PDB-7lbv: Crystal structure of the Propionibacterium acnes surface sialidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lbv

タイトル

Crystal structure of the Propionibacterium acnes surface sialidase in complex with Neu5Ac2en

要素

Exo-alpha-sialidase

キーワード

HYDROLASE / acne

機能・相同性

2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / PHOSPHATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Cutibacterium acnes (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Yu, A.C.Y. / Volkers, G. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the Propionibacterium acnes surface sialidase, a drug target for P. acnes-associated diseases.
著者: Yu, A.C.Y. / Volkers, G. / Jongkees, S.A.K. / Worrall, L.J. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2021年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lbv.cif.gz	167.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lbv.ent.gz	128.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lbv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lbv_validation.pdf.gz	825.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lbv_full_validation.pdf.gz	828.2 KB	表示
XML形式データ	7lbv_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7lbv_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/7lbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/7lbv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lbuC 1eurS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7c26-d 7p1b-d 2jep-2 5u62-1 7p1r-4 4e2d-1 7p1d-d 5u5t-2 2f25-1 5z3d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exo-alpha-sialidase

ヘテロ分子

49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.978, 46.650, 49.659
Angle α, β, γ (deg.)	116.930, 99.100, 91.730
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Exo-alpha-sialidase / Sialidase 分子量: 48789.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cutibacterium acnes (バクテリア) 遺伝子: B1B09_09755, FD518_10685 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2B7IY20
#2: 糖	ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: 18% (w/v) polyethylene glycol monomethylether 2000, 100 mM HEPES, pH 6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 33635 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.17
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.43 / Num. unique obs: 1000 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EUR

1eur

解像度: 1.7→43.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.543 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1816	1796	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1517	-	-	-
obs	0.1532	33635	92.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.15 Å² / B_iso mean: 29.48 Å² / B_iso min: 20.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	0.29 Å²	0.05 Å²
2-	-	1.07 Å²	0.56 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→43.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2895	0	25	302	3222
B_iso mean	-	-	30.64	34.8	-
残基数	-	-	-	-	380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.047	1.948	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.483	5	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.071	22.606	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.421	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.127	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	2391

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.741 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	104	-
R_work	0.179	2237	-
obs	-	-	82.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8498	-0.2074	0.5092	0.4954	0.0319	0.404	0.0899	0.0099	-0.214	0.0206	-0.0147	0.0535	0.1121	0.0009	-0.0752	0.1182	0.0174	-0.0402	0.0079	-0.0262	0.1977	-19.322	-17.864	6.348
2	0.0176	-0.0401	0.0449	0.2248	-0.186	0.1707	0.0101	-0.0088	-0.0299	0.0574	0.0271	0.0084	-0.0128	-0.0193	-0.0371	0.122	0.0078	-0.0059	0.0264	-0.0109	0.1452	-20.456	-6.77	22.8
3	0.4404	-0.1669	0.5372	2.7039	1.215	1.418	0.0668	-0.0203	-0.0523	0.0887	-0.0383	0.0862	0.1306	-0.051	-0.0285	0.1421	-0.0015	0.0019	0.0022	-0.0052	0.147	-16.967	-14.375	23.001
4	0.11	-0.1677	-0.225	0.4031	0.4089	0.7549	-0.0031	-0.0184	-0.0432	0.0231	0.0396	-0.0547	-0.0331	0.0726	-0.0365	0.1355	0.0119	-0.0145	0.0248	-0.0263	0.1482	-9.43	0.737	20.983
5	0.3183	0.1247	0.1329	0.3895	0.4766	0.6067	-0.0261	-0.0123	-0.0046	0.0003	0.0431	-0.0345	-0.0388	0.0664	-0.0171	0.1506	0.0088	-0.0232	0.0314	-0.0266	0.1397	-10.104	6.328	18.918
6	0.2971	-0.0548	0.1257	0.2951	0.0113	0.1674	-0.0158	0.006	0.0176	0.0719	0.004	-0.1127	-0.0315	0.0529	0.0119	0.1215	0.002	-0.0137	0.0343	-0.0205	0.1513	-4.782	7.339	16.789
7	0.2139	-0.1093	0.0176	0.5057	0.1407	0.1184	0.013	0.0278	0.0111	0.0007	-0.0029	-0.0232	-0.0134	0.0162	-0.01	0.1123	0.008	0.0018	0.0236	-0.0264	0.1347	-10.303	5.927	4.584
8	0.2919	-0.09	-0.1983	0.4011	0.2376	0.2244	0.008	0.0193	-0.0181	-0.0159	0.0052	0.0091	-0.0236	-0.0048	-0.0132	0.121	0.0249	0.0005	0.0308	-0.0287	0.1291	-21.816	7.085	2.759
9	0.4249	-0.0748	-0.0883	0.2912	0.0808	0.3252	0.0307	0.0537	0.014	-0.023	-0.0074	0.0436	-0.0149	-0.0247	-0.0233	0.1008	0.0229	-0.0099	0.0347	-0.0222	0.1264	-23.612	4.268	0.28
10	4.0759	-1.2291	-1.181	3.8575	2.9062	2.2073	0.0206	0.4101	-0.0622	-0.1304	-0.1174	0.1353	-0.0936	-0.1087	0.0968	0.1532	0.0564	-0.0298	0.0737	-0.0468	0.0892	-20.733	-10.231	-10.552
11	0.6042	0.0534	-0.2131	0.0231	-0.0493	0.4709	0.0085	-0.0031	-0.0665	-0.0323	-0.0065	0.0264	-0.0384	-0.0592	-0.002	0.1123	0.0206	-0.0191	0.0258	-0.0288	0.1433	-32.949	-1.818	5.024
12	0.8542	0.1128	0.0974	0.025	-0.0398	0.412	0.0572	-0.0289	-0.1308	-0.0063	0.0073	0.0107	0.0218	-0.0026	-0.0645	0.1198	0.0083	-0.0341	0.009	-0.0125	0.1854	-28.076	-10.614	9.47

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	81 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	102 - 162
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	163 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	172 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	196 - 211
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	212 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	255 - 308
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	309 - 334
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	335 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	375 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	383 - 420
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	421 - 460

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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