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- PDB-7l9t: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase from Mycolicibacteri... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l9t | ||||||
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Title | Crystal Structure of Dihydrofolate reductase from Mycolicibacterium smegmatis in complex with SDDC-0001565 inhibitor | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Dihydrofolate reductase / SDDC-0001565 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase synthetase from Coccidioides immitis in complex with PRX Authors: DeBouver, N.D. / Bolejack, M.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 58.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 756.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kq6C ![]() 6cxmS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 18472.926 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: folA, MSMEI_2607 / Production host: ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-QKJ / | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-DMS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: MysmA.01062.a.B11.PS38260 [Barcode: 309084e9, PuckID: hne4-2, Cryo: 20% EG, Concentration: 8.8 mg/mL] 2 M Ammonium sulfate, 100 mM Sodium phosphate dibasic / Citric acid pH 4.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2020 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 15341 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.246 % / Biso Wilson estimate: 36.009 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 30.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6CXM Resolution: 1.8→48.08 Å / SU ML: 0.2447 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.5953 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→48.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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