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- PDB-7lbw: Crystal structure of TFAM (mitochondrial transcription factor A) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lbw
タイトルCrystal structure of TFAM (mitochondrial transcription factor A) bridging two non-sequence specific DNA substrates
要素
  • (DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*G)- ...) x 2
  • Transcription factor A, mitochondrial
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Mitochondrial transcription / transcription initiation / mtDNA / promoter recognition / DNA bending / HMG box / mtDNA packaging / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient / Mitochondrial protein degradation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / mitochondrial matrix / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Transcription factor A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Choi, W.S. / Garcia-Diaz, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: A minimal motif for sequence recognition by mitochondrial transcription factor A (TFAM).
著者: Choi, W.S. / Garcia-Diaz, M.
履歴
登録2021年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor A, mitochondrial
B: Transcription factor A, mitochondrial
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,59315
ポリマ－75,9026
非ポリマー6919
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.000, 124.810, 55.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 45 through 61 or (resid 62...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 45 through 75 or resid 77...
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2(chain "E" and (resid 1 through 18 or (resid 19...
d_1ens_3chain "D"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALALAA2 - 32
d_12ens_1THRPHEA34 - 74
d_13ens_1GLUILEA76 - 90
d_14ens_1ASPPHEA92 - 127
d_15ens_1GLULEUA129 - 139
d_16ens_1THRGLUA141 - 177
d_17ens_1METILEA180 - 181
d_18ens_1VALARGA183 - 191
d_21ens_1VALALAB2 - 32
d_22ens_1THRPHEB34 - 74
d_23ens_1GLUILEB76 - 90
d_24ens_1ASPPHEB92 - 127
d_25ens_1GLULEUB129 - 139
d_26ens_1THRGLUB141 - 177
d_27ens_1METILEB179 - 180
d_28ens_1VALARGB182 - 190
d_11ens_2DTDGC
d_21ens_2DTDGE
d_11ens_3DCDAD
d_21ens_3DCDAF

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.997855023516, -0.0194316913219, 0.0625120901608), (-0.00764480913274, -0.913803748405, -0.406084063089), (0.0650146824743, -0.405690915321, 0.911695109282)-39.8060102149, 48.9691810944, 11.1326224646
2given(-0.995941653846, -0.00962375203601, 0.0894852252098), (-0.027638962246, -0.913518265297, -0.405857692712), (0.0856522615, -0.406683860467, 0.90954490144)-40.1799019007, 48.7607687132, 11.9604789998
3given(-0.994324401562, -0.0244318977655, 0.103547413441), (-0.0186192802732, -0.918292868524, -0.395463689888), (0.104748779758, -0.3951471751, 0.912626102602)-39.4160470775, 48.9443657428, 12.9003203153

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcription factor A, mitochondrial / mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / ...mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / Transcription factor 6-like 2


分子量: 24450.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFAM, TCF6, TCF6L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ArcticExpress (DE3) / 参照: UniProt: Q00059

-
DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*G)- ... , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 6683.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 6817.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 232分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5) and 24% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→39.81 Å / Num. obs: 19494 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 73.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル解像度: 2.84→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.636 / Num. unique obs: 179

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
BUSTER精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TQ6

3tq6


解像度: 2.84→39.81 Å / SU ML: 0.3027 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.39
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 996 5.12 %
Rwork0.1987 18446 -
obs0.2004 19442 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→39.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3214 1767 45 223 5249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01325305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42057469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0238649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.19762217
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.46520421607
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.580291890485
ens_3d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.579135347464
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.990.37931210.29182568X-RAY DIFFRACTION99.81
2.99-3.170.32381490.26372593X-RAY DIFFRACTION99.96
3.17-3.420.28091480.22362592X-RAY DIFFRACTION99.93
3.42-3.760.25851500.20142602X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.310.19121250.19122659X-RAY DIFFRACTION99.96
4.31-5.420.20361440.18252649X-RAY DIFFRACTION100
5.43-39.810.21431590.18012783X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1658664487520.1422736956620.09825866523830.09004345448940.06641146518280.04307501772460.0134657039943-0.714362481495-0.2082851898780.3714440738210.2488725201680.112755556892-0.2252997694980.147352887363-3.46640299291E-60.5232677904650.03086242521460.05267615903690.7839414083620.00680924245590.450681002542-37.81424.343-28.973
20.3706364577740.2718675393380.08289574789680.1864516817950.1123826385990.5194822530760.141657201209-0.307062539739-0.816338511518-0.0358248878574-0.9876606524931.07315703588-0.377777129774-0.3401064352160.004152080454460.5391632931330.07207879235310.02324665692671.02662030831-0.06194974413880.885767332449-55.64621.35-15.922
31.582931657240.9257317292350.6785191299921.251054928721.05503533741.408523765370.01682871442960.1232382854410.1559271723570.07694382507440.1588829144390.282623035152-0.167825368279-0.0714171310757-3.17933854321E-60.5757871607120.01474808168590.1086048065130.5351827307020.1157525385280.461913908874-30.8237.264-10.554
40.1576901093140.1222684038190.1096655655730.04332437132230.08375425468960.0438836814504-0.253241397546-0.351494932575-0.122910027996-0.3185748858750.03106521983830.258961356023-0.3016997981350.151988320599-1.10848012097E-50.371256060613-0.04199642303250.06303969290450.460956524435-0.0105983970670.627435646329-4.17337.968-27.549
50.119124575318-0.286131843091-0.07736256509841.11395726454-0.326151038170.4625722605780.748890364904-0.377035522227-0.130971075961-0.643148232229-0.360441147899-0.6396790242530.286323815490.2041934194550.01095960133390.4860625505040.0908573911944-0.08677368210230.795081413323-0.05039089805170.59247765650114.0836.551-15.076
60.3586700631660.0539108528737-0.2946778767150.108580453808-0.2899345725851.03297088751-0.0995373667187-1.12858796013-0.3249472425791.18451410683-0.0593305835663-1.902179687980.11814746860.666280575591-0.01603682560010.5169506870090.0647494206547-0.1414081623650.7140716596280.01282765019710.80624125111513.8634.725-7.15
70.967029941885-0.1731990947160.3266375456691.72480153462-0.1076803962010.137636482919-1.02885524260.1776417581361.68520533699-0.280868403516-0.09809051905040.454725707178-0.681620155580.0754228716655-0.0115510546810.436988303382-0.065630051503-0.04217003605480.517508409206-0.02905994500760.552825253175-0.16548.367-25.281
81.371572017190.7209533881990.4498242722272.024264119190.4700570108862.219654175540.0008624286065120.161097033713-0.6019490261740.519633374845-0.111487703881-0.2119877899720.971662713397-0.147690688292-0.002424493334541.04785491775-0.07164349301230.06566718284830.461816852024-0.08630629832460.735089240113-17.3788.611-14.934
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 44:55 )A44 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 56:71 )A56 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 72:236 )A72 - 236
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 44:55 )B44 - 55
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 56:71 )B56 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 72:92 )B72 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 93:122 )B93 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 123:233 )B123 - 233
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 1:5 )C1 - 5
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 6:10 )C6 - 10
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 11:15 )C11 - 15
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 16:20 )C16 - 20
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 21:22 )C21 - 22
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 1:5 )D1 - 5
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 6:10 )D6 - 10
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 11:15 )D11 - 15
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 16:20 )D16 - 20
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 21:22 )D21 - 22
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 1:10 )E1 - 10
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN E AND RESID 11:22 )E11 - 22
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN F AND RESID 1:10 )F1 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN F AND RESID 11:22 )F11 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る