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万見
- PDB-7l7g: Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l7g
タイトルElectron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B from Homo sapiens (updated model of PDB ID: 6CAJ)
要素(Translation initiation factor eIF-2B subunit ...) x 5
キーワードTRANSLATION / Integrated stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / translation initiation factor binding / response to endoplasmic reticulum stress / myelination / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / hippocampus development / central nervous system development / translational initiation / response to peptide hormone / regulation of translation / T cell receptor signaling pathway / response to heat / positive regulation of apoptotic process / GTP binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family ...Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C7B / Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tsai, J.C. / Miller-Vedam, L.E. / Anand, A. / Jaishankar, P. / Nguyen, H.C. / Wang, L. / Renslo, A.R. / Frost, A. / Walter, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: eIF2B conformation and assembly state regulate the integrated stress response.
著者: Michael Schoof / Morgane Boone / Lan Wang / Rosalie Lawrence / Adam Frost / Peter Walter /
要旨: The integrated stress response (ISR) is activated by phosphorylation of the translation initiation factor eIF2 in response to various stress conditions. Phosphorylated eIF2 (eIF2-P) inhibits eIF2's ...The integrated stress response (ISR) is activated by phosphorylation of the translation initiation factor eIF2 in response to various stress conditions. Phosphorylated eIF2 (eIF2-P) inhibits eIF2's nucleotide exchange factor eIF2B, a twofold symmetric heterodecamer assembled from subcomplexes. Here, we monitor and manipulate eIF2B assembly in vitro and in vivo. In the absence of eIF2B's α-subunit, the ISR is induced because unassembled eIF2B tetramer subcomplexes accumulate in cells. Upon addition of the small-molecule ISR inhibitor ISRIB, eIF2B tetramers assemble into active octamers. Surprisingly, ISRIB inhibits the ISR even in the context of fully assembled eIF2B decamers, revealing allosteric communication between the physically distant eIF2, eIF2-P, and ISRIB binding sites. Cryo-electron microscopy structures suggest a rocking motion in eIF2B that couples these binding sites. eIF2-P binding converts eIF2B decamers into 'conjoined tetramers' with diminished substrate binding and enzymatic activity. Canonical eIF2-P-driven ISR activation thus arises due to this change in eIF2B's conformational state.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the nucleotide exchange factor eIF2B reveals mechanism of memory-enhancing molecule.
著者: Jordan C Tsai / Lakshmi E Miller-Vedam / Aditya A Anand / Priyadarshini Jaishankar / Henry C Nguyen / Adam R Renslo / Adam Frost / Peter Walter /
要旨: Regulation by the integrated stress response (ISR) converges on the phosphorylation of translation initiation factor eIF2 in response to a variety of stresses. Phosphorylation converts eIF2 from a ...Regulation by the integrated stress response (ISR) converges on the phosphorylation of translation initiation factor eIF2 in response to a variety of stresses. Phosphorylation converts eIF2 from a substrate to a competitive inhibitor of its dedicated guanine nucleotide exchange factor, eIF2B, thereby inhibiting translation. ISRIB, a drug-like eIF2B activator, reverses the effects of eIF2 phosphorylation, and in rodents it enhances cognition and corrects cognitive deficits after brain injury. To determine its mechanism of action, we solved an atomic-resolution structure of ISRIB bound in a deep cleft within decameric human eIF2B by cryo-electron microscopy. Formation of fully active, decameric eIF2B holoenzyme depended on the assembly of two identical tetrameric subcomplexes, and ISRIB promoted this step by cross-bridging a central symmetry interface. Thus, regulation of eIF2B assembly emerges as a rheostat for eIF2B activity that tunes translation during the ISR and that can be further modulated by ISRIB.
履歴
登録2020年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7443
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7443
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
J: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
C: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
F: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
I: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
D: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
E: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
H: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
G: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)526,77111
ポリマ－526,31910
非ポリマー4511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 5種, 10分子 BAJICDFEHG

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon


分子量: 80452.586 Da / 分子数: 2 / 変異: I587V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B5, EIF2BE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13144
#2: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma


分子量: 50304.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR50
#3: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / S20I15 / S20III15 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit beta


分子量: 41008.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B2, EIF2BB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49770
#4: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit delta


分子量: 57640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B4, EIF2BD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI10
#5: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha


分子量: 33754.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B1, EIF2BA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14232

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-C7B / 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide / ISRIB / N-[4α-[[(4-クロロフェノキシ)アセチル]アミノ]シクロヘキサン-1β-イル]-2-(4-クロロフェニルオキシ(以下略)


分子量: 451.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24Cl2N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: the eukaryotic translation initiation factor 2B from Homo sapiens
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 202125 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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