+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l65 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | C-type carbohydrate-recognition domain 4 of the mannose receptor complexed with Methyl-GlcNAc | ||||||
![]() | Macrophage mannose receptor 1 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weis, W.I. / Feinberg, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of carbohydrate binding by the macrophage mannose receptor CD206. 著者: Feinberg, H. / Jegouzo, S.A.F. / Lasanajak, Y. / Smith, D.F. / Drickamer, K. / Weis, W.I. / Taylor, M.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 50.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7jubSC ![]() 7jucC ![]() 7judC ![]() 7jueC ![]() 7jufC ![]() 7jugC ![]() 7juhC ![]() 7l61C ![]() 7l62C ![]() 7l63C ![]() 7l64C ![]() 7l66C ![]() 7l67C ![]() 7l68C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15493.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 糖 | ChemComp-2F8 / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.17 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein solution: 6mg/ml protein in 5 mM CaCl2, 10 mM Tris, pH 8.0, 25 mM NaCl, and 50mM alpha-MeGlcNAc. Reservoir solution: 15% Peg 8K, 0.1M MES, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.35→30.4 Å / Num. obs: 25247 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 174816 / Scaling rejects: 423 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7JUB 解像度: 1.35→30.4 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 15.33 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.19 Å2 / Biso mean: 15.5985 Å2 / Biso min: 5.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→30.4 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
|