2.7997	-0.0328	0.013	0.5778	-0.0759	-0.0352	-0.0635	-0.3804	-0.0142	0.0325	0.3116	0.0444	-0.0137	0.34	-0.0177	0.3895	-0.5187	87.4913	-9.6587
14	5.5744	0.0201	0.3983	5.1277	0.6093	3.8988	0.0124	-0.3306	0.1318	0.2188	0.1181	0.1979	-0.0559	0.0612	0.0729	0.3172	0.1058	-0.046	0.388	-0.0342	0.3492	-3.3972	84.9245	-0.9866
15	4.1959	0.4858	-0.5239	5.0253	-1.3768	3.2472	-0.0621	-0.6999	0.2142	0.4802	-0.1816	0.014	0.044	0.596	0.0866	0.2758	0.0849	-0.0623	0.4239	-0.1155	0.3275	4.0019	83.5581	-1.5391
16	4.8729	-0.6185	0.7229	4.7434	0.4788	2.3498	0.0369	-0.5195	-0.5672	0.5853	-0.1262	-0.383	-0.0746	-0.0303	0.1185	0.3524	0.06	0.0251	0.4838	-0.0019	0.3573	2.907	76.5966	-4.7072
17	0.9646	0.8822	0.4651	3.8118	1.2611	0.8402	0.0406	-0.1501	0.1407	-0.0263	-0.0923	-0.2614	-0.0852	-0.1974	-0.036	0.2562	0.0843	0.0067	0.31	0.0331	0.3259	-5.5523	78.1543	-11.3899
18	6.2935	-1.0191	2.6372	4.1764	1.108	5.046	0.365	0.4637	0.2741	-0.4386	-0.3726	-0.0871	0.2439	-0.1284	0.0974	0.3547	0.0315	0.0806	0.287	0.0494	0.313	-15.1963	58.7612	-27.4549
19	5.0431	-1.4716	0.335	3.4744	-0.0003	1.9247	-0.4293	1.633	0.8057	-0.8362	-0.064	-0.0726	-0.8607	0.4887	0.0058	0.4424	0.0465	0.0831	0.4325	0.1343	0.3552	-9.0108	59.2196	-34.0057
20	7.2483	5.4654	5.1492	4.8555	4.5989	4.288	0.0655	0.8156	-0.6883	-0.3208	0.0555	-0.3892	0.2702	0.3807	-0.1514	0.4728	0.0844	0.0452	0.4782	-0.0189	0.5259	-8.5016	53.0396	-33.8722
21	3.4123	-0.7692	0.3231	4.9379	-0.1558	3.8342	-0.024	-1.163	1.0109	0.5035	0.4541	-0.9753	-0.7523	0.8385	-0.3949	0.8164	0.1212	-0.0083	1.1791	-0.5173	1.6128	-6.948	106.7868	19.3791
22	-0.2121	0.1731	0.8838	8.6485	5.8671	2.895	-0.0368	-0.5652	1.2952	0.4437	0.1479	-0.194	-0.2982	0.3894	-0.2515	0.8017	-0.0821	0.1209	0.8432	-0.5149	1.4988	-10.6617	115.9317	17.1418
23	4.0486	0.0891	-0.123	2.3073	0.2796	2.91	0.0505	-0.095	-0.2173	0.082	0.0667	0.1761	0.1076	-0.0886	-0.0922	0.2943	0.1196	-0.0115	0.3122	-0.0065	0.3606	-23.2301	88.0799	-6.688
24	4.507	0.0387	2.735	1.8476	0.3518	3.9277	0.1739	0.2561	-0.4438	-0.3977	0.0654	0.0469	-0.2689	-0.1208	-0.3344	0.4194	0.1143	-0.0487	0.3927	-0.0188	0.4602	-23.9328	84.9276	-13.822
25	2.1449	1.1689	0.7681	1.4717	1.809	2.4399	-0.1415	-0.1692	0.0621	-0.1085	-0.2645	0.5482	-0.0411	-0.3989	-0.0089	0.3214	0.103	-0.0554	0.4075	-0.0242	0.4612	-22.9952	79.1454	-9.3074
26	2.1488	0.3176	0.7269	5.2387	-0.5547	5.7008	0.2037	0.6221	-1.3656	-0.2113	-0.1762	0.0628	0.8629	0.0038	-0.133	0.5689	-0.0586	-0.043	0.3243	-0.0331	0.4674	-15.9956	47.1022	-25.3971
27	3.6407	-3.0015	1.5003	5.6585	0.0175	4.141	0.1848	-0.549	-0.3591	0.7211	-0.047	0.6492	0.2651	-0.7616	-0.0962	0.4056	-0.2075	0.0308	0.4738	0.0135	0.3451	-25.1198	54.0484	-16.3371
28	3.9276	-3.4078	0.609	8.4052	0.1902	2.2006	0.2048	0.001	-0.5096	0.3042	-0.2268	0.4883	0.4355	-0.4486	-0.0378	0.4161	-0.1685	0.0133	0.4282	-0.0278	0.3766	-25.4254	51.9536	-20.4744
29	2.0356	2.0051	2.0301	2.0411	1.9887	2.0253	0.7085	-0.5247	1.0462	-1.2598	0.0784	-5.1935	-1.6272	-0.0764	-0.8482	0.7762	-0.2096	-0.4591	0.6982	-0.1737	1.1104	-22.7409	40.2497	-33.4021
30	4.1423	-1.7258	-0.8028	2.5332	1.1414	3.0108	0.2383	1.4127	-1.4727	-1.906	0.0166	-1.4158	0.3827	0.2586	-0.4086	1.3872	-0.1557	0.5103	0.5909	-0.2933	1.6495	-11.1506	20.8613	-13.4468
31	0.4666	-1.163	-0.2003	3.8303	2.971	1.4689	0.2008	0.1425	-1.1956	-0.3754	0.4146	-0.9766	0.2036	0.3934	-0.5486	0.9788	-0.0781	0.1845	0.5475	-0.3258	1.6447	-12.8392	11.4088	-11.3745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 17 )	A	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 40 )	A	18 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 60 )	A	41 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 119 )	A	61 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 120 through 165 )	A	120 - 165
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 166 through 211 )	A	166 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 212 through 222 )	A	212 - 222
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 102 )	B	1 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 128 )	B	103 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 129 through 150 )	B	129 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 151 through 213 )	B	151 - 213
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	1 - 17
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 18 through 40 )	H	18 - 40
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 41 through 60 )	H	41 - 60
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 61 through 76 )	H	61 - 76
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 77 through 91 )	H	77 - 91
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resid 92 through 132 )	H	92 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'H' and (resid 133 through 196 )	H	133 - 196
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 197 through 211 )	H	197 - 211
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 212 through 223 )	H	212 - 223
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'K' and (resid 65 through 90 )	K	65 - 90
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'K' and (resid 91 through 141 )	K	91 - 141
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'L' and (resid 1 through 75 )	L	1 - 75
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'L' and (resid 76 through 90 )	L	76 - 90
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'L' and (resid 91 through 113 )	L	91 - 113
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'L' and (resid 114 through 128 )	L	114 - 128
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'L' and (resid 129 through 163 )	L	129 - 163
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'L' and (resid 164 through 213 )	L	164 - 213
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'L' and (resid 214 through 214 )	L	214
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'M' and (resid 65 through 90 )	M	65 - 90
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'M' and (resid 91 through 142 )	M	91 - 142

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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