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- PDB-7l6q: Unliganded ELIC in styrene-maleic-acid nanodiscs at 2.5-Angstrom ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l6q
タイトルUnliganded ELIC in styrene-maleic-acid nanodiscs at 2.5-Angstrom resolution
要素Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Pentameric Ligand-gated Ion Channels / Nanodisc / Cys-loop receptor / Styrene-maleic acid / Protein-lipid interface
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / Chem-PGW / Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya dadantii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Grosman, C. / Kumar, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS042169 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structure and function at the lipid-protein interface of a pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Pramod Kumar / Gisela D Cymes / Claudio Grosman /
要旨: Although it has long been proposed that membrane proteins may contain tightly bound lipids, their identity, the structure of their binding sites, and their functional and structural relevance have ...Although it has long been proposed that membrane proteins may contain tightly bound lipids, their identity, the structure of their binding sites, and their functional and structural relevance have remained elusive. To some extent, this is because tightly bound lipids are often located at the periphery of proteins, where the quality of density maps is usually poorer, and because they may be outcompeted by detergent molecules used during standard purification procedures. As a step toward characterizing natively bound lipids in the superfamily of pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs), we applied single-particle cryogenic electron microscopy to fragments of native membrane obtained in the complete absence of detergent-solubilization steps. Because of the heterogeneous lipid composition of membranes in the secretory pathway of eukaryotic cells, we chose to study a bacterial pLGIC (ELIC) expressed in 's inner membrane. We obtained a three-dimensional reconstruction of unliganded ELIC (2.5-Å resolution) that shows clear evidence for two types of tightly bound lipid at the protein-bulk-membrane interface. One of them was consistent with a "regular" diacylated phospholipid, in the cytoplasmic leaflet, whereas the other one was consistent with the tetra-acylated structure of cardiolipin, in the periplasmic leaflet. Upon reconstitution in polar-lipid bilayers, ELIC retained the functional properties characteristic of members of this superfamily, and thus, the fitted atomic model is expected to represent the (long-debated) unliganded-closed, "resting" conformation of this ion channel. Notably, the addition of cardiolipin to phosphatidylcholine membranes restored the ion-channel activity that is largely lost in phosphatidylcholine-only bilayers.
履歴
登録2020年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23207
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
B: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
C: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
D: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
E: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,46015
ポリマ－184,3955
非ポリマー11,06510
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDEnd label seq-ID
d_11ens_1CDLCDLA
d_12ens_1PGWTHRB313
d_21ens_1CDLCDLC
d_22ens_1PGWTHRD313
d_31ens_1CDLCDLE
d_32ens_1PGWTHRF313
d_41ens_1CDLCDLG
d_42ens_1PGWTHRH313
d_51ens_1CDLCDLI
d_52ens_1PGWTHRJ313

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要素

#1: タンパク質
Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1


分子量: 36879.000 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア)
株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 / 参照: UniProt: E0SJQ4
#2: 化合物
ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Unliganded Erwinia chrysanthemi ligand gated ion channel in styrene-maleic-acid nanodiscs
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 184.2 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Dickeya dadantii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株: BL21
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris(Hydroxymethy)aminomethaneC4H11O3N1
2150 MmSodium ChlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 56.23 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1239532 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 61.5 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00913660
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62318470
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.0375110
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0481995
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032295
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_11AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0
ens_12AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.90183719429E-13
ens_13AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.35988398406E-13
ens_14AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.2207669448E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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