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- PDB-7la8: O6 variable lymphocyte receptor ectodomain bound to 3-HSO3-Gal-4GlcNAc -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7la8 | ||||||
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Title | O6 variable lymphocyte receptor ectodomain bound to 3-HSO3-Gal-4GlcNAc | ||||||
![]() | O6 variable lymphocyte receptor | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM/IMMUNOGEN / VLR / glycosylation / sulfated glycan / glycan antigen / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-IMMUNOGEN complex | ||||||
Function / homology | BIOTIN![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bernard, S.M. / Wilson, I.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Novel lamprey antibody recognizes terminal sulfated galactose epitopes on mammalian glycoproteins. Authors: McKitrick, T.R. / Bernard, S.M. / Noll, A.J. / Collins, B.C. / Goth, C.K. / McQuillan, A.M. / Heimburg-Molinaro, J. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A. / Cooper, M.D. / Cummings, R.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7la7C ![]() 1rvxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER
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Components
#1: Protein | Mass: 18676.947 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K18A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 / Details: 2.4 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.0, 20% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.896→38.2 Å / Num. obs: 28496 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.2779525002 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.048 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4560 / CC1/2: 0.559 / Rpim(I) all: 0.855 / Rsym value: 1.67 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1RVX Resolution: 1.8965→37.92 Å / SU ML: 0.260465048734 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33614351418 / Phase error: 24.0854108122 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.2747945708 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8965→37.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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