PDB-7la7: O6 variable lymphocyte receptor ectodomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7la7

タイトル

O6 variable lymphocyte receptor ectodomain

要素

variable lymphocyte receptor O6

キーワード

IMMUNE SYSTEM / VLR / glycosylation / sulfated glycan / glycan antigen

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55100728206 Å

データ登録者

Bernard, S.M. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Novel lamprey antibody recognizes terminal sulfated galactose epitopes on mammalian glycoproteins.
著者: McKitrick, T.R. / Bernard, S.M. / Noll, A.J. / Collins, B.C. / Goth, C.K. / McQuillan, A.M. / Heimburg-Molinaro, J. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A. / Cooper, M.D. / Cummings, R.D.

履歴

登録	2021年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7la7.cif.gz	98.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7la7.ent.gz	62 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7la7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7la7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7la7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7la8C 3g39S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rfr-d 2cme-1 2cme-2 3b1s-2 1oqn-2 1ajw-d 1g10-d 3iol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: variable lymphocyte receptor O6

ヘテロ分子

20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.450, 38.276, 78.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.794, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	variable lymphocyte receptor O6 分子量: 19989.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 1.2 M NaH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.1 M glycine pH 10.5, 0.2 M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→27.1 Å / Num. obs: 125962 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.1473817615 Å² / CC_1/2: 0.894 / R_pim(I) all: 0.044 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2093 / CC_1/2: 0.533 / R_pim(I) all: 0.501 / R_sym value: 0.815

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11_2567	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G39

3g39

解像度: 1.55100728206→27.099200658 Å / SU ML: 0.183226892809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38100016978 / 位相誤差: 20.8349931544
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214835295174	1114	5.06709119854 %
R_work	0.173969998204	20871	-
obs	0.175958079504	21985	99.1968596309 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.6445958868 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55100728206→27.099200658 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1329	0	10	139	1478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0105978896889	1411
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08555547236	1947
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0651899230507	226
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00718190983589	248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0684207607	851

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.552-1.6216	0.30006739913	121	0.262157436219	2455	X-RAY DIFFRACTION	93.8433515483
1.6216-1.7071	0.237773843419	130	0.213848590261	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.7102499095
1.7071-1.814	0.218672864629	139	0.192001544039	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.814-1.954	0.231856727084	132	0.179385664656	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.954-2.1506	0.210293016779	147	0.169217970299	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.964028777
2.1506-2.4616	0.21600991553	162	0.167883534399	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4616-3.1007	0.198599360224	139	0.168757490191	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1007-27.09	0.205901499743	144	0.159191358727	2716	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.22215278777	1.95459964819	0.300910620459	2.58857317305	-0.961902074355	2.4237589373	0.0535666680337	-0.972141255122	-0.619424518602	-0.0481223096617	-0.263686265747	-0.382614995109	0.625624442717	0.43642893837	0.220878731581	0.320771449886	0.0335578285121	0.0127140168914	0.395136728072	0.106111952086	0.216074761713	10.0132653479	5.9169727892	31.190416516
2	2.85694380026	0.304201515296	-0.72490638123	2.55443114883	-0.570718273276	3.41215708627	-0.014817849415	-0.268134666478	-0.124338819112	0.162722749349	-0.0218640793874	0.0502106404354	0.152667122489	-0.104437936521	0.0191335813713	0.10445166132	-0.00550566299694	-0.00023902220185	0.117271008864	0.00692732581084	0.101414041663	7.33420258649	8.60187493401	19.81301421
3	2.73793771955	0.939236410363	-0.973007998986	1.99451152564	0.0100373332932	4.01275853179	-0.0468443132168	-0.0180155261707	0.00606694761111	-0.0562823998099	0.0483962903025	0.0308168202677	0.0457711561086	-0.0320568570006	-0.00131321981425	0.0655368857773	0.0177875416256	-0.0239671955829	0.0443519625931	0.00590603534473	0.111001469325	7.1852529015	16.8285958882	8.24891973739
4	1.83252727742	-0.0691822494618	0.409216517805	2.78561479355	0.193524311128	5.01246883607	0.019239110348	-0.290798843634	0.321777690218	0.167797327312	-0.0830933105683	0.18079734674	-0.471224379165	-0.144869614571	0.0497936864351	0.141841596366	0.0144682747369	0.0143032099366	0.121104991492	-0.0627572550742	0.180950907766	2.65328789192	25.4144133729	15.8136923415
5	2.53263864716	-0.662654320152	-0.865334357063	1.36412804893	0.145892872401	2.93905533215	0.0218410729097	-0.0427464255509	0.0490086110336	-0.125789930755	0.00650537530334	-0.102734743028	-0.0619254861468	0.110183596219	-0.0268273040455	0.139426592855	-0.016740818224	-0.0248350992973	0.0852022074201	0.0164265963162	0.152268393757	12.7570712847	24.2951224993	-0.00922282935419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:24)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 25:89)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 90:125)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 126:150)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 151:171)

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