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- PDB-7l8h: EV68 3C protease (3Cpro) in Complex with Rupintrivir -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l8h
タイトルEV68 3C protease (3Cpro) in Complex with Rupintrivir
要素3C Protease
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / ENTEROVIRUS / EV68 / PROTEASE / PROTEASE INHIBITOR / COMPLEX / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / RUPINTRIVIR / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...: / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host gene expression / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AG7 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lockbaum, G.J. / Henes, M. / Lee, J.M. / Timm, J. / Nalivaika, E.A. / Yilmaz, N.K. / Thompson, P.R. / Schiffer, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM135919 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21 AI149716 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Pan-3C Protease Inhibitor Rupintrivir Binds SARS-CoV-2 Main Protease in a Unique Binding Mode.
著者: Lockbaum, G.J. / Henes, M. / Lee, J.M. / Timm, J. / Nalivaika, E.A. / Thompson, P.R. / Kurt Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2020年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C Protease
B: 3C Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8054
ポリマ－41,6032
非ポリマー1,2012
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.900, 80.900, 197.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -4 through -3 or (resid -2...
21(chain B and (resid -4 through 20 or (resid 21...
12chain A and resid 201
22chain B and resid 201

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERHISHIS(chain A and (resid -4 through -3 or (resid -2...AA-4 - -32 - 3
121METMETALAALA(chain A and (resid -4 through -3 or (resid -2...AA-2 - -14 - 5
131SERSERSERSER(chain A and (resid -4 through -3 or (resid -2...AA-4 - 1802 - 186
141SERSERSERSER(chain A and (resid -4 through -3 or (resid -2...AA-4 - 1802 - 186
151SERSERSERSER(chain A and (resid -4 through -3 or (resid -2...AA-4 - 1802 - 186
161SERSERSERSER(chain A and (resid -4 through -3 or (resid -2...AA-4 - 1802 - 186
211SERSERTHRTHR(chain B and (resid -4 through 20 or (resid 21...BB-4 - 202 - 26
221GLUGLULYSLYS(chain B and (resid -4 through 20 or (resid 21...BB21 - 2227 - 28
231SERSERASPASP(chain B and (resid -4 through 20 or (resid 21...BB-4 - 1812 - 187
241SERSERASPASP(chain B and (resid -4 through 20 or (resid 21...BB-4 - 1812 - 187
251SERSERASPASP(chain B and (resid -4 through 20 or (resid 21...BB-4 - 1812 - 187
261SERSERASPASP(chain B and (resid -4 through 20 or (resid 21...BB-4 - 1812 - 187
112AG7AG7AG7AG7chain CAC201
212AG7AG7AG7AG7chain DBD201

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 3C Protease / Peptidase C3


分子量: 20801.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K8BQT2
#2: 化合物 ChemComp-AG7 / 4-{2-(4-FLUORO-BENZYL)-6-METHYL-5-[(5-METHYL-ISOXAZOLE-3-CARBONYL)-AMINO]-4-OXO-HEPTANOYLAMINO}-5-(2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL)-PENTANOIC ACID ETHYL ESTER / RUPINTRIVIR, bound form


分子量: 600.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H41FN4O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 0.2 M Potassium Thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.39
反射解像度: 1.95→40.45 Å / Num. obs: 34962 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.07731 / Rpim(I) all: 0.04105 / Net I/σ(I): 12.82
反射 シェル解像度: 1.951→2.021 Å / Rmerge(I) obs: 0.6496 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 3510 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.3403

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19_4080精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZV8

3zv8


解像度: 1.95→40.45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.71 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1863 1728 4.94 %
Rwork0.1577 33233 -
obs0.1811 34959 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.94 Å2 / Biso mean: 38.8942 Å2 / Biso min: 15.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→40.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 166 281 3240
Biso mean--33.46 41.12 -
残基数----371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6874012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.139418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004521
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1116X-RAY DIFFRACTION5.009TORSIONAL
12B1116X-RAY DIFFRACTION5.009TORSIONAL
21A16X-RAY DIFFRACTION5.009TORSIONAL
22B16X-RAY DIFFRACTION5.009TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.010.35321420.33332767290994
2.01-2.070.2871480.27322800294895
2.07-2.150.26731480.24942743289195
2.15-2.230.21611560.23032756291295
2.23-2.340.23091360.22122776291295
2.34-2.460.22991420.21382788293095
2.46-2.610.25531400.21372769290995
2.61-2.810.19281450.20042771291695
2.81-3.10.23341390.18332790292995
3.1-3.540.21871450.17422747289294
3.55-4.460.18711420.14712760290294
4.47-40.450.19131430.13822766290995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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