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- PDB-7l9t: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase from Mycolicibacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l9t
タイトルCrystal Structure of Dihydrofolate reductase from Mycolicibacterium smegmatis in complex with SDDC-0001565 inhibitor
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Dihydrofolate reductase / SDDC-0001565 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QKJ / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase synthetase from Coccidioides immitis in complex with PRX
著者: DeBouver, N.D. / Bolejack, M.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1045
ポリマ－18,4731
非ポリマー6314
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.750, 53.750, 107.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-321-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18472.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: folA, MSMEI_2607 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FC10, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-QKJ / 3-(3-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)propanoic acid


分子量: 360.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: MysmA.01062.a.B11.PS38260 [Barcode: 309084e9, PuckID: hne4-2, Cryo: 20% EG, Concentration: 8.8 mg/mL] 2 M Ammonium sulfate, 100 mM Sodium phosphate dibasic / Citric acid pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月10日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 15341 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.246 % / Biso Wilson estimate: 36.009 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 30.31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.858.2350.5153.3811090.9390.548100
1.85-1.99.4830.374510600.9730.39499.8
1.9-1.959.5020.2696.9110420.9890.283100
1.95-2.019.5150.2039.2110280.9940.214100
2.01-2.089.4880.17111.29920.9940.18100
2.08-2.159.5010.13114.859900.9960.138100
2.15-2.239.5090.10519.159160.9970.111100
2.23-2.329.4640.09521.348860.9980.1100
2.32-2.439.4670.07925.518580.9980.083100
2.43-2.559.4190.06331.188290.9980.06699.9
2.55-2.689.5290.05236.097980.9990.055100
2.68-2.859.3420.04740.027460.9990.05100
2.85-3.049.350.03850.017170.9990.04100
3.04-3.299.3050.03259.426620.9990.033100
3.29-3.69.080.02865.7562210.0399.8
3.6-4.029.1420.02373.7156310.025100
4.02-4.659.0530.02177.9150810.02299.4
4.65-5.698.6970.02273.9843510.023100
5.69-8.058.3070.02271.2236210.024100
8.05-506.9590.02370.952180.9990.02594.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19rc4-4035精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CXM

6cxm


解像度: 1.8→48.08 Å / SU ML: 0.2447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.5953
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1499 9.82 %
Rwork0.2064 13771 -
obs0.2113 15270 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 0 40 81 1293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00581260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80531724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.88444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.860.42451330.33731218X-RAY DIFFRACTION99.93
1.86-1.920.30511350.25841218X-RAY DIFFRACTION99.56
1.92-20.27611280.21531238X-RAY DIFFRACTION99.71
2-2.090.2581310.21141210X-RAY DIFFRACTION99.93
2.09-2.20.26421360.20871222X-RAY DIFFRACTION99.93
2.2-2.340.30111460.22611240X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.520.27111600.20291207X-RAY DIFFRACTION99.93
2.52-2.780.21391190.20781275X-RAY DIFFRACTION99.86
2.78-3.170.31051160.21131287X-RAY DIFFRACTION100
3.18-40.22171480.19171282X-RAY DIFFRACTION99.93
4-48.080.23931470.1941374X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.33932517357-1.208288432441.397056102093.63200849239-0.2547296240734.281366320530.12827845909-0.149338685992-0.272159010581-0.004448858515460.006127434787360.1971051080310.0604669366512-0.197318888033-0.1152171013660.107749283597-0.01481060537240.00959877315190.155025097462-0.01799657030670.161663965483-13.156210102111.1749831748-13.9976280035
25.389518131271.28882168823-1.076422567635.63873931268-0.7980532433711.991411063420.160564144341-0.275948808731-0.6706810914930.1442232551030.03520819693360.3180894865971.18745080108-0.339638946537-0.1043924035170.499055074097-0.11577778029-0.08601338559070.3131718069560.0754486859740.288698424314-11.0161911978-3.2054099721-9.04739384888
34.748665529821.62622353699-0.2902859036822.6200618256-0.3664268288287.91122408329-0.0109288943388-0.4286821088650.0293613735827-0.0398497371191-0.0006128279572380.158626240368-0.399341401983-0.5939693543890.003733940695280.1762016784010.06245471164250.01687604659960.280410539144-0.02839948640990.243384604275-18.753024425515.5204455917-10.9284720984
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 36 )1 - 361 - 36
22chain 'A' and (resid 37 through 94 )37 - 9437 - 94
33chain 'A' and (resid 95 through 156 )95 - 15695 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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