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- PDB-7l99: Crystal structure of BRDT bromodomain 2 in complex with CDD-1302 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l99
タイトルCrystal structure of BRDT bromodomain 2 in complex with CDD-1302
要素Bromodomain testis-specific protein
キーワードTRANSCRIPTION / Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JEF / Chem-XWJ / Bromodomain testis-specific protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sharma, R. / Yu, Z. / Ku, A.F. / Anglin, J.L. / Ucisik, M.N. / Faver, J.C. / Sankaran, B. / Kim, C. / Matzuk, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)P01HD087157 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Discovery and characterization of bromodomain 2-specific inhibitors of BRDT.
著者: Yu, Z. / Ku, A.F. / Anglin, J.L. / Sharma, R. / Ucisik, M.N. / Faver, J.C. / Li, F. / Nyshadham, P. / Simmons, N. / Sharma, K.L. / Nagarajan, S. / Riehle, K. / Kaur, G. / Sankaran, B. / Storl- ...著者: Yu, Z. / Ku, A.F. / Anglin, J.L. / Sharma, R. / Ucisik, M.N. / Faver, J.C. / Li, F. / Nyshadham, P. / Simmons, N. / Sharma, K.L. / Nagarajan, S. / Riehle, K. / Kaur, G. / Sankaran, B. / Storl-Desmond, M. / Palmer, S.S. / Young, D.W. / Kim, C. / Matzuk, M.M.
履歴
登録2021年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
C: Bromodomain testis-specific protein
D: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,26711
ポリマ－63,1044
非ポリマー3,1637
水5,801322
1
A: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2042
ポリマ－15,7761
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2042
ポリマ－15,7761
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6313
ポリマ－15,7761
非ポリマー8552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2294
ポリマ－15,7761
非ポリマー1,4533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.230, 61.970, 99.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 267 through 268 or resid 270...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 267 through 268 or resid 270...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 267 through 268 or resid 270...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 267 through 268 or resid 270...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERVALA2 - 3
d_12ens_1ALAARGA5 - 8
d_13ens_1ILELEUA13 - 14
d_14ens_1METALAA17 - 19
d_15ens_1HISASPA22 - 34
d_16ens_1ALATYRA37 - 44
d_17ens_1VALVALA46 - 47
d_18ens_1ASNLYSA49 - 57
d_19ens_1LYSASPA59 - 61
d_110ens_1GLUTYRA64 - 65
d_111ens_1ASPALAA67 - 68
d_112ens_1LYSASNA70 - 81
d_113ens_1TYRSERA83 - 108
d_114ens_1ILEPROA110 - 111
d_115ens_1ALAALAA113
d_116ens_1CDDCDDB
d_21ens_1SERVALC1 - 2
d_22ens_1ALAARGC4 - 7
d_23ens_1ILELEUC12 - 13
d_24ens_1METALAC16 - 18
d_25ens_1HISASPC21 - 33
d_26ens_1ALATYRC36 - 43
d_27ens_1VALVALC45 - 46
d_28ens_1ASNLYSC48 - 56
d_29ens_1LYSASPC58 - 60
d_210ens_1GLUTYRC63 - 64
d_211ens_1ASPALAC66 - 67
d_212ens_1LYSASNC69 - 80
d_213ens_1TYRSERC82 - 107
d_214ens_1ILEALAC109 - 111
d_215ens_1CDDCDDD
d_31ens_1SERVALE2 - 3
d_32ens_1ALAARGE5 - 8
d_33ens_1ILELEUE13 - 14
d_34ens_1METALAE17 - 19
d_35ens_1HISASPE22 - 34
d_36ens_1ALATYRE37 - 44
d_37ens_1VALVALE46 - 47
d_38ens_1ASNLYSE49 - 57
d_39ens_1LYSASPE59 - 61
d_310ens_1GLUTYRE64 - 65
d_311ens_1ASPALAE67 - 68
d_312ens_1LYSASNE70 - 81
d_313ens_1TYRSERE83 - 108
d_314ens_1ILEPROE110 - 111
d_315ens_1ALAALAE113
d_316ens_1CDDCDDF
d_41ens_1SERVALH2 - 3
d_42ens_1ALAARGH5 - 8
d_43ens_1ILELEUH13 - 14
d_44ens_1METALAH17 - 19
d_45ens_1HISASPH22 - 34
d_46ens_1ALATYRH37 - 44
d_47ens_1VALVALH46 - 47
d_48ens_1ASNLYSH49 - 57
d_49ens_1LYSASPH59 - 61
d_410ens_1GLUTYRH64 - 65
d_411ens_1ASPALAH67 - 68
d_412ens_1LYSASNH70 - 81
d_413ens_1TYRSERH83 - 108
d_414ens_1ILEPROH110 - 111
d_415ens_1ALAALAH113
d_416ens_1CDDCDDI

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要素

#1: タンパク質
Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein


分子量: 15776.041 Da / 分子数: 4 / 断片: bromodomain 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物
ChemComp-XWJ / N-[3-(acetylamino)-4-methylphenyl]-3-(4-amino-2-methylphenyl)-1-methyl-1H-indazole-5-carboxamide


分子量: 427.498 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE


分子量: 597.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H63NO10
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5 % v/v Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.55 Å / Num. obs: 44413 / % possible obs: 98.19 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.41 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 8.24
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 1.083 / Num. unique obs: 4301 / CC1/2: 0.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7L9A

7l9a


解像度: 1.9→44.55 Å / SU ML: 0.211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.8553
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 2199 4.98 %
Rwork0.1703 41966 -
obs0.172 44165 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3613 0 233 322 4168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00574014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91465477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.61881385
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.87670369801
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.958319408218
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.00634858257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.30231310.2782490X-RAY DIFFRACTION94.35
1.94-1.990.31431310.2592526X-RAY DIFFRACTION94.59
1.99-2.040.25711320.2372507X-RAY DIFFRACTION95.48
2.04-2.090.28871140.23282604X-RAY DIFFRACTION96.73
2.09-2.150.29521220.21992603X-RAY DIFFRACTION97.39
2.15-2.220.25811360.20912616X-RAY DIFFRACTION98.46
2.22-2.30.25191670.20532619X-RAY DIFFRACTION99.54
2.3-2.390.22691500.1932609X-RAY DIFFRACTION99.32
2.39-2.50.2131390.1882670X-RAY DIFFRACTION99.57
2.5-2.630.21741470.18472644X-RAY DIFFRACTION99.54
2.63-2.80.23851320.17752671X-RAY DIFFRACTION99.43
2.8-3.020.20681310.17362647X-RAY DIFFRACTION99.18
3.02-3.320.17141320.1652650X-RAY DIFFRACTION99.25
3.32-3.80.18131590.1332639X-RAY DIFFRACTION99.18
3.8-4.790.14661450.12492712X-RAY DIFFRACTION99.93
4.79-44.550.18121310.15072759X-RAY DIFFRACTION99.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.129466844290.3595983463141.976902967793.812694789553.262772094723.519123924220.2146634749320.606080637438-0.262184739817-0.152089550537-0.397608171690.2202348002760.172542299346-0.04104189328220.1658600773220.370396919053-0.01246200621070.05419314988670.559386188707-0.08043355316240.2911883642223.87434967881-15.56504115758.18180931168
20.9830429909581.154886607970.3265944216173.04670167321-0.7120553821735.4630406162-0.01448599573770.121424201362-0.272448068880.0150443356160.0122267051841-0.1588470091910.3770828622810.09286973839450.02638708401150.1248558487520.01570002602480.03327503495690.244022003678-0.002191884125120.23398282625913.8202150899-7.6606838473926.5730771336
31.987874014950.09369982691030.5647844765817.208789988185.438377125734.24145326607-0.03656690102580.313666057676-0.189287568122-0.111500639844-0.02111780380280.162179391290.2983771485360.03709747156470.1087706709430.1874228374230.005132123455720.005890426465540.264430864658-0.008406446328170.1852074529337.67066513295-16.801826680120.0158678337
44.711481894311.597567074234.840250540632.817800359251.692627099695.44359442135-0.0375959655768-0.06064653565070.147596591294-0.12602765141-0.1465470597520.272234390613-0.00128124963047-0.6416402903610.188972996420.114329302891-0.02409253859350.02543679953270.316632272664-0.02741339708070.204566128180.719452124659-6.6066102259222.3037561688
51.999923055532.000375601784.070614259362.0001982075-4.033459267622.033836162-0.698300024940.0675844480064-1.12510469192-0.392071051943-0.380608561714-0.03284335146840.572163060772-0.03202881561591.375187814121.093508729680.141447519568-0.1906474530070.243333228882-0.008084897235851.05676429935-8.45143129482-23.003105856214.8831127834
67.64457041793-6.367281999065.866660737695.35881332144-5.027878665284.771690954560.0156583964092-0.425816723853-0.5027277315840.394018568028-0.13473685369-0.3103577150510.3716741143590.2148898813270.0100387100110.334283666010.05103297156080.07788213899250.3650715034590.115914872450.358397422176-10.0423185502-18.247889852636.905229859
71.09849267783-0.6176944402190.8734739723723.310901600040.1028267108626.093979496080.01159895977540.0466100666913-0.270009668587-0.1425916883220.09372201618520.1709585441520.319697822527-0.236592898351-0.0901296169240.1059425879470.008133520977210.0227703265340.23223780442-0.004726215019190.209748066584-20.0924897329-6.8247469467720.4699074416
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205.522796662943.97187040789-4.914977779822.8941068552-3.519823087014.388053307330.455918041247-1.137819605270.59209530781.10304376783-0.319481044590.447840039112-0.403516223082-0.118905118501-0.1650670021870.4238362071170.03949898212940.07330188594410.430660520447-0.07159780296890.291530930523-37.72457616278.7298479803850.8878705648
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 267 through 282 )AA267 - 2822 - 17
22chain 'A' and (resid 283 through 317 )AA283 - 31718 - 52
33chain 'A' and (resid 318 through 350 )AA318 - 35053 - 85
44chain 'A' and (resid 351 through 376 )AA351 - 37686 - 111
55chain 'A' and (resid 377 through 378 )AA377 - 378112 - 113
66chain 'B' and (resid 267 through 282 )BC267 - 2821 - 16
77chain 'B' and (resid 283 through 317 )BC283 - 31717 - 51
88chain 'B' and (resid 318 through 326 )BC318 - 32652 - 60
99chain 'B' and (resid 327 through 332 )BC327 - 33261 - 66
1010chain 'B' and (resid 333 through 350 )BC333 - 35067 - 84
1111chain 'B' and (resid 351 through 355 )BC351 - 35585 - 89
1212chain 'B' and (resid 356 through 376 )BC356 - 37690 - 110
1313chain 'C' and (resid 267 through 283 )CE267 - 2832 - 18
1414chain 'C' and (resid 284 through 317 )CE284 - 31719 - 52
1515chain 'C' and (resid 318 through 355 )CE318 - 35553 - 90
1616chain 'C' and (resid 356 through 377 )CE356 - 37791 - 112
1717chain 'D' and (resid 266 through 282 )DH266 - 2821 - 17
1818chain 'D' and (resid 283 through 294 )DH283 - 29418 - 29
1919chain 'D' and (resid 295 through 317 )DH295 - 31730 - 52
2020chain 'D' and (resid 318 through 326 )DH318 - 32653 - 61
2121chain 'D' and (resid 327 through 350 )DH327 - 35062 - 85
2222chain 'D' and (resid 351 through 355 )DH351 - 35586 - 90
2323chain 'D' and (resid 356 through 377 )DH356 - 37791 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る