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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l67 | ||||||
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タイトル | C-type carbohydrate-recognition domain 4 of the mannose receptor complexed with Fuc-(alpha1-3)-GlcNAc | ||||||
要素 | Macrophage mannose receptor 1 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / GLYCOBIOLOGY / CARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / C-TYPE LECTIN / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity ...cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Weis, W.I. / Feinberg, H. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Structural analysis of carbohydrate binding by the macrophage mannose receptor CD206. 著者: Feinberg, H. / Jegouzo, S.A.F. / Lasanajak, Y. / Smith, D.F. / Drickamer, K. / Weis, W.I. / Taylor, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7l67.cif.gz | 79.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7l67.ent.gz | 55.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7l67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7l67_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7l67_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7l67_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7l67_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l67 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7jubC 7jucC 7judC 7jueSC 7jufC 7jugC 7juhC 7l61C 7l62C 7l63C 7l64C 7l65C 7l66C 7l68C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15493.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MRC1, CLEC13D, CLEC13DL, MRC1L1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22897 |
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#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.27 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein solution: 6mg/ml protein in 5mM CaCl2, 10mM Tris, pH 8.0, 25mM NaCl, and 15mM Fuc-(alpha1-3)-GlcNAc. Reservoir solution: 12.5% Peg 8K, 0.1M MES, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→27.12 Å / Num. obs: 40273 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 274139 / Scaling rejects: 334 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7JUE 解像度: 1.2→27.12 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 16.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.86 Å2 / Biso mean: 15.8199 Å2 / Biso min: 5.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→27.12 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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